硫代亚磺酸耐受基因簇是洋葱致病伯克霍尔德菌的共有特征
洋葱受损伤后会合成大蒜素等硫代亚磺酸类抗菌物质抑制病原菌生长。本研究以洋葱常见致病菌唐菖蒲伯克霍尔德菌、洋葱伯克霍尔德菌、Burkholderia orbicola为研究对象，通过全基因组测序、基因簇共线性分析，在伯克霍尔德菌中鉴定出三类硫代亚磺酸耐受（TTG）基因簇（A/B/C型）。66株洋葱分离菌株中55株携带TTG簇，部分菌株同时拥有两套TTG序列；体外抑菌圈、洋葱汁液生长实验证实A、B型TTG均可赋予菌株大蒜素耐受能力，B型耐受效果更强。
破坏细菌OLE核糖核蛋白复合物会阻碍非葡萄糖碳源条件下菌体生长
OLE RNA是极端菌中保守大型非编码RNA，与OapA、OapB、OapC形成膜结合OLE RNP复合物，此前已知该复合物抵御低温、乙醇、高镁胁迫。本研究以嗜盐碱芽孢Halalkalibacterium halodurans为材料，敲除ole-oapA破坏复合物后，菌株仅葡萄糖培养基生长正常，以谷氨酸、三羧酸中间物、氨基酸等替代碳源培养时生长严重受损；谷氨酸培养基筛选得到大量抑制突变，突变集中于锰稳态（ykoY、mntB）、磷酸盐感应phoR、多药转运bmrCD相关基因。
有机磷降解微生物的降解动力学和生理学研究，用于土壤生物修复
有机磷农药应用广泛，残留会污染农田土壤，危害土壤生物、人体健康。本研究从马铃薯种植农田土壤中筛选降解菌株，分别评估单菌株、复合菌群对二嗪农的降解效果。经富集分离共得到46株细菌，其中S6、S36、S37降解性能最优；16S rRNA测序鉴定S36为巨大普利氏菌，S37为阿亚巴蒂普利氏菌，二者均为革兰氏阳性杆菌，过氧化氢酶阳性、氧化酶阴性。
水杨酸与丁醇芽孢杆菌KJ40协同提升大白菜干旱胁迫抗性
气候变化加剧干旱灾害，制约十字花科大白菜栽培。本研究以5天停水构建干旱胁迫体系，分别单独施用水杨酸（SA）、丁醇芽孢杆菌KJ40，以及二者复配处理，探究组合制剂的协同抗逆效果。结果显示0.5 mM水杨酸+KJ40（1×10⁸ cells/mL）复配处理可显著缓解干旱对大白菜生长抑制；复配组大幅提升超氧化物歧化酶、过氧化氢酶抗氧化酶活性，降低膜脂过氧化产物丙二醛积累；水杨酸会浓度依赖性调控根际KJ40定殖数量；土壤碳源代谢图谱证实复配处理改变根际微生物底物利用模式。
亲热异养硝化菌接种提升污泥堆肥效率并减少氨气排放
本研究从污泥高温堆肥物料中筛选3株耐高温异养硝化菌株复配为微生物菌剂（TM菌剂），将其接种至半透膜覆盖污泥堆肥体系，系统检测堆肥理化指标、氮素转化、微生物群落与代谢通路变化。结果显示接种菌剂可将高温维持时长由4天延长至7天，有机质降解率提升14.06%，腐殖化程度提高；累计氨气排放降低34.64%，堆肥硝态氮含量为对照组2.72倍，氮流失显著减少。
气候变化下微生物固有温度敏感性与土壤有机碳分解
土壤微生物的温度响应规律是气候碳循环模型中关键的未知变量。本研究沿中国跨度4000公里的气候梯度，采集13个区域共429份稻田土壤样品，设置8℃、15℃、20℃、25℃、35℃五个温度梯度开展短期恒温培养；联合¹³C固态核磁共振、16S rRNA绝对定量测序、微生物生长动力学检测、土壤呼吸测定多手段，系统解析升温对土壤有机碳分子组成、菌群结构、碳分解速率的调控机制。
链霉菌中两种主要核苷相关蛋白 HupA 和 HupS 在应激存活和基因表达调控中的作用
链霉菌存在两种结构、时序表达差异显著的类组蛋白HU（HupA、HupS），二者调控功能尚不明确。本研究构建ΔhupA、Δhups单敲除及ΔhupAΔhups双敲除天蓝色链霉菌突变株，结合生长表型、孢子抗逆、RNA-seq转录组、渗透压胁迫实验系统解析二者调控网络。
极地土壤作为肉杆菌属乳酸菌的新型资源库
极地冻融、高盐、寡营养土壤是筛选新型耐冷乳酸菌的独特生境。本研究从北极斯瓦尔巴、南极乔治王岛的冰碛土、鸟粪土、冰尘等极地土壤中分离获得10株肉杆菌属菌株，结合16S rRNA、管家基因系统发育鉴定，包含3个已知种（c. alterfunditum、c. jeotgali、c. maltaromaticum），剩余6株大概率为肉杆菌新种。
从两万八千年前猛犸象粪便分离放线菌的分类与代谢多样性研究
永久冻土封存古生物样本是发掘未知微生物、天然产物的独特资源。本研究从西伯利亚新西伯利亚群岛保存完好、距今2.8万年猛犸象肠道粪便中成功分离6株可培养放线菌，分属5个属：Sanguibacter、小单孢菌、奥尔斯克菌、糖多孢菌、链霉菌。全基因组系统发育分析显示菌株与现有已知菌种遗传距离极大，平均ANI相似度仅82%–89%，基因组内含大量未注释次级代谢基因簇（BGC）；代谢组质谱解析发现菌株可产生安霉素、刚果菌素、大环四内酯等已知抗菌物质，但绝大多数质谱信号无法匹配现有数据库，蕴含全新天然产物潜力。
