高压对啤酒中短叶螺旋乳酸杆菌的影响——灭活与亚致死损伤
啤酒低pH、酒花酸、酒精等环境可抑制多数微生物，但短乳杆菌（Levilactobacillus）仍是啤酒主要腐败菌。本研究以腐败菌株KKP 3574为对象，探究高压（HHP）对该菌灭活效果与亚致死损伤。400 MPa/5 min处理可在啤酒中实现最高7 log CFU/mL的菌体灭活，且无亚致死损伤；而10%麦汁经同等压力处理会产生1.1 log CFU/mL亚致死菌体。
利用细胞存活率、斑点测定、比浊微生物法探究多种天然提取物在可持续酿酒酵母模型中的抗真菌活性
天然植物提取物是食品工业绿色防腐添加剂重要候选原料。本研究选用酿酒酵母工业菌株（葡萄酒酵母、啤酒酵母、面包酵母）作为真核微生物评价模型，评估贯叶连翘、希俄斯乳香、迷迭香三种商用植物提取物的抗酵母活性；采用纸片扩散法、斑点成像定量实验、Bioscreen比浊生长曲线三种检测方法并行验证，并通过LC-MS鉴定提取物多酚组分。
拉莫三嗪回补RsgA缺陷型大肠杆菌的生长缺陷，揭示IF2在核糖体生物发生中的全新功能
RsgA是30S核糖体晚期组装GTP酶，功能是将RbfA从30S-RbfA复合物解离。大肠杆菌ΔrsgA敲除株生长迟缓，胞内17S rRNA（16S前体）与游离核糖体亚基大量累积。本研究发现多拷贝infB（编码IF2）过表达可回补ΔrsgA生长缺陷，同时共表达起始tRNA（i-tRNA）会产生协同增效作用，说明翻译起始复合物组装参与缺陷修复；IF2与i-tRNA共表达能促进17S rRNA加工成熟、保护16S rRNA 3'小结构域。抗癫痫药物拉莫三嗪（Ltg）可特异性结合IF，同样能改善ΔrsgA菌株生长，伴随17S加工提升、16S 3'端稳定、70S完整核糖体增多；但当rbfA携带L83R抑制突变（可自发释放RbfA）时，Ltg反而抑制菌株生长。
产酸克雷伯菌暴露于环丙沙星后的代谢响应：代谢组学研究
败血症相关致病菌快速鉴定与药敏检测是指导抗菌治疗、降低病死率的关键。本研究采用代谢组学手段，探究临床分离产酸克雷伯菌在不同浓度环丙沙星（二代喹诺酮类抗生素）胁迫下的代谢变化，挖掘耐药相关分子机制。实验联合傅里叶变换红外光谱（FT-IR）代谢指纹图谱与气相色谱-质谱（GC-MS）非靶向代谢轮廓分析：FT-IR可快速区分敏感株与耐药株；GC-MS在BHI培养液中共检出176种代谢特征物质，其中137达到MSI二级鉴定标准；40种代谢物在敏感/耐药菌株间存在显著差异，主要归属于中心碳代谢、精氨酸-脯氨酸代谢、丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸代谢、丙酮酸通路。
保守转录因子在代谢能力各异的嗜盐古菌中通过不同靶点调控糖异生过程
碳代谢通路的精准转录调控是微生物避免无效代谢循环、适应营养波动的核心机制。已知嗜盐古菌盐杆菌（Halobacterium salinarum）的TrmB转录因子调控糖异生，但该菌无法利用外源糖类，与多数可分解碳水化合物的嗜盐古菌代谢模式差异巨大。本研究选取可利用多种碳源、具备生物合成工业价值的西班牙盐盒菌（Haloarcula hispanica），系统表征其TrmB同源蛋白TrmB_Har，对比两种代谢分化古菌的TrmB调控网络差异。
担子菌近香侧耳新型次级代谢物及其对金黄色葡萄球菌生物膜的抑制活性研究
