自调控yvcJ-glmR-yvcL操纵子产物对肠球菌头孢菌素耐药的互惠调控作用可提升头孢暴露下的适应
肠球菌是临床重要条件致病菌，对头孢菌素天然固有耐药，头孢类药物使用会促进肠道肠球菌大量增殖，大幅提升院内感染风险，但肠球菌头孢耐药的完整分子调控机制尚不清晰。本研究以粪肠球菌OG1RF为核心研究菌株，聚焦保守三基因操纵子yvcJ-glmR-yvcL，结合基因敲除回补、RNA-seq转录组、EMSA凝胶迁移、热位移蛋白结合实验、共培养竞争实验、芬兰Bioscreen C全自动浊度仪生长动力学检测开展系统研究。
一种用于筛选抑制质粒接合化合物的新型高通量方法
质粒接合是细菌间抗生素耐药基因水平传播的核心途径，加剧全球抗菌耐药危机，亟需能阻断接合转移的小分子抑制剂，但缺少低成本、快速的大规模化合物筛选手段。本文建立一套96孔板高通量筛选方案，以携带CTX-M-1接合质粒的大肠杆菌MG1655/pTF2为供体、利福平耐药大肠杆菌J53-2为受体，37℃共孵育1h后转种双抗选择性琼脂，通过菌落有无直观判断化合物对接合的抑制效果；
季铵化修饰对多烯类抗生素活性、毒性及膜模型作用的影响研究
多烯类抗真菌药两性霉素B、制霉菌素、那他霉素临床应用广泛，具备广谱抗真菌、真菌低耐药优势，但两性霉素B、制霉菌素存在严重溶血、肾毒性，那他霉素口服生物利用度极低，仅能局部给药。现有改造研究多修饰霉菌胺羟基、侧链疏水基团，尚无系统性探究侧链永久季铵阳离子修饰对药物活性、细胞毒性、膜互作的影响。
药物外排与4-L-阿拉伯胺糖修饰脂质A是败血症致病菌布甘肠杆菌多粘菌素B耐药的核心机制
布甘肠杆菌是新生儿败血症重要条件致病菌，临床菌株常出现多粘菌素B异质耐药，现有研究未完整阐明其双重耐药通路。本研究选取两株临床耐药布甘肠杆菌，采用转录组测序、基因敲除突变、互补回补、异源表达、MALDI-TOF脂质A质谱、蛋白互作、昆虫感染模型开展机制解析；使用芬兰Bioscreen C微孔浊度仪完成种群分析图谱（PAP）与生长动力学检测。
细菌可通过旁路机制弥补耐药基因扩增带来的适合度代价
异质耐药是临床诊疗难点，革兰氏阴性菌的异质耐药多由耐药基因串联扩增引发，但高拷贝扩增会带来显著生长适合度损耗，细菌如何抵消该代价尚不明确。本研究选取大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、鼠伤寒沙门氏菌共4株临床异质耐药菌株，分别暴露梯度妥布霉素、庆大霉素、四环素进行传代演化；采用ddPCR测定耐药基因拷贝数，芬兰Bioscreen C仪器定量菌株生长速率，结合全基因组测序、无药传代稳定性实验、同源重组动力学模型开展解析。
肠道定植过程中微生物群与代谢适应共同塑造金黄色葡萄球菌毒力及抗生素耐药特征
肠道菌群紊乱会大幅提升耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）肠道定植与后续感染风险，但菌群缺失环境下MRSA的演化规律尚不清晰。本研究以社区型MRSA菌株USA300 LAC为模型，分别在无菌小鼠（无共生菌群）、常规菌群小鼠体内开展连续5周肠道定植演化实验；结合全基因组重测序、宏代谢组、体内竞争定植实验、体外生长曲线检测（Bioscreen C）、自溶与生物膜测定、皮肤脓肿感染模型完成多层次验证。
通过脂酸蛋白连接酶2进入硫辛酸回收通路的底物类似物干扰金黄色葡萄球菌毒力
硫辛酸（LA）是氧化脱氢酶复合物必需辅因子，金黄色葡萄球菌拥有从头合成、环境回收两条硫辛酸代谢通路，LplA1、LplA2两种脂酸蛋白连接酶负责外源硫辛酸捕获，该通路是新型抗毒力靶点。本研究采用基于蛋白结构虚拟筛选靶向LplA2的硫辛酸底物类似物，合成Lpl-004、Lpl-008、Lpl-023三种化合物；利用芬兰Bioscreen C测定菌株生长曲线，结合基因敲除突变株、蛋白免疫印迹、秀丽隐杆线虫感染模型开展机制验证。
