脂蛋白作为根际微生物合作的公共产品
环脂肽（CLPs）是假单胞菌、芽孢杆菌等根际有益菌产生的关键活性次级代谢物，兼具抑菌、诱导植物系统抗性、调控菌体运动/生物膜/定殖等生防功能，但这类物质释放到土壤后与周边微生物的互作过程尚不清晰。本研究以委内瑞拉链霉菌为模式菌株，证实该菌可通过特异性酶解途径降解贝莱斯芽孢杆菌分泌的表面活性素、伊枯草菌素、芬枯草菌素三类环脂肽，离体平板与番茄根际共定殖体系均验证该降解效应；同时该链霉菌还能降解假单胞菌合成的 sessilin、tolaasin、orfamide 等多种结构差异化环脂肽，说明降解广谱性。
埃氏根瘤菌gap基因对其自由生活以及与菜豆共生均不可或缺
甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH/Gap）是绝大多数生物碳和能量代谢不可或缺的管家酶，除糖代谢经典功能外，是典型多功能兼职蛋白。原核生物中GAPDH可分布于细胞表面或分泌到胞外，但该蛋白在植物共生细菌中的相关功能研究较少。本研究以菜豆共生固氮菌埃氏根瘤菌为材料，明确该菌仅含单个gap基因，编码的Gap蛋白同时具备糖酵解、糖异生两种GAPDH催化活性；具备完整活性的Gap蛋白是埃氏根瘤菌与菜豆共生全部阶段的必需蛋白。
PTSNtr-KdpDE-KdpFABC通路参与费氏中华根瘤的低钾胁迫适应与竞争结瘤
本研究围绕广谱宿主费氏中华根瘤CCBAU45436开展，解析PTSNtr-KdpDE-KdpFABC信号通路功能。该通路中未磷酸化PtsN蛋白经KdpD的GAF结构域结合激酶，KdpD通过HisKA-HATPase区段互作调控应答蛋白KdpE，KdpE直接激活高亲和钾转运操纵子kdpFABC。
一种微需氧诱导的小热休克蛋白促进豌豆根瘤菌与豌豆的共生并与多种类菌体蛋白相互作用
根瘤菌与豆科植物建立共生关系的过程中，会面临根瘤内多种不利的物理和化学微环境，需要进化出相应的适应机制。前期蛋白质组学研究发现，豌豆根瘤菌（*Rhizobium leguminosarum* bv. viciae, Rlv）UPM791的小热休克蛋白（sHSPs）在不同宿主的类菌体中存在差异表达。本研究对宿主特异性表达的sHSP RLV_1399进行了功能分析，发现rlv_1399缺失突变体与豌豆的共生性能显著下降，但对小扁豆无明显影响。
两种锌ABC转运蛋白促进豌豆根瘤菌与豌豆和小扁豆的共生关系
根瘤菌-豆科植物共生关系的建立需要双方适应根瘤内的金属离子环境，许多根瘤菌金属酶对类菌体功能和共生性能至关重要。前期蛋白质组学分析发现，豌豆根瘤菌（*Rhizobium leguminosarum* bv. viciae, Rlv）UPM791在豌豆类菌体中高表达一个ABC转运系统的金属结合蛋白RLV_3444，提示豌豆共生体系中类菌体的锌供应更受限制。
巨型芽孢杆菌GXU087分泌吲哚-3-乳酸促进大豆生长和结瘤
芽孢杆菌属细菌是公认的植物促生细菌（PGPB），但其促进作物生长的具体机制仍不明确。本研究旨在探究巨型芽孢杆菌GXU087对大豆的促生效应及其作用机制。体外实验表明，GXU087具有溶磷、固氮、产胞外多糖和生物膜形成等多种PGP性状。盆栽实验显示，GXU087单接种显著提升大豆鲜重，与日本缓根瘤菌USDA110共接种时对生长和结瘤具有协同促进作用。
合成芽孢杆菌群落中的细菌社会互动促进植物生长
植物促生根际细菌（PGPR）是提升作物产量的可持续手段，合成微生物群落已成为工程化根际微生物组的有力工具，但由于对细菌社会互动的理解不足，设计功能稳定的群落仍面临挑战。本研究以商业化重要PGPR菌株贝勒泽氏芽孢杆菌SQR9为对象，探究其对根际群落尤其是芽孢杆菌属内社会互动的影响。
贝勒泽氏芽孢杆菌20507通过分泌黄酮类物质促进日本缓根瘤菌USDA110与大豆的共生关系
根瘤菌与植物促生根际细菌（PGPR）共接种可提升大豆生长和结瘤效率，但不同氮供应水平（0–10 mmol/L）下贝勒泽氏芽孢杆菌20507与日本缓根瘤菌USDA110的互作机制尚不明确。本研究设置4个氮水平梯度，对大豆进行单菌和双菌共接种处理，测定了结瘤、生长、生理及氮含量指标；对缺氮条件下的大豆根系进行转录组测序，通过质谱鉴定贝勒泽氏芽孢杆菌发酵液中的黄酮类物质，并验证芦丁对根瘤菌结瘤基因NodD1/NodD2的调控作用。
植物根际菌的实验进化揭示了新兴的适应性突变
植物促生根际细菌（PGPR）在根际的定殖能力是其发挥促生和生防作用的核心基础，但PGPR在根际复杂环境中的进化过程和适应潜力仍未被系统研究。本研究以分离自小麦全蚀病抑病土的毕节假单胞菌2P24（原名荧光假单胞菌2P24）为模式菌株，建立了无菌小麦根际连续传代实验进化系统，模拟其自然进化过程并实时追踪基因组变异。
SinI和SinR在贝勒泽氏芽孢杆菌与枯草芽孢杆菌的生物膜形成、根际定殖及生物防治效能方面功能存在差
枯草芽孢杆菌和贝勒泽氏芽孢杆菌常作为植物病害生防菌，其生防能力依赖生物膜形成实现根际定殖。在枯草芽孢杆菌中，SinI正向调控生物膜形成、根际定殖和生防效能，SinR则起负向作用。为提升贝勒泽氏芽孢杆菌R9对烟草青枯病的生防效果，研究分别敲除了该菌株的sinI和sinR基因。