CobB1去乙酰化酶的活性通过提升HupS与DNA亲和力，促进委内瑞拉链霉菌孢子拟核致密化
链霉菌生命周期存在菌丝、气生菌丝、孢子阶段，孢子内线性染色体高度压缩，类组蛋白HupS是调控拟核压实核心拟核相关蛋白。HupS含赖氨酸富集C端结构域，本研究证实其体内发生赖氨酸可逆乙酰化修饰，乙酰修饰会降低HupS对单/双链DNA的结合能力；委内瑞拉链霉菌中CobB1为NAD+依赖型去乙酰化酶，孢子发育阶段cobB转录上调，特异性去除HupS赖氨酸乙酰基团，恢复其DNA结合亲和力。
嗜热细菌菌群宏基因组分析及其石油污染土壤修复应用
高温环境下普通降解菌活性大幅下降，石油污染场地修复受限。本研究从高温堆肥富集得到一组嗜热降解菌群，55℃条件下可高效降解柴油、十六烷、二十二烷、萘、芘等多种石油烃，耐受0–9%盐度、4–10宽泛pH环境。16S测序与宏基因组解析菌群组成与降解通路：优势菌为 Caldibacillus、地芽孢杆菌、分枝杆菌等；菌群携带alkB、lad两种烷烃单加氧关键降解基因，以及多环芳烃降解基因簇。
基于丝状噬菌体的多功能工具包，用于拉尔斯顿伪日菌分子研究
青枯雷尔氏菌复合种（RSSC）是一种毁灭性的土传植物病原菌，迫切需要先进的遗传工具来解析其致病机制。本研究通过对丝状噬菌体RSCq进行基因组最小化和工程化改造，开发了一套多功能质粒系统pRSCq工具包。通过系统删除非必需基因并保留复制关键元件，构建了带有不同抗生素抗性标记且兼容Golden Gate克隆的稳定质粒pRSCq1-4。
关于贪铜菌Cupriavidus necator H16挥发性脂肪酸分解代谢遗传决定因素的见解
土壤细菌贪铜菌Cupriavidus necator H16是将废物衍生挥发性脂肪酸（VFAs）升级转化为可再生生物化学品的极具潜力的宿主。尽管细菌VFA代谢途径已被广泛研究，但C. necator基因组中每个分解代谢步骤都编码了多个同工酶，这些同源蛋白之间的底物特异性程度目前仍未知。为深入了解C. necator对VFA底物的分解代谢机制，本研究对以乙酸、丙酸、丁酸、戊酸或己酸为唯一碳源和能源生长的细胞进行了转录组学分析。
MexR和NalD是铜绿假单胞菌中外排泵MexAB-OprM的铜绿素响应型转录抑制因子
铜绿假单胞菌的次级代谢产物铜绿素（PYO）通过诱导耐药结节细胞分裂（RND）外排系统的表达显著增强其抗生素耐药性，但由多个转录抑制因子调控的MexAB-OprM的初始去阻遏和后续上调机制仍不清楚。本研究证明MexAB-OprM的转录抑制因子MexR和NalD可作为PYO受体，解离常数分别为5.17和7.03 μM。电泳迁移率变动分析显示，PYO与MexR和NalD结合会诱导它们从mexA启动子上解离，导致mexAB-oprM表达去阻遏。
新型氧化锰细菌木糖赖氨酸芽孢杆菌M125的分离：该菌株产生的生物源氧化锰的特性分析、结构演化及镉吸附
锰氧化细菌在将可溶性Mn(II)转化为不溶性Mn(III/IV)氧化物的过程中发挥着关键作用，其产物被广泛应用于环境修复尤其是重金属污染治理领域。本研究从电镀厂附近的锰污染土壤中，通过添加10 mmol/L氯化锰的选择性LB培养基富集分离，结合Leucoberbelin Blue（LBB）显色法筛选得到一株具有强锰氧化能力的菌株。
不同孔径域孔隙水中可溶性有机碳化学性质的差异
本研究探究土壤不同孔径大小孔隙中可溶性有机碳的化学组成差异及其微生物可分解性。通过负压法提取不同孔径孔隙水，利用超高分辨傅里叶变换离子回旋共振质谱表征有机碳分子组成，并接种典型土壤微生物进行培养实验。
代谢相互作用影响人工合成细菌生物膜群落的生物量
本研究结合共现网络分析、定量PCR、基因组尺度代谢模型与体外实验，探究根际来源的人工合成生物膜群落中物种间的相互作用。结果表明，群落生物量主要受关键物种调控，这些物种通过代谢促进或资源竞争发挥作用。阳性关键物种泛生泛菌（Pan）可作为代谢供体支持其他菌株生长，阴性关键物种根际金黄杆菌（Chr）则通过高强度资源竞争抑制整体生物量。
细菌对根细胞壁的修饰促进酸性土壤中水稻的铝抗性
植物根细胞壁是逆境土壤中作物胁迫抗性形成的关键微生物互作界面。根际微生物可通过养分交换和激素信号调控根系发育，但其在酸性土壤铝毒胁迫下对根细胞壁重塑的作用机制尚不明确。本研究证实，合成微生物群落（SynCom）可通过激活木葡聚糖内转糖苷酶（XET）活性，提升水稻根系的铝胁迫抗性。