一株表达产肠毒素大肠杆菌热不稳定肠毒素B亚基的重组福氏志贺菌通过外膜囊泡开发疫苗具备潜力
志贺菌与产肠毒素大肠杆菌（ETEC）是全球腹泻病主要致病菌，目前无获批商用疫苗，多重耐药问题持续加剧。本研究将ETEC热不稳定肠毒素B亚基编码基因eltb整合至野生型福氏志贺菌、高囊泡分泌ΔtolR突变株基因组，构建两株重组菌株。
结合体内外疗效评估，对靶向多重耐药产肠毒素大肠杆菌的噬菌体PGX1进行表征与基因组分析
多重耐药产肠毒素大肠杆菌（ETEC）是人畜共患病原菌，抗生素耐药问题日益严峻，噬菌体是替代抗生素的潜在抗菌制剂。本研究从污水中分离得到裂解型噬菌体PGX1，宿主为多重耐药O60血清型ETEC菌株EC6。噬菌体基因组全长37009 bp，属于短尾噬菌体纲、自复制病毒科、Teseptimavirus属，不含溶原、毒力、耐药相关基因。
构建阵列化CRISPRi文库用于变形链球菌必需基因功能研究
阵列突变文库是细菌遗传学核心研究工具，但传统缺失/转座文库无法覆盖细菌必需基因，CRISPR干扰（CRISPRi）技术可可逆抑制必需基因实现高通量功能筛选。本研究以致龋菌变形链球菌UA159为材料，构建命名为SNAP的阵列化CRISPRi文库，文库包含270株菌株，可木糖诱导靶向抑制250余个必需、生长关键基因，每株菌株携带单一靶向sgRNA。
用于筛选间日疟原虫脱氧次黄嘌呤合酶抑制剂的酵母靶向实验平台
脱氧次黄嘌呤合酶（DHS）负责真核翻译起始因子eIF5A的关键翻译后修饰，该酶对真核生物存活不可或缺，是理想抗感染药物靶点。但间日疟原虫体外连续培养体系缺失，限制靶向PvDHS药物筛选。本研究利用CRISPR-Cas9改造酿酒酵母，构建双互补筛选平台：敲除酵母内源DYS1基因，基因组整合人HsDHS或间日疟原虫PvDHS，同时敲除多药外排基因、整合荧光标记提升检测灵敏度。
Rho因子与核糖开关协同调控mntP基因表达以缓解锰胁迫与膜蛋白毒性
锰是细菌必需微量元素，但胞内过量锰具有强毒性，MntP是大肠杆菌核心锰外排膜蛋白，其表达调控机制尚未完全明晰。大肠杆菌mntP基因5'非翻译区存在锰响应yybP-ykoY型核糖开关，同时该区域可作为Rho依赖转录终止的作用平台。
编码核糖-5-磷酸异构酶的rpiAB基因失活提升大肠杆菌对抗生素的敏感性
核糖-5-磷酸异构酶RpiA、RpiB是大肠杆菌戊糖磷酸途径（PPP）戊糖互变核心酶。本研究发现同时敲除rpiAB会阻断氧化支路生成核糖-5-磷酸（R5P），引发胞内NADPH、谷胱甘肽、ATP含量大幅下降，造成胞内氧化还原与能量失衡，但不会激活soxRS氧化应激通路，反而使细菌对多种抗生素、氧化剂（百草枯、过氧化氢）高度敏感。rpiAB缺失株转酮醇酶Tkt活性显著上升；外源核糖会强烈抑制该突变株生长，木糖无此效应。
动力学是外流转运蛋白EmrE识别药物机制的基础
本研究以大肠杆菌SMR家族多药外排转运蛋白EmrE为研究对象，借助核磁共振（NMR）谱学、分子动力学模拟、突变耐药实验等手段，探究膜内谷氨酸Glu14质子化状态对蛋白构象、动力学特性的别构调控机制。同源二聚体EmrE两个单体的Glu14全部质子化时，结合口袋被芳香残基封堵，呈闭合构象无法结合药物；单个单体Glu14去质子化会改变色氨酸Trp63侧链位置，推动构象平衡向开放态偏移，通过构象选择机制结合四苯基鏻（TPP）底物，药物结合亲和力提升约2000倍。
基于蛋白包涵体形成的CRISPR筛选揭示SRRD调控中间丝动力学与聚集体组装的作用
神经退行性疾病标志性特征是细胞内大量蛋白包涵体积累，但调控蛋白聚集的分子因子尚不明确。传统遗传筛选多以细胞毒性为检测指标，无法直接识别聚集调控因子。本研究将全基因组CRISPR敲除筛选与流式脉冲波形分析（PulSA）联用，以ALS致病蛋白TDP-43为模型，直接筛选调控蛋白包涵体形成的基因。
融合深度学习模型特征的DLFea4AMPGen方法从头设计抗菌肽
本研究提出DLFea4AMPGen策略，利用深度学习提取抗菌、抗真菌、抗氧化相关关键氨基酸特征，结合SHAP方法挖掘关键特征片段（KFF），构建合理序列空间并从头设计多功能抗菌肽。实验验证16条设计肽，12条具有双重以上活性，D1肽表现广谱抗菌，对多重耐药菌有效且体内降低细菌载量与炎症因子。该方法显著提升抗菌肽设计成功率，为应对耐药菌提供新工具。
胰岛素响应多种氨基酸调节微生物生物膜形成
