巴斯德毕赤酵母应对碱化的转录响应信号通路：转录因子Crz1与Rim101的作用
本研究鉴定了工业酵母Komagataella phaffii（原Pichia pastoris）中响应碱性pH的两个关键转录因子Crz1和Rim101。利用CRISPR/Cas9构建单突变与双突变株，发现crz1缺失株对Ca²⁺高度敏感、对SDS耐受性增强，rim101缺失株对Na⁺、Li⁺、碱性pH与SDS高度敏感。
木糖压力下肺炎克雷伯氏菌的生长适应、抗菌敏感性、全局蛋白质组学分析及XylA和XylB蛋白的作用
本研究探究木糖对肺炎克雷伯氏菌浮游生长、毒力、抗菌敏感性及蛋白质组的影响。低浓度木糖（≤2%）促进三株肺炎克雷伯氏菌浮游生长，8%木糖则产生抑制作用。经8%木糖长期诱导的菌株K2044−8Xyl−60G表现出最佳生长适应，且未发生功能性氨基酸突变。
计算机模拟识别可增强大肠杆菌C12脂肪酸合成的基因靶点
本研究利用约束建模与Optknock算法，在大肠杆菌全基因组代谢网络中筛选能提高C12脂肪酸产量的基因敲除靶点，最终鉴定出9个候选基因，涉及回补反应、氨基酸合成、碳代谢与辅因子平衡。通过构建单基因与组合缺失突变株进行体内验证，三缺失突变株ΔmaeB Δndk ΔpykA的C12脂肪酸产量达到6.7 mg/L，较原始菌株提升7.5倍。研究证明模型引导的代谢工程可高效定向优化菌株，为微生物合成C12脂肪酸提供新策略与靶点。
枯草芽孢杆菌6633的yxiD基因编码一种具有tRNase活性的多态毒素并可被同源免疫蛋白YxxD中
本研究对枯草芽孢杆菌6633的YxiD‑YxxD系统进行结构与功能解析，证实其为多态毒素‑免疫蛋白对。YxiD的C端结构域YxiDCTD具有金属离子依赖性tRNase活性，可切割多种tRNA并下调细胞壁合成等关键基因，导致细菌生长抑制与死亡；其同源免疫蛋白YxxD通过1:1高亲和力结合YxiDCTD，空间封闭毒素活性中心从而中和毒性。
基于内源性I-E型CRISPR‑Cas系统开发黑色单胞菌X339基因编辑工具及其在提升聚羟基丁酸戊酸
本研究以嗜碱嗜盐菌黑色单胞菌X339为对象，首次开发基于其内源性I‑E型CRISPR‑Cas系统的单质粒基因编辑工具，实现高效精准基因敲除。利用该工具敲除丙酸降解关键基因prpC，使丙酸转化为3‑羟基戊酸的效率从1.8%提升至70.5%，但导致菌株耐丙酸能力下降。
酵母中TIM8缺乏诱导内质网应激并缩短时序寿命
酵母TIM8是人类TIMM8A/DDP1的同源蛋白，主要定位于线粒体膜间隙并参与TIM22转运系统。以往研究仅关注其线粒体蛋白转运功能，本研究首次发现TIM8缺失会引发酵母氧化应激与内质网应激，增强对衣霉素的抗性并提高基础未折叠蛋白反应水平，同时缩短时序寿命但不影响复制寿命；在人ARPE‑19细胞中敲低TIMM8A同样可诱发内质网应激，提示该功能从酵母到高等真核生物具有保守性。
活性与沉默大肠杆菌基因组的基本三维结构
本文通过超高分辨率Micro‑C技术解析大肠杆菌拟核的精细三维结构，揭示由H‑NS与StpA蛋白组织的染色体发夹结构CHINs与结构域CHIDs，这些结构负责沉默水平转移基因；破坏H‑NS/StpA会导致三维结构解体、相关基因转录升高、生长变慢；药物netropsin可模拟该效应；活跃转录基因形成独立的OPCID结构域，实现功能区室化。