本研究从肯尼亚热带雨林分离的担子菌近香侧耳（Lentinus cf. sajor-caju）液体发酵提取物中分离鉴定3种全新微孔酸衍生物：微孔酸H、I、J（MAH、MAI、MAJ）。通过高分辨质谱、一维/二维核磁共振波谱完成全部化合物结构解析；结晶紫染色、XTT代谢活性检测、激光共聚焦显微成像等生物膜实验证实，微孔酸H与I具备金黄色葡萄球菌生物膜抑制活性，且发挥作用的药物浓度不会抑制浮游细菌正常生长；微孔酸I联用万古霉素、庆大霉素时可显著提升两种抗生素抗生物膜效果，微孔酸J无明显抑膜活性。该研究为真菌来源低毒抗生物膜先导化合物提供新资源，也为金黄色葡萄球菌生物膜相关感染联合给药方案提供新思路。
TbsP与TrmB共同调控gapII，影响古菌沃氏盐古菌的细胞发育表型
微生物需要持续调整生理状态以适应多变环境，高盐极端环境中的嗜盐古菌具备极强环境适应能力，模式古菌沃氏盐古菌可随营养、细胞密度改变细胞形态、生物膜形成与运动能力，但该生活方式转换的调控机制尚不明确。前期研究发现转录因子TrmB可在盐杆菌中激活糖异生通路基因，生成糖基用于细胞表面糖蛋白合成，维持菌体杆状形态。
红藜麦水解产物对氧化应激型酿酒酵母的抗氧化生物活性研究
藜麦是营养价值极高的假谷物，其蛋白酶解产物具备多种生物活性。本研究选取白、红、黑三种藜麦，采用多种商用蛋白酶进行不同时长的酶解，结合感官评价、体外抗氧化能力、总酚含量检测筛选优质水解产物，并以酿酒酵母BY4741为活体模型，评价最优藜麦水解产物的体内抗氧化效果。
利用Sc2.0七号合成酵母染色体构建与SCRaMbLE技术解析非整倍体表型
非整倍体可造成基因组失衡，关联胚胎致死、肿瘤发生与衰老，但非整倍体表型成因尚不明确。本研究人工合成酿酒Sc2.0七号染色体（synVII），借助SCRaMbLE重组系统构建合成+天然七号染色体的非整倍体酵母，筛选219株染色体重排突变株。
恶臭假单胞菌KT2440对左旋葡聚糖和纤维聚糖的转化研究
生物质热解制备生物油会生成大量左旋葡聚糖与纤维聚糖，目前微生物利用纤维聚糖的机制尚不明确。本研究将左旋葡聚糖激酶基因导入恶臭假单胞菌KT2440，改造后的菌株可将左旋葡聚糖作为唯一碳源生长。研究证实糖苷水解酶GH1和GH3家族的β-葡萄糖苷酶均可水解纤维聚糖，生成左旋葡聚糖和葡萄糖。
利用合成基因表达系统调控酿酒酵母中P(LA-3HB)共聚物的D-乳酸含量
聚羟基烷酸酯（PHA）是可替代石化塑料的全生物基材料，单纯聚(3-羟基丁酸酯)（PHB）力学性能存在短板，掺入其他单体可改善材料特性。本研究在酿酒酵母中改造多西环素调控的Tet-On合成表达系统，通过控制肠膜明串珠菌来源D-乳酸脱氢酶基因（ldhA）的表达水平，实现胞内D-乳酸单体合成的精准调控，该调控方式不依赖培养条件。
一种保守的tRNA修饰水平调控细胞生长
N6-苏氨酰氨甲酰腺苷（t⁶A）是一种在所有生物中高度保守的tRNA转录后修饰，普遍存在于识别A起始密码子的tRNA第37位碱基上，该修饰可保障tRNA正常解码功能。酵母中t⁶A合成关键基因缺陷会造成菌株生长迟缓，本研究以果蝇、酵母为模式生物开展探究，首次在后生动物中证实Tcs3蛋白负责t⁶A的合成。
热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢数据集：培养条件对终产物生成的影响
