转录组分析揭示大肠杆菌暴露于谷胱甘肽和环丙沙星时多层面应激反应的相互作用
本研究团队此前已报道外源性谷胱甘肽（GSH）可通过中和抗生素诱导的氧化应激并增强抗生素外排，促进大肠杆菌对环丙沙星的耐药性。本研究利用全基因组微阵列技术，系统分析了大肠杆菌在单独暴露于GSH、亚抑菌浓度环丙沙星以及两者联合处理下的转录组变化。
转录组测序揭示肠炎沙门氏菌在抗菌蛋清中的存活机制
肠炎沙门氏菌是导致鸡蛋相关食源性疾病的主要致病菌，其在抗菌蛋清中的存活机制尚未完全阐明。本研究建立了80%蛋清（37℃储存4-5天）的抗菌模型，发现接种量低于10^7 CFU/ml时才能观察到肠炎沙门氏菌的存活优势。通过透射电镜观察，首次直接证实细菌在蛋清中会发生细胞壁与内膜分离、细胞质皱缩等渗透胁迫损伤。
原壳小球藻生物质的集成下游加工：中试规模实施及用于蛋白质和功能成分开发的生物质分馏
全球对可持续蛋白质来源的需求日益增长，推动了微藻尤其是原壳小球藻的研究，其因高蛋白含量和可利用农业工业副产物的特性备受关注。本研究提出了一种循环生物炼制方法，将原壳小球藻在白葡萄皮渣（WGP）糖源上的异养培养与优化的高压均质（HPH）和先进分馏技术相结合。
优化冷冻保护剂配方下鼠李糖乳杆菌冻干保护效应的研究
为延长鼠李糖乳杆菌的保存时间并提高其冻干后细胞存活率，本研究以细胞存活率为评价指标，通过响应面实验对冷冻保护剂配方进行优化，最终确定最优组合为11.1%海藻糖、9.1%甘油、3.5%谷氨酸钠和15.7%脱脂奶粉。
细菌脂钙蛋白捕获抗生素揭示了固有抗生素耐药性的胞外作用机制
当前抗生素作用与耐药性研究多聚焦于细菌胞内的核心功能靶点，而微生物在抗生素接触菌体前将其灭活的胞外耐药机制仍鲜有探索。本研究发现，洋葱伯克霍尔德菌在亚致死浓度抗生素暴露下，会分泌一种可溶性细菌脂钙蛋白（BCNs），该蛋白可在体外和体内提升细菌对多种类别抗生素的耐药性；在洋葱伯克霍尔德菌ΔbcnA突变株中异源表达铜绿假单胞菌、结核分枝杆菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的脂钙蛋白同源基因，均可复现该耐药表型。
细胞色素bd依赖的生物能量学与抗亚硝化防御在沙门氏菌致病中的作用
感染过程中，肠炎沙门氏菌会定植于氧（O₂）和一氧化氮（NO）浓度各异的解剖部位，这两种气体竞争结合醌氧化酶的催化金属基团。肠杆菌科表达两类进化上不同的醌氧化酶，它们对O₂和NO的亲和力以及跨膜转运质子的化学计量比存在显著差异。
微菌素Y在肠炎沙门氏菌鼠伤寒血清型中的抗性机制及生理效应
沙门氏菌因其高毒力和多重耐药性对畜牧业和人类健康构成严重威胁，套索肽MccY是一种新型抗沙门氏菌抗菌肽。本研究构建了鼠伤寒沙门氏菌Ton系统（tonB、exbB、exbD）和Tol-Pal系统的基因缺失突变体，发现Ton系统任意基因的缺失会使MccY的最低抑菌浓度（MIC）升高2000倍，而Tol-Pal系统突变不影响MccY敏感性。
铜绿假单胞菌中不同的长期和短期适应机制
囊性纤维化肺部的异质环境驱动铜绿假单胞菌种群分化为黏液型、藻酸盐过表达分离株或小菌落变异体（SCVs）。本研究对一株具有高环二鸟苷酸（c-di-GMP）水平和黏液表型的临床SCV分离株进行了全基因组和转录组分析。在非诱导的丰富培养基条件下传代7天，观察到高c-di-GMP水平和藻酸盐基因表达呈延迟的阶梯式下降。
同源碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌菌株的毒力多态性机制
碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）因高病死率和强传播性已成为全球重大公共卫生问题，其通过获得携带耐药和毒力基因的质粒可进化为碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP），但目前对同时携带耐药和毒力基因的质粒进化机制仍缺乏系统研究。
糖磷酸介导的肽聚糖前体合成抑制
抗生素耐受性是致病菌在常规杀菌抗生素作用下长期存活并向耐药性发展的关键中间阶段，革兰氏阴性致病菌霍乱弧菌对β-内酰胺类抗生素具有高度耐受性。本团队前期研究发现，敲除糖酵解关键酶编码基因pgi（葡萄糖-6-磷酸异构酶）会导致霍乱弧菌细胞壁损伤并显著增加其对β-内酰胺类抗生素的敏感性，本研究进一步揭示了该损伤的分子机制。
鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌在缺铁培养基和肉类中的生长：儿茶酚盐和异羟肟酸盐铁载体转运蛋白的作用
肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌是全球范围内导致人类沙门氏菌病的最主要血清型。本研究系统探究了儿茶酚盐-铁转运蛋白（FepA、IroN）和异羟肟酸盐-铁转运蛋白（FhuACDB）在这两种沙门氏菌缺铁环境适应及肉类存活中的单独与协同作用。
全局染色体拓扑结构与双组分系统协同调控链霉菌的转录
细菌基因表达受多层次调控，染色体超螺旋是最核心的全局调控因子之一。在具有复杂生命周期的链霉菌中，拓扑异构酶I（TopA）缺失会导致染色体超螺旋水平升高，改变大量基因的表达，造成生长延迟和孢子形成阻断。为了鉴定超螺旋诱导的孢子形成调控因子，本研究对TopA缺失的天蓝色链霉菌菌株进行随机转座子诱变，筛选能够在高超螺旋条件下恢复孢子形成的突变体。
全基因组分析揭示伤寒沙门氏菌在人源化小鼠中的关键毒力特征
伤寒沙门氏菌是仅感染人类的致病菌，可引发伤寒发热，传统鼠伤寒沙门氏菌小鼠模型对伤寒研究的参考价值有限。本研究利用转座子插入位点测序（TraDIS）技术，在植入人造血干细胞的hu-SRC-SCID人源化小鼠中，对高密度伤寒沙门氏菌转座子文库进行全基因组筛选，系统鉴定体内感染必需的毒力基因。
可溶性玉米纤维摄入对中老年人执行功能和肠道菌群的影响：一项随机对照交叉试验
背景层面，膳食纤维或可通过胃肠道-菌群相关机制支持认知功能，但相关临床证据仍十分有限。本研究通过随机、双盲、安慰剂对照交叉试验，纳入42名45~75岁健康成年人，分别摄入18 g/d可溶性玉米纤维（SCF）或麦芽糊精安慰剂对照（CON，22 g/d），干预周期4周，两个干预期之间设置洗脱期。
金黄色葡萄球菌在亚抑制浓度抗生素下的持久性与突变率之间的权衡
抗生素治疗的合理设计通常要求药物浓度超过抑制靶细菌复制的最低阈值，但在治疗患者体内，空间和生理异质性会形成抗生素浓度梯度，导致特定部位的药物浓度低于最低抑菌浓度（MIC）。本研究以临床重要致病菌金黄色葡萄球菌为对象，通过体外实验结合数学与计算机模拟模型，探究亚抑制浓度抗生素对细菌感染和抗生素治疗成功至关重要的三个核心参数的影响。
基因组规模网络通过特定分子通路将神经退行性疾病基因与α-突触核蛋白关联
众多基因和分子通路与神经退行性蛋白病相关，但它们之间的相互关系仍不明确。本研究系统绘制了帕金森病核心蛋白α-突触核蛋白（α-syn）毒性的分子通路。通过酵母全基因组筛选，鉴定出332个影响α-syn毒性的基因。为将酵母分子网络“人源化”，开发了TransposeNet计算方法，整合序列相似性、结构比对和网络拓扑信息进行同源映射，并结合奖励收集斯坦纳森林算法构建整合网络。
霍乱弧菌BolA样蛋白对维持正常细胞形态和细胞被膜完整性至关重要
BolA家族蛋白在革兰氏阴性菌和多种真核生物中高度保守，已被发现与多种细胞表型相关，但其介导生物学效应的分子通路仍不明确。本研究系统探究了霍乱弧菌（霍乱病原体）中两个BolA家族蛋白（BolA和IbaG）的生理功能。
工程化改造恶臭假单胞菌KT2440以实现乙二醇的高效利用
乙二醇是聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）生产、防冻剂、管道天然气水合物抑制剂等工业场景的大宗原料，其好氧微生物代谢会经高毒性中间体羟基乙醛、乙醇酸进入C2代谢通路。恶臭假单胞菌KT2440因高毒性耐受性与广泛的底物特异性，常被用于环境修复工程改造，尽管其基因组携带乙二醇代谢的推定基因，却无法高效代谢乙二醇。
高产胶原酶的肉源细菌分离株腐败异质性研究
冷鲜鸡在屠宰和加工过程中不可避免地会受到微生物污染，进而导致腐败。冷鲜鸡的分割部位，尤其是鸡翅、鸡爪等带皮产品，富含胶原蛋白，可能是腐败微生物降解的主要靶点。本研究通过生鸡肉汁琼脂（RJA）法，从17株可同时分泌胶原酶和脂肪酶的腐败细菌分离株中，筛选出7株能显著分解胶原蛋白的菌株，分属于沙雷氏菌属、气单胞菌属和假单胞菌属。
多效性点突变对细胞资源的全局重分配揭示了适应性进化的多尺度机制
多效性调控突变会影响多种细胞过程，给跨生物尺度解析基因型-表型关系带来了巨大挑战。适应性实验室进化（ALE）能够在明确的选择压力下筛选并表征这类突变。本研究整合多尺度实验与计算方法，系统分析了大肠杆菌RNA聚合酶（RNAP）中多个经ALE筛选获得的单点突变体。