核糖体蛋白Rps29/uS14促进18S rRNA成熟，其丰度调节酿酒酵母渗透胁迫反应
进化保守的核糖体蛋白Rps29/uS14参与晚期pre-40S颗粒的组装过程。在酿酒酵母中，RPS29A和RPS29B两个旁系同源基因编码序列一致性达91%的两种蛋白。本研究发现，缺失任一旁系同源基因都会损害20S pre-rRNA（成熟18S核糖体RNA的直接前体）的细胞质加工最终步骤，导致晚期核糖体组装因子仍结合在核糖体颗粒上。
大肠杆菌在需氧条件下的功能性表达Mo依赖型甲酸脱氢酶
耐氧的复杂金属依赖型甲酸脱氢酶在生物技术领域具有潜在应用价值。本研究报道了在大肠杆菌中功能性表达来自贪铜菌（Cupriavidus necator）的fdsGBACD操纵子编码的复杂钼依赖型可溶性甲酸脱氢酶（CnFDH）。通过质粒或染色体整合方式表达该操纵子，能够使能量营养缺陷型筛选菌株在有氧条件下以甲酸为唯一能源生长。
用于出芽酵母细胞内外氨基酸感知的双报告系统
氨基酸稳态是细胞生长、代谢和信号传导等核心功能的基础。出芽酵母通过通用氨基酸控制（GAAC）和雷帕霉素靶蛋白复合物1（TORC1）通路感知胞内氨基酸水平，通过Ssy1-Ptr3-Ssy5（SPS）通路感知胞外氨基酸，三者协同调控氨基酸的生物合成与摄取以维持稳态。
探索来自合欢的大豆苷元二甲醚作为抗铜绿假单胞菌的新型群体感应抑制剂：体外及体内研究的见解
多重耐药病原体包括铜绿假单胞菌的感染在免疫功能低下患者中导致高死亡率，凸显了对新型天然抗菌药物的迫切需求。本研究证明了果蔬中常见的植物化学物质具有抑制铜绿假单胞菌PAO1群体感应的能力。通过分子对接技术虚拟筛选了10种化合物，其中源自合欢的大豆苷元二甲醚对PA的生物膜形成以及弹性蛋白酶、绿脓素和鼠李糖脂等毒力因子的积累表现出最显著的抑制作用。
小链霉菌产生的细胞外色素的生物生产优化、表征及生物活性
放线菌尤其是链霉菌是生物活性代谢物的高产者，其产生的色素在食品、纺织、化妆品和制药领域有潜在应用。鉴于合成色素的安全性和环境影响问题日益突出，本研究旨在优化小链霉菌细胞外富色素组分的生产，并评估其在药妆领域相关的生物活性。研究采用Plackett-Burman设计筛选影响代谢物生产的关键变量，再通过Box-Behnken设计进行优化。
原壳小球藻生物质的集成下游加工：中试规模实施及用于蛋白质和功能成分开发的生物质分馏
全球对可持续蛋白质来源的需求日益增长，推动了微藻尤其是原壳小球藻的研究，其因高蛋白含量和可利用农业工业副产物的特性备受关注。本研究提出了一种循环生物炼制方法，将原壳小球藻在白葡萄皮渣（WGP）糖源上的异养培养与优化的高压均质（HPH）和先进分馏技术相结合。
全局染色体拓扑结构与双组分系统协同调控链霉菌的转录
细菌基因表达受多层次调控，染色体超螺旋是最核心的全局调控因子之一。在具有复杂生命周期的链霉菌中，拓扑异构酶I（TopA）缺失会导致染色体超螺旋水平升高，改变大量基因的表达，造成生长延迟和孢子形成阻断。为了鉴定超螺旋诱导的孢子形成调控因子，本研究对TopA缺失的天蓝色链霉菌菌株进行随机转座子诱变，筛选能够在高超螺旋条件下恢复孢子形成的突变体。
工程化改造恶臭假单胞菌KT2440以实现乙二醇的高效利用
乙二醇是聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）生产、防冻剂、管道天然气水合物抑制剂等工业场景的大宗原料，其好氧微生物代谢会经高毒性中间体羟基乙醛、乙醇酸进入C2代谢通路。恶臭假单胞菌KT2440因高毒性耐受性与广泛的底物特异性，常被用于环境修复工程改造，尽管其基因组携带乙二醇代谢的推定基因，却无法高效代谢乙二醇。
多效性点突变对细胞资源的全局重分配揭示了适应性进化的多尺度机制
多效性调控突变会影响多种细胞过程，给跨生物尺度解析基因型-表型关系带来了巨大挑战。适应性实验室进化（ALE）能够在明确的选择压力下筛选并表征这类突变。本研究整合多尺度实验与计算方法，系统分析了大肠杆菌RNA聚合酶（RNAP）中多个经ALE筛选获得的单点突变体。
代谢与生物过程工程整合用于恶臭假单胞菌利用葡萄糖和木糖生产β-酮己二酸
β-酮己二酸是微生物有氧芳香族化合物分解代谢的常见中间体，可作为高性能生物基聚合物的单体。本研究对恶臭假单胞菌KT2440进行代谢工程改造，使其能够利用木质纤维素多糖水解产生的两种主要糖类——葡萄糖和木糖生产β-酮己二酸。以最优菌株GR038为研究对象，采用模拟木质纤维素水解液的2:1摩尔比葡萄糖-木糖混合底物开展生物过程开发，补料分批发酵实现了65.8 g/L的产物滴度、0.69 g/(L·h)的生产速率和0.52 C-mol的碳收率。
