第六元件：异源起源的102千碱基RepABC质粒调控希氏玫瑰变色菌染色体基因表达
希氏玫瑰变色菌作为海洋玫瑰杆菌类模式微生物，基因组具备多复制子结构。该研究发现原始菌株Dshi-6含有六个染色体外复制子，而德国微生物和细胞培养物收藏中心保藏的菌株Dshi-5缺失一个102 kb的质粒。研究对两株菌株完成全基因组重测序，对比基因表达、生长特性与底物利用能力，并结合多株质粒消除突变株开展分析。
嗜窄温性兼性嗜热厌氧梭菌AK1菌株产乙醇和1,2-丙二醇的数据集
本数据集报道了嗜窄温性兼性嗜热厌氧梭菌AK1菌株对D-葡萄糖、L-鼠李糖、L-岩藻糖的发酵特性及产物生成情况。研究考察底物浓度、初始pH、培养温度、液气相比、磷酸盐浓度对发酵产物的影响。
深海Myroides profundi D25菌株由陆生向海洋迁移过程中的早期基因组演化与异域物种形
每年大量陆生细菌随径流汇入海洋，但多数难以存活，少数可在海洋定殖，其环境适应分子机制尚不明确。Myroides profundi D25分离自冲绳海槽深海沉积物，与人源条件致病菌Myroides odoratimimus基因组同源性极高，提示该菌近期由陆生环境迁入海洋。
应激诱导泛素同源蛋白Hub1上调调控前体mRNA剪接并提升酿酒镉耐受性
前体mRNA剪接是真核生物基因表达的关键过程，DEAD-box RNA解旋酶参与调控剪接保真度。泛素同源蛋白Hub1可结合剪接关键因子Prp5并激活其ATP酶活性，过表达Hub1能提升剪接效率、放宽剪接位点限制，但其生理功能尚不明确。本研究发现，氧化应激、重金属镉胁迫可通过酵母AP1（Yap1）调控子在转录水平上调Hub1表达；镉胁迫下，上调的Hub1能够促进含非典型剪接位点内含子的剪接。
两株扑草净降解菌的分离鉴定与泛基因组比较分析
本研究从长期受扑草净污染的土壤中分离驯化得到两株能以扑草净为唯一碳氮源生长的降解菌T6-2与T7-2，经形态、生理生化与16S rRNA鉴定分别为枯草芽孢杆菌枯草亚种与缺陷短波单胞菌。优化培养条件后，T6-2在pH7、接种量5%时72h对75mg/L扑草净降解率达70.63%，T7-2在pH8、接种量10%时72h对50mg/L扑草净降解率达73.03%。种子安全性实验证实两株菌可有效缓解扑草净对玉米的毒害。
北极污灰假交替单胞菌中Csr小RNA的动态且复杂调控
本研究在北极污灰假交替单胞菌BSW20308中发现两个新的Csr系统小RNA Pf2与Pf3，连同已知的Pf1共同构成三条Csr sRNA。它们通过竞争性结合CsrA蛋白，全局调控细菌的运动性、生物被膜、六型分泌系统、外膜应激、碳代谢等多种生理过程。缺失不同数量的Pf sRNA会显著改变CsrA的靶标谱，表现出功能互补与补偿效应。
产碱杆菌的异养氨氧化平衡活性氧生成与末端电子传递
异养硝化细菌可在有机碳源存在下好氧氧化氨，这与自养硝化菌从氨氧化中获取能量用于细胞代谢和生长的机制不同，但异养氨氧化的生理意义数十年来一直不明确。本研究发现，以氮气（N₂）为主要产物的直接氨氧化（Dirammox）——一种异养氨氧化过程——与粪产碱杆菌（*Alcaligenes faecalis*）的氧化还原平衡和电子传递链密切相关。
合成细菌联盟促进石油烃类降解：功能互补性与调控协调的见解
微生物修复技术广泛应用于石油污染土壤治理。虽然功能互补的菌株组合能够解决石油污染物生物利用度低和组成复杂的问题，但经验性混合菌群在波动的环境条件下往往缺乏功能稳定性。本研究系统评估了多种菌株组合，鉴定出一个优化的石油降解联盟CoA，由产生物表面活性剂的降解菌假单胞菌SB（Pseudomonas sp. SB）与两株烃类降解菌极端东方假单胞菌10-2（Pseudomonas extremorientalis 10–2）和耐盐不动杆菌PB（Acinetobacter halotolerans PB）组成。
对汉森德巴利酵母的转录组分析揭示了对苯并(a)芘暴露的解毒和应激反应
多环芳烃（PAHs）如苯并(a)芘（BaP）的环境积累因其持久性、致突变性和明确的致癌性，对生态系统和公共健康构成重大威胁。本研究调查了极端嗜盐酵母汉森德巴利酵母（*Debaryomyces hansenii*）在营养匮乏条件下激活特异性解毒机制降解BaP的能力。
超强健合成微生物可提前获得氯抗性并将其基因组中插入的DNA序列转移至水体土著细菌
CRISPR-Cas基因编辑工具推动合成生物学进入变革时代，合成微生物（SMs）在生物制造领域创造了巨大经济价值，但环境释放后的命运与健康风险尚不明确。本研究发现，为提升工业生产耐受性而改造的超强健合成微生物，对饮用水氯消毒表现出显著强于野生型细菌的抗性。
通过工程化需钠弧菌对复杂有机污染物进行生物修复