长期抑菌抗生素暴露下大肠杆菌通过小菌落变异体演化产生异质耐药
传统认知中抑菌类抗生素仅阻滞细菌增殖、无杀菌活性，临床疗效常依赖宿主免疫清除细菌，相关药效、种群演化研究远少于杀菌类药物。本研究选取氯霉素、阿奇霉素两类靶向核糖体抑菌药，对大肠杆菌MG1655开展30天长期连续培养实验，结合芬兰Bioscreen C全自动浊度仪生长动力学检测、PAP种群图谱、全基因组测序、β-半乳糖苷酶翻译定量、数学模拟模型开展系统解析。
靶向次级耐药组提升氯霉素对大肠杆菌的治疗效果
全球细菌耐药负担持续加重，新型抗菌药物研发匮乏，重新挖掘老式抗生素成为应对耐药的重要策略。氯霉素广谱抑菌但存在血液毒性，临床使用受限，若降低给药剂量可减轻毒副作用，亟需找到增敏靶点。本研究以携带CTX-M-1超广谱β内酰胺酶的大肠杆菌MG1655/pTF2为模型，利用转座子插入测序（TraDIS）高通量筛选亚抑制浓度氯霉素胁迫下的条件必需基因，共鉴定出67个次级耐药组（SR）基因；选取acrZ、cls、mdfA、arcA、hfq、nlpI六个关键基因构建单敲除菌株，采用芬兰Bioscreen C仪器测定生长曲线并检测MIC。
源自加纳天然水体、可用于治疗的三株新型阴沟肠杆菌噬菌体
多重耐药阴沟肠杆菌复合体（ECC）感染全球发病率持续攀升，噬菌体疗法是替代抗生素的重要方案，但针对阴沟肠杆菌的噬菌体资源与系统研究十分匮乏。本研究开展加纳-芬兰联合试验，从当地即食食品中分离2株阴沟肠杆菌宿主菌，同时从加纳天然水体分离三株新型裂解性噬菌体fGh-Ecl01、fGh-Ecl04、fGh-Ecl02；完成三株噬菌体全基因组测序、分类学鉴定，利用芬兰Bioscreen FP-1100-C全自动微生物浊度仪开展宿主谱、噬菌体单用/美罗培南、环丙沙星、头孢吡肟联用杀菌动力学检测。
三种同步作用机制介导基因拷贝数变异与暂时性抗生素异质耐药
异质耐药（HR）是临床关键表型，敏感菌群内存在少量耐药亚群，常规药敏检测极易漏检，大幅降低抗生素治疗效果，但其遗传与生理机制尚不清晰。本研究以产超广谱β内酰胺酶临床多重耐药肺炎克雷伯菌DA33140为模型，系统鉴定三类同步介导耐药基因拷贝数升高、进而产生暂时性异质耐药的分子机制：质粒串联基因扩增（ACN）、主耐药质粒拷贝数上调（PCN）、转座子转座至隐蔽质粒并伴随隐蔽质粒拷贝数提升（TPCN）。
一株裂解性铜绿假单胞菌噬菌体的分离、表征及基因组改造
多重耐药铜绿假单胞菌感染对人类与畜禽健康造成巨大威胁，噬菌体疗法是后抗生素时代极具潜力的替代治疗方案。本研究从养殖场粪便中分离得到一株裂解性铜绿假单胞菌噬菌体PpY1，完成形态、理化稳定性、宿主谱、全基因组测序分析；建立酵母TAR克隆结合限制修饰系统缺陷型铜绿假单胞菌的噬菌体基因组改造平台。通过系统单基因敲除，鉴定出21个噬菌体非必需基因；对多段连续非必需基因进行多基因缺失，构建系列基因组缩减突变噬菌体。
群体感应正向调控溶藻弧中依赖荚膜多糖的自短尾噬菌体感染
噬菌体疗法是应对细菌抗生素耐药的重要手段，但宿主细菌可通过多种机制抵抗噬菌体侵染，群体感应（QS）作为细菌群体密度感知调控系统，已知可调控毒力、生物膜等性状，但其对荚膜多糖（CPS）依赖型噬菌体侵染的调控机制尚不明确。本研究以溶藻弧菌E110、VP505及对应自短尾噬菌体HH109、φVP505为研究模型，构建luxS、luxM、cqsA、hnoX、luxR、aphA等QS基因敲除回补菌株，结合Bioscreen C生长动力学、噬菌体吸附实验、荚膜多糖定量、RT-qPCR转录检测开展机制解析。
黑附球菌来源附吡咯酮A二盐的抗真菌活性及作用机制：破坏脂肪酸延长与鞘脂生物合成通路