不同氮源对酿酒酵母生长与发酵性能的影响及其提升乙醇产量的作用评估
低酿酒价值葡萄品种的葡萄汁用于生物乙醇生产，是葡萄种植业多元化发展与产品增值的重要途径；超高重力（VHG）发酵技术可显著提升乙醇生产效率，同时降低生产过程中的水耗与能耗。本研究探究了不同氮源对本地筛选酵母菌株生长与发酵性能的影响，对3株酿酒酵母本地菌株、1株商业酿酒酵母菌株、1株鲁氏接合酵母菌株，在合成培养基与天然葡萄汁体系中，分别添加不同浓度的磷酸氢二铵（NH）、酵母提取物（YE）、商业发酵助剂Fermaid K（FERM）与尿素（U）进行发酵培养。
氨基酸对化学成分确定培养基中嗜热链球菌937游离胞外多糖生物合成的影响
嗜热链球菌产生的游离胞外多糖（f-EPS）可改善发酵乳制品的质构与功能特性，团队前期研究发现，将化学成分确定培养基（CDM）中组氨酸（His）、异亮氨酸（Ile）、谷氨酸（Glu）的浓度提升至15 mM时，嗜热链球菌937的f-EPS产量实现大幅提升。
最小基因组中的代谢物损伤与损伤控制
通过分析最小化支原体JCVI-Syn3A基因组保留的基因，本研究证实代谢物损伤修复与预防系统是生命的基本必需组成部分。研究鉴定并实验验证了多个具有损伤控制功能的基因，包括5-甲酰四氢叶酸环化酶、辅酶A（CoA）二硫键还原酶及多种水解酶。
酿酒酵母菌株对葡萄生长周期相关胁迫因子的生长响应
本研究选取葡萄园葡萄、土壤、树皮、芽等不同生境及7个物候期的酿酒酵母菌株，经微卫星多重PCR基因分型后筛选30个基因型，评估其在温度、pH、葡萄糖、氮素、铜离子等亚致死胁迫下的生长参数。
假乙醇热厌氧杆菌氨基酸分解代谢数据集
本数据集展示了假乙醇热厌氧杆菌在硫代硫酸盐存在下、不同培养条件下对支链氨基酸的分解代谢情况。该菌株可降解亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸，生成对应的支链脂肪酸与支链醇，其中脂肪酸为主要产物。
基于高通量比浊法筛选木质素添加基本培养基中的凝结芽孢杆菌菌株
本研究采用自动化比浊法测定不同浓度木质素对3株凝结芽孢杆菌生长的影响，使用Logistic、Gompertz、Baranyi、Richards、Stannard多种模型拟合生长曲线，获得最大比生长速率、最大菌量、延滞期等参数。结果表明低浓度木质素可促进部分菌株生长，不同菌株耐受木质素的能力存在显著差异，建立的高通量筛选与数学评价方法可高效筛选适用于木质纤维素水解液发酵的优良菌株。
一条由混杂性代谢酶构成的新型β-丙氨酸生物合成途径的鉴定
细菌通过高度特化酶组成的精密代谢系统适应环境中的营养物质，尽管这些酶可代谢其进化目标之外的分子，但其对混杂底物的催化效率通常被认为过低，不具备生理相关性。本研究探究了这些混杂酶代谢次级底物的效率，是否足以改变细胞表型。
野生型恶臭假单胞菌KT2440与基因组精简菌株EM42利用芳香族化合物和葡萄糖生产粘康酸的性能比较
恶臭假单胞菌KT2440是一株抗逆性强、芳香族化合物代谢能力优异的模式菌株，被广泛用于生物基和废弃基原料转化生产高附加值产物。为实现该菌株的工业化驯化，前人通过理性基因组精简构建了EM42菌株，该菌株被认为具备作为工业生产底盘的多项潜在优势。
乌宗热厌氧杆菌AK85菌株的基因组草图与醇脱氢酶数据集
乌宗热厌氧杆菌（Thermoanaerobacter uzonensis）AK85是一株分离自冰岛热泉的革兰氏阳性、嗜热、专性厌氧细菌，该类菌株具有高效发酵产乙醇及长链醇的潜力。本研究公布了AK85的基因组草图序列，基因组全长2,577,794 bp，GC含量33.69%，平均核苷酸一致性（ANI）为96.9%，确认为T. uzonensis。基因组注释共发现41个与糖、氨基酸、羧酸代谢相关的酶，包含3个关键醇脱氢酶（AdhE、AdhA、Adh2）。
胞质与线粒体tRNA合成酶抑制剂以GCN4/atf-4依赖的方式延长寿命
酵母中核糖体蛋白编码基因的缺失可延长复制寿命，该效应源于转录因子Gcn4的翻译水平上调，且寿命延长完全依赖GCN4。Gcn4及其在秀丽隐杆线虫、哺乳动物中的功能直系同源物atf-4/ATF4，其翻译也会被未带电tRNA上调。