本研究评估胰岛素与不同氨基酸共同作用下，革兰氏阴性菌在塑料与乳胶表面的生物膜形成与黏附情况。结果显示20种氨基酸中仅7种可调节细菌黏附，且无统一结构规律。胰岛素在丙氨酸、缬氨酸等存在时不影响黏附；高浓度精氨酸可抑制细菌在乳胶上的黏附并解聚已形成的生物膜，而低浓度精氨酸无此作用，但加入胰岛素后可恢复其抑制效果。该发现可为临床与工业材料改性提供新思路。
天然精油混合物对人畜共患病原菌体外抗菌活性检测方法的比较
本研究针对人畜共患病原菌，比较微量肉汤稀释法与宏观肉汤稀释法测定天然精油混合物抗菌活性的效果。以大肠杆菌、蜡样芽孢杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌为受试菌株，优化微量稀释法体系，通过Bioscreen C自动监测生长并计算最大OD值、延滞期、生长速率三个参数。
转录组分析揭示大肠杆菌暴露于谷胱甘肽和环丙沙星时多层面应激反应的相互作用
本研究团队此前已报道外源性谷胱甘肽（GSH）可通过中和抗生素诱导的氧化应激并增强抗生素外排，促进大肠杆菌对环丙沙星的耐药性。本研究利用全基因组微阵列技术，系统分析了大肠杆菌在单独暴露于GSH、亚抑菌浓度环丙沙星以及两者联合处理下的转录组变化。
细胞色素bd依赖的生物能量学与抗亚硝化防御在沙门氏菌致病中的作用
感染过程中，肠炎沙门氏菌会定植于氧（O₂）和一氧化氮（NO）浓度各异的解剖部位，这两种气体竞争结合醌氧化酶的催化金属基团。肠杆菌科表达两类进化上不同的醌氧化酶，它们对O₂和NO的亲和力以及跨膜转运质子的化学计量比存在显著差异。
基因组规模网络通过特定分子通路将神经退行性疾病基因与α-突触核蛋白关联
众多基因和分子通路与神经退行性蛋白病相关，但它们之间的相互关系仍不明确。本研究系统绘制了帕金森病核心蛋白α-突触核蛋白（α-syn）毒性的分子通路。通过酵母全基因组筛选，鉴定出332个影响α-syn毒性的基因。为将酵母分子网络“人源化”，开发了TransposeNet计算方法，整合序列相似性、结构比对和网络拓扑信息进行同源映射，并结合奖励收集斯坦纳森林算法构建整合网络。
敏感与耐药大肠杆菌在生物膜状态下的生长动力学、抗生素敏感性及环丙沙星亚致死浓度的影响研究
本研究旨在探究敏感与耐药大肠杆菌在生物膜状态下的生长动力学特征、抗生素敏感性差异以及环丙沙星亚致死浓度对其的影响。研究采用 Bioscreen C Analyzer 测定了不同条件下大肠杆菌生物膜的生长曲线，比较了敏感株与耐药株在有无环丙沙星亚致死浓度处理下的生长速率、生物膜形成能力及抗生素耐受性差异。
临床分离屎肠球菌中核糖体蛋白 L3 缺失介导的利奈唑胺高水平耐药体内演化研究
本研究针对临床接受利奈唑胺治疗后出现耐药的屎肠球菌感染病例，收集治疗前后的配对临床菌株开展研究；经全基因组测序发现，耐药株核糖体大亚基蛋白 L3 的编码基因存在特异性片段缺失突变，该突变是介导利奈唑胺高水平耐药的核心分子机制；研究利用芬兰 Bioscreen C MBR 全自动微生物生长分析仪测定野生型菌株、L3 缺失突变株及基因回补株的生长曲线，定量分析各菌株的生长动力学特征与适应性代价；
KPC高表达介导临床碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌对头孢他啶-阿维巴坦异质性耐药研究
本研究以临床碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌为研究对象，围绕其对临床常用治疗药物头孢他啶 - 阿维巴坦的异质性耐药问题展开探究；通过分子生物学检测证实菌株 KPC 基因高表达是介导该异质性耐药的关键分子因素；采用芬兰 Bioscreen C MBR 全自动微生物生长分析仪，实时测定不同头孢他啶 - 阿维巴坦浓度下菌株的生长曲线，量化分析异质性耐药亚群的生长动力学特征；
一种合成肽使多重耐药铜绿假单胞菌对抗生素增敏超 2小时并使细菌外膜通透化持20小时
本研究针对临床多重耐药铜绿假单胞菌治疗困难的问题，设计并合成一种新型抗菌肽，系统探究其对耐药菌的外膜通透作用与抗生素增敏效果。实验证实该合成肽可显著改变多重耐药铜绿假单胞菌外膜通透性，且该作用可维持 20 小时；利用芬兰 Bioscreen C Pro 仪器测定细菌生长抑制曲线，证明该合成肽可让多重耐药铜绿假单胞菌对常规抗生素的增敏效应持续超过 2 小时；