多重耐药真菌感染与现有抗真菌药宿主毒性问题凸显，亟需作用靶点独特的新型抗真菌天然产物。多烯类是广谱主流抗真菌药，传统环多烯以麦角固醇为作用靶点；附吡咯酮A二盐（DEA）是黑附球菌产出水溶性线性多烯衍生物，结构区别于经典环多烯。本研究以酿酒酵母为模式生物，结合化学遗传筛选、芬兰Bioscreen C生长动力学检测、荧光蛋白组、薄层脂质色谱、GC-MS代谢组解析DEA抗真菌分子机制。
蜡样芽孢杆菌滑动运动介导抗菌药敏检测中万古霉素伪耐药现象
蜡样芽孢杆菌复合体引发多种全身感染，万古霉素是临床首选治疗药物，纸片扩散、Etest琼脂扩散药敏试验常检出该菌万古霉素耐药表型，但该现象真实性一直存疑。本研究以食品分离蜡样芽孢杆菌BC70为研究对象，采用琼脂扩散、琼脂稀释、Bioscreen微量肉汤稀释三种药敏方法对比；延时显微镜、鞭毛染色观察菌株运动类型，纳米孔RNA-seq转录组解析基因表达差异。
金黄色葡萄球菌异质耐药高发生率由核心基因多种突变共同介导
异质耐药（HR）是细菌群体中大部分菌株表现敏感、同时存在少量耐药亚群的特殊表型，常规药敏试验极易漏检，会造成临床抗感染治疗失败。本研究收集40株临床金黄色葡萄球菌，测试达托霉素、庆大霉素、苯唑西林、替考拉宁、利奈唑胺、万古霉素6种临床常用抗生素的异质耐药发生率，采用群体分析图谱（PAP）作为金标准判定HR表型；通过全基因组测序解析耐药亚群突变基因，结合Bioscreen生长曲线、波动试验、适应性生长实验对比金黄色葡萄球菌与革兰氏阴性菌异质耐药机制差异。
基于单细胞与菌群水平解析纳米/微塑料对抗生素抗性基因转移的影响
纳米与微塑料（NMPs）广泛分布于各类水环境，可促进抗生素抗性基因（ARGs）水平接合转移，但不同粒径塑料的作用差异及完整分子机制尚不清晰。本研究选取0.2、2、5、10、15、20 μm六种聚苯乙烯颗粒，以携带红色荧光供体大肠杆菌MG1655、普通大肠杆菌、活性污泥混合菌群为受体模型，结合芬兰Bioscreen C高通量生长分析仪、微流控单细胞原位观测、流式细胞术、共聚焦激光扫描显微镜、RT-qPCR、活性氧（ROS）与膜通透性检测开展系统研究。
中国产NDM-1 ST107高风险耐药弗劳地枸橼酸杆菌的出现及质粒共整合演化机制
耐碳青霉烯弗劳地枸橼酸杆菌（CRCF）给医院感染防控带来巨大压力，目前该菌流行病学特征与质粒动态演化研究尚不充分，ICU中新出现的高耐药克隆缺乏系统解析。本研究收集2017–2022年国内1060株枸橼酸杆菌，筛选得到20株CRCF，分型以ST22（30%）、ST107（25%）为主；其中一株ST107菌株同时携带tmexCD2-toprJ2替加环素耐药基因簇、blaNDM-1与blaKPC-2碳青霉烯耐药基因。
基因组与转录组分析揭示副溶血性弧菌耐受三种亚致死浓度抗生素的多重策略
副溶血性弧菌是全球高发食源性致病菌，水产养殖中抗生素滥用导致多重耐药菌株频发，亚致死抗生素环境下细菌耐受分子机制尚不清晰。本研究从贝类、虾类水产品分离B2-28、N9-20、N2-5三株副溶血性弧菌，完成全基因组测序与比较基因组分析；采用Bioscreen全自动微生物生长分析仪测定氨苄西林、卡那霉素、链霉素亚致死浓度下菌株生长曲线，结合细胞膜通透性、表面疏水性、膜流动性检测、扫描电镜菌体形态观察、RNA-seq转录组测序开展机制解析。
含芳基取代1,2,4-或1,3,4-恶二唑骨架的新型异羟肟酸及其抗生素增敏活性研究
革兰氏阴性菌耐药问题日益严峻，LpxC是脂质A合成关键锌金属脱乙酰酶，是新型抗感染热门靶点，异羟肟酸可螯合LpxC活性中心锌离子发挥抑菌增敏作用。本文设计并多路线合成多系列分别直接连接、通过亚甲基/亚苯基/亚乙基桥连芳基取代1,2,4-恶二唑、1,3,4-恶二唑的异羟肟酸衍生物；采用芬兰Bioscreen C全自动微生物生长仪动态记录大肠杆菌、铜绿假单胞菌生长曲线，联合微量稀释法测定萘啶酸、利福平、卡那霉素联用后的MIC变化；通过Alamar Blue法测定化合物对人HEK293细胞CC50评价细胞毒性；利用分子对接、药效团、QS模型解析分子结合模式与构效关系。