工业废水、石油污染和塑料污染因其毒性、致突变性和持久性，已成为全球海洋生物安全的重大威胁。现有微生物生物修复技术受限于有机污染物的复杂性和菌株对高盐胁迫的耐受性不足。本研究利用合成生物学技术，将需钠弧菌（*Vibrio natriegens*）Vmax菌株改造为可在高盐废水和土壤中修复复杂有机污染物的工程菌株。
基于丝状噬菌体的多功能工具包，用于拉尔斯顿伪日菌分子研究
青枯雷尔氏菌复合种（RSSC）是一种毁灭性的土传植物病原菌，迫切需要先进的遗传工具来解析其致病机制。本研究通过对丝状噬菌体RSCq进行基因组最小化和工程化改造，开发了一套多功能质粒系统pRSCq工具包。通过系统删除非必需基因并保留复制关键元件，构建了带有不同抗生素抗性标记且兼容Golden Gate克隆的稳定质粒pRSCq1-4。
关于贪铜菌Cupriavidus necator H16挥发性脂肪酸分解代谢遗传决定因素的见解
土壤细菌贪铜菌Cupriavidus necator H16是将废物衍生挥发性脂肪酸（VFAs）升级转化为可再生生物化学品的极具潜力的宿主。尽管细菌VFA代谢途径已被广泛研究，但C. necator基因组中每个分解代谢步骤都编码了多个同工酶，这些同源蛋白之间的底物特异性程度目前仍未知。为深入了解C. necator对VFA底物的分解代谢机制，本研究对以乙酸、丙酸、丁酸、戊酸或己酸为唯一碳源和能源生长的细胞进行了转录组学分析。
MexR和NalD是铜绿假单胞菌中外排泵MexAB-OprM的铜绿素响应型转录抑制因子
铜绿假单胞菌的次级代谢产物铜绿素（PYO）通过诱导耐药结节细胞分裂（RND）外排系统的表达显著增强其抗生素耐药性，但由多个转录抑制因子调控的MexAB-OprM的初始去阻遏和后续上调机制仍不清楚。本研究证明MexAB-OprM的转录抑制因子MexR和NalD可作为PYO受体，解离常数分别为5.17和7.03 μM。电泳迁移率变动分析显示，PYO与MexR和NalD结合会诱导它们从mexA启动子上解离，导致mexAB-oprM表达去阻遏。
新型氧化锰细菌木糖赖氨酸芽孢杆菌M125的分离：该菌株产生的生物源氧化锰的特性分析、结构演化及镉吸附
锰氧化细菌在将可溶性Mn(II)转化为不溶性Mn(III/IV)氧化物的过程中发挥着关键作用，其产物被广泛应用于环境修复尤其是重金属污染治理领域。本研究从电镀厂附近的锰污染土壤中，通过添加10 mmol/L氯化锰的选择性LB培养基富集分离，结合Leucoberbelin Blue（LBB）显色法筛选得到一株具有强锰氧化能力的菌株。
植物聚酯苏布林的疏水聚合物颗粒通过与细菌膜相互作用来破坏细菌
苏布林是一种主要由多官能团长链脂肪酸和甘油组成的复杂植物聚酯，广泛存在于特化的植物细胞壁中。采用基于离子液体的提取方法分离得到的苏布林保留了接近天然水平的交联成分甘油（约5 mg·g⁻¹），这些高度酯化的聚合物颗粒具有抗菌活性。本研究旨在深入理解苏布林颗粒的天然抗菌特性。
在高浓度CO₂胁迫下促进普通小球藻碳固定的细菌筛选
微藻与细菌的协同作用可提高微藻的碳固定效率。本研究构建了高浓度CO₂胁迫下的微藻-细菌共存系统，采用16S rDNA技术分析了整个系统的细菌群落结构，筛选出微杆菌属（Microbacterium sp.）、芽孢杆菌属（Bacillus sp.）和气单胞菌属（Aeromonas sp.）三株能显著促进普通小球藻HL 01碳固定的细菌。
从海鲜中分离出的部分副溶血弧菌菌株的生长变异性
本研究旨在量化从海鲜中分离的副溶血弧菌菌株的生长情况并评估其变异性。研究共评估了35株副溶血弧菌，采用检测时间法结合广义简约梯度算法进行回归分析，估算了各菌株的最大比生长速率(μmax)。
重新审视经典的微生物微宇宙中生物多样性与生态系统功能及稳定性关系
生物多样性如何影响生态系统功能和稳定性一直是生态学研究的核心问题，但由于功能、稳定性和多样性的定义存在广泛分歧，这一问题仍未得到解决。本研究通过构建1-16个物种的多样性梯度人工微生物群落，在对照、饥饿和盐胁迫三种条件下，探究了群落最大比生长速率、生产力、死亡率和物种相互作用随多样性的变化规律。
被MarR家族调控因子抑制的细胞色素bd在紫色色杆菌中赋予对金属、一氧化氮、硫化物和氰化物的抗性
紫色色杆菌是一种普遍存在的环境病原体，尽管其适应性极强，但对其胁迫抗性机制知之甚少。本研究在筛选铁敏感转座子突变体时，鉴定出一种细胞色素bd（CioAB）可保护紫色色杆菌抵御多种胁迫。该细胞色素bd的两个亚基由cioRAB操纵子编码，该操纵子还编码GbsR型MarR家族转录因子CioR。∆cioAB突变株对铁和需铁抗生素链黑菌素敏感，且铁载体产量下降。