饮用水处理厂生物滤池中分离的微生物菌群对氨甲基膦酸（AMPA）的生物降解作用
草甘膦的广泛使用使其在饮用水源中的检出率显著升高，其主要降解产物氨甲基膦酸（AMPA）难以通过传统水处理工艺去除，对公共健康和环境安全构成威胁。本研究探究了3种环境样品中分离的细菌对AMPA的生物降解能力，重点评估其在水处理系统中的应用潜力：3份样品分别来自英国某饮用水处理厂不同运行时长的颗粒活性炭（GAC）滤池，以及有草甘膦类除草剂施用历史的农田土壤。
用古代和现代同源基因替换必需基因的功能限制
细胞中执行核心信息处理功能、具有多个互作伴侣的蛋白编码基因，更难通过水平基因转移进入外源生物并发挥功能。本研究以编码高度保守的翻译延伸因子 Tu（EF-Tu）的 tuf 基因为研究对象，通过系统地将大肠杆菌基因组中的内源 tufA 基因替换为其现代和古代同源基因，探究了该必需基因跨物种 / 跨时间转移的功能限制。
用于酿酒酵母复杂遗传线路工程的合成工具包
化学品、材料和医药产品的可持续生产，越来越依赖基因工程改造的细胞工厂；而复杂代谢途径或细胞行为控制系统的工程化，需要稳健、可预测的基因表达工具，其中正交性是这类工具的核心前提。
蒸汽爆破预处理短轮伐硬木树种垂枝桦的酶解消化率提升及其乳酸生产潜力
针对全球对化石基产品的依赖与生物基可降解材料的产业需求，首次系统探究了可在边际土地种植的短轮伐硬木垂枝桦（Betula pendula）作为木质纤维素原料，通过生物转化工艺生产聚乳酸核心单体 L - 乳酸的可行性。
低需盐嗜碱黑生盐单胞菌 X339 在非无菌开放条件下利用小麦秸秆水解物生产聚羟基丁酸酯
利用农业废弃物生产生物基产品是降低其生产成本的可持续途径。本研究报道了一株新型嗜盐嗜碱菌株 —— 黑生盐单胞菌（Halomonas nigrificans）X339，该菌株具备利用多种低成本碳源的优异能力。与其他嗜盐菌相比，X339 的最适生长盐度可低至 2%（w/v），且能在胞内积累超大尺寸的聚羟基丁酸酯（PHB）颗粒。
工程化酿酒酵母在偏好与非寻常化学环境中的适应性进化
利用工程化微生物细胞以可再生资源生产化学品有望替代石油基化学合成，然而达尔文选择对工程菌化学品生产能力的影响尚未被充分探究。所有增殖细胞都不可避免地受到达尔文选择的作用，该选择偏好利于细胞适应性的表型，而这类表型极少包含工程化的化学品生产性状。
基于内源 I-E 型 CRISPR-Cas 系统的嗜黑盐单胞菌 X339 基因编辑工具开发及其在提升
本研究针对嗜黑盐单胞菌（Halomonas nigrificans）X339 缺乏高效遗传操作工具的问题，首次开发了基于其内源 I-E 型 CRISPR-Cas 系统的单质粒基因编辑工具，实现了该菌株的精准基因敲除与代谢工程改造。通过敲除丙酸分解代谢关键基因prpC，大幅提升了丙酸向 3 - 羟基戊酸（3HV）单体的转化效率；进一步敲除 23.6 kb 的胞外多糖（EPS）合成基因簇PS1，重定向碳通量至聚羟基烷酸酯（PHA）合成，同时恢复了菌株的丙酸耐受性。
假单胞菌 HR199 菌株的松柏醛脱氢酶基因提升酿酒酵母对松柏醛的转化能力
已有研究发现有氧条件下酿酒酵母可将松柏醛转化为肉桂酸，但未鉴定出该过程的专一性酶；假单胞菌含有松柏醛转化专用酶 CALDH。本研究将假单胞菌的 CALDH 基因在酿酒酵母中异源表达，同时敲除酿酒酵母的乙醛脱氢酶基因 ALD5，并构建原养型对照菌株；在好氧生物反应器中用 1.1mM 松柏醛培养上述改造菌株，结果证实CALDH 表达可提升酿酒酵母内源松柏醛转化能力，ALD5 参与酿酒酵母对松柏醛的转化过程。
酵母经典基因网络的反向进化赋予其竞争优势
葡萄糖阻遏是酵母中确保碳源经济高效利用的核心调控系统，半乳糖（GAL）代谢网络作为基因调控研究的经典系统，在酵母中受到葡萄糖阻遏的严格调控。本研究发现，自然发酵牛奶中的酿酒酵母谱系，通过跨物种基因渐渗，将其所有结构 GAL 基因（GAL2 及 GAL7-10-1 基因簇）替换为早期分化物种的同源版本。