本文提供了热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢的相关数据集，重点探究不同电子清除条件下该菌株对20种蛋白质氨基酸的代谢及终产物生成情况。该菌株单独发酵丝氨酸主要生成乙酸，同时伴随少量乙醇；在共培养产氢产甲烷菌的条件下，支链氨基酸缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸会被分解为对应的支链脂肪酸，添加40 mM硫代硫酸盐时，则同时生成支链脂肪酸与支链醇。
苹果渣用于丙酸-乙酸发酵工艺的可行性研究
本研究探究苹果渣作为碳源用于费氏丙酸杆菌T82发酵生产丙酸与乙酸的可行性。欧盟每年产生大量苹果渣加工废弃物，利用其进行生物发酵兼具环保与经济价值。结果表明，费氏丙酸杆菌T82可利用苹果渣中的果糖、葡萄糖、蔗糖生长，其中果糖最利于菌体增殖，蔗糖最利于有机酸合成。
利用CRISPR干扰技术筛选必需基因揭示蛋白酶体调控决定酵母菌的乙酸耐受性
CRISPR干扰（CRISPRi）是研究不同培养条件下细胞生理、筛选必需基因表达变化的有力工具。本研究利用包含九千余株菌株的酿酒酵母CRISPRi文库，在添加乙酸的培养基中开展高通量筛选。乙酸是木质纤维素生物质工业转化过程中产生的抑制物，提升酵母菌的乙酸耐受性对生物炼制领域的细胞工厂应用至关重要。
基于模型评估木质素添加培养基中凝结芽孢杆菌生长性能与L-乳酸产量的数据集简报
本文为配套数据集简报，依托相关主研究，系统展示了三株凝结芽孢杆菌在含木质素培养基中的培养相关数据。研究以木质纤维素来源的葡萄糖、木糖、阿拉伯糖为混合碳源，开展共发酵实验，借助高通量光密度筛选、液相色谱、紫外分光光度法等手段获取数据，结合逻辑增长模型、莫诺动力学模型完成参数拟合与模拟分析。
一款用于酵母生长速率、存活率及时序寿命高通量分析的R语言工具包SPOCK
基于酶标仪的高通量检测技术已广泛应用于酿酒酵母生长速率、细胞存活率与时序寿命的测定，但是海量检测数据的分析成为当前主要瓶颈。本文开发了名为SPOCK的R语言数据分析工具包，专门处理高通量培养设备产出的酵母相关数据。该工具包可自动计算酵母代增时间、细胞存活率与时序寿命，内置巴特沃斯、LOESS等多种降噪算法去除原始数据噪声，同时配备污染、数据异常等校验机制，能够稳定、可重复地完成数据分析。
对4698个单基因缺失菌株复制寿命的综合分析揭示保守的衰老机制
本研究以酿酒酵母为研究对象，对4698株单基因缺失存活菌株开展复制寿命全基因组筛选，最终鉴定出238株寿命延长菌株，其中189株为新发现菌株。这些长寿菌株的缺失基因分属多个功能集群，且酵母与秀丽隐杆线虫的长寿通路存在高度保守性。研究重点解析了tRNA转运相关基因LOS1，发现敲除LOS可显著延长酵母复制寿命。
化学与生物合成制备的三、四甲基取代新型双环内酯及其抗菌活性
本研究经五步化学合成得到10种异佛尔酮衍生物，包含两类带有三甲基、四甲基的不饱和双环内酯；选用多株真菌对上述内酯进行生物转化，得到4种全新羟基内酯，因四甲基不饱和内酯为非对映异构体混合物，开展结构解析；对全部不饱和内酯与羟基内酯进行抑菌试验与气味评定，结果显示部分化合物可抑制金黄色葡萄球菌、荧光假单胞菌、白色念珠菌、链格孢与青霉等致病微生物生长。
硫代谢通过胱硫醚β-合酶与Sec14蛋白的相互作用调控内质网应激存活
本研究以酿酒酵母为模型，揭示硫代谢关键酶胱硫醚β-合酶Cys4通过产生硫化氢（H₂S）并与磷脂转运蛋白Sec14相互作用，调控内质网应激存活。Cys4是内质网应激下维持细胞存活的主效H₂S合成酶，缺失CYS4会导致细胞对衣霉素极度敏感、未折叠蛋白反应（UPR）持续激活、胞内脂滴异常积累。