可利用戊糖和己糖的新型高抗逆性凝结芽孢杆菌菌株的基因组扩展与蛋白质组重分配
针对新型野生型凝结芽孢杆菌 B-768，通过系统的表型表征、比较功能基因组学与定量蛋白质组学分析，全面解析了该菌株抗逆性与广谱碳代谢能力的分子机制。
利用 Cas9 - 腺嘌呤脱氨酶融合蛋白在细菌中实现可编程的腺嘌呤脱氨基编辑
精准的遗传操作对细菌生理学研究至关重要，但部分细菌因内源同源重组（HR）能力弱、缺乏兼容的外源 HR 系统，难以实现精准基因组编辑。本研究报道了一种利用 Cas9 切口酶与腺嘌呤脱氨酶融合蛋白，在细菌基因组中直接实现腺嘌呤（A）到鸟嘌呤（G）精准转换的快速高效编辑方法。
转录组分析揭示无色素粘质沙雷氏菌突变株的竞争性生长优势
粘质沙雷氏菌因产生红色次生代谢产物灵菌红素而备受关注，自然与实验室条件下均存在无色素突变株，但其丢失产色素能力的机制尚不明确。本研究发现，野生型粘质沙雷氏菌连续传代后，自发无色素突变株在数代内出现并快速取代野生型菌株，具备显著生长优势；且突变株中灵菌红素合成基因簇（pigA-N）完整无缺失，仅在转录水平显著下调。
植物种子提取油脂对解脂耶氏酵母生长及脂解活性的影响
解脂耶氏酵母是一种具有强大脂解能力的非传统酵母，广泛应用于工业脂肪酶、微生物油脂的发酵生产，而疏水底物是调控其生长与脂酶合成的核心因素。本研究系统评估了索氏提取法、Folch 提取法制备的杏仁油、榛子油、芫荽籽油，对解脂耶氏酵母 W29 菌株生长动力学、生物量积累及胞外脂解活性的影响。
胁迫诱导的交叉保护及复合胁迫响应在耐极端黑酵母中的研究
极端耐逆真菌栖息于多重胁迫叠加的环境，但现有研究多仅单一探究胁迫因子。本研究验证盐胁迫、低温胁迫或二者复合预处理，是否能提升黑酵母干燥与冷冻后的存活率；同时明确盐度与温度对生长的联合效应为加性还是协同性。
细菌血红蛋白 VHb 异源过表达提升解脂亚罗酵母赤藓糖醇生物合成
解脂亚罗酵母（Yarrowia lipolytica）是极具工业潜力的非常规酵母，但其发酵需氧量极高，成为大规模生产的瓶颈。本研究将密码子优化的透明颤菌血红蛋白基因（VHb）在解脂亚罗酵母中过表达，旨在实现低氧条件下以甘油为底物高效生长并合成赤藓糖醇。
通过培养基碳氮比和化学分子伴侣缓解高产脂解脂亚罗酵母中共表达分泌型真菌纤维素酶的代谢负担
解脂亚罗酵母（Yarrowia lipolytica）是优异的高产脂工业酵母，但自身缺乏纤维素降解酶系，无法直接利用木质纤维素原料。本研究在高产脂工程菌株 HA1 中，共表达 3 种核心真菌纤维素酶（嵌合型纤维二糖水解酶 CBH I、里氏木霉纤维二糖水解酶 CBH II、内切葡聚糖酶 EG II），系统评估异源纤维素酶共表达带来的代谢负担。
辅因子工程调控酿酒酵母发酵饮料中酯类与高级醇的研究进展
辅因子是酶促反应中电子、原子或官能团的核心载体，调控细胞氧化还原平衡与能量代谢；酿酒酵母胞内NAD (H)、NADP (H)、CoA、乙酰 - CoA等辅因子的丰度与比例，直接决定酯类、高级醇等关键香气物质的生物合成通量。
自然堆肥与蚯蚓堆肥过程中有机碳迁移及生物活性特征的定性评估与关联分析——不同猪粪/秸秆颗粒配比
猪粪 / 秸秆颗粒不同配比下，自然堆肥（NC）与蚯蚓堆肥（VC）中有机碳组分转化途径及其与微生物活性的关联机制尚不明确。本研究设置 5 种猪粪（PM）/ 秸秆颗粒（SP）配比（100:0、75:25、50:50、25:75、0:100）开展 60 天堆肥试验，结果表明 **T2（75:25）** 因初始 C/N 比（31.65±0.99）适宜，堆肥效能最优；
439株乳球菌基因组尺度代谢模型的高通量构建与比较揭示菌株特异性代谢多样性（食品发酵/发酵工程）
乳球菌是乳制品发酵、食品工业中的核心工业微生物，不同菌株在发酵性能、风味合成、胁迫耐受性等表型上存在显著差异，传统单菌株基因组尺度代谢模型（GSMM）无法覆盖物种全维度的代谢多样性，且存在构建效率低、标准化程度差的瓶颈。