高拷贝抑制子筛选可识别促进细胞色素c氧化酶II亚基异位产生的因子
本研究以酿酒酵母为模型，针对细胞核中异位表达的细胞色素c氧化酶II亚基突变体Cox2W56R开展高拷贝抑制子筛选，旨在找到能提升其线粒体导入与功能组装的基因。研究揭示了调控线粒体膜蛋白异位表达的关键因子，为线粒体基因治疗相关技术优化提供新靶点。
乳制品中嗜温性和耐冷性蜡样芽孢杆菌广泛生长及生长边界模型的评估与验证（第二部分）
本研究评估了两个整合11种环境因素及其相互作用的嗜温性和耐冷性蜡样芽孢杆菌生长及生长边界预测模型。通过66个嗜温菌株和67个耐冷菌株的新挑战试验，以及文献中139个嗜温菌株和109个耐冷菌株的生长响应数据，系统验证了模型性能，并与8种现有模型进行对比。
添加低聚果糖和棉子糖家族寡糖后发酵豆浆中感官特性和短链脂肪酸生成的评估
益生菌与益生元在单一食品中的联合应用（即"合生元"）具有巨大潜力，其中益生元能特异性促进益生菌的生长和活性。本研究系统比较了低聚果糖（FOS）和棉子糖家族寡糖（RFOs）对鼠李糖乳杆菌JCM1136与融合魏斯氏菌30082b共发酵豆浆的益生元效应，评估了细菌活菌数、寡糖水解、短链脂肪酸（SCFA）生物合成及感官属性的变化。
具有RGD基序的新型肽Pac-525对细胞内大肠杆菌的抗菌活性
侵袭性细胞内细菌引起的感染因病原体可在宿主细胞内存活增殖、传统抗生素难以进入细胞内发挥作用而成为重大治疗挑战。本研究合成了带有RGD结构域的抗菌肽Pac-525（RGD-Pac525），以增强其对真核细胞的穿透能力。通过RAW 264.7巨噬细胞系、鸡肠道类器官和鸡胚绒毛尿囊膜（CAM）三种模型，系统评估了RGD-Pac525的抗细胞内感染效果和安全性。
基于脚尖开关的工艺方法，用于设计耐酸模块，以增强工业大肠杆菌株在低pH下生产的稳健性
提升工业微生物的耐酸性对于提高发酵效率和可持续性至关重要。本研究提出了一种合成生物学方法，采用基于脚尖开关（toehold switch）的耐酸模块来工程化耐酸菌株。该方法构建了由触发块和开关块组成的模块，整合了4种酸响应启动子和18种耐酸基因，生成了约105个构建体的合成模块文库。
从派珀属物种中进行¹H-NMR引导生物活性化合物的分离
生物活性天然产物的发现常受复杂混合物中活性化合物分离与表征难度的制约。此前本团队开发了基于¹H NMR的加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法，用于识别与派珀属叶片提取物对植物、真菌和细菌模型生物生长抑制活性相关的光谱特征，实现了生物活性相关候选化合物的优先排序。
铜绿假单胞菌在粗生物质碳水化合物和基于生物增强剂的生长培养基上的生长与鼠李糖脂生成表现
本研究评估了四种碳水化合物源（葡萄糖、甘油、大豆皮水解物SHH、模拟大豆皮水解物MSH）结合生物增强剂及其他培养基组分对铜绿假单胞菌PAO1鼠李糖脂生产的优化效果。旨在探究人类神经内分泌生物增强剂（去甲肾上腺素NE、多巴胺DP）在含可持续粗生物质碳水化合物的培养基中对细菌生长性能和鼠李糖脂滴度的影响。
一种介导粪肠球菌适应性和致病性的血红素降解酶的特性
粪肠球菌是人体肠道共生菌，也是导致医院获得性感染的主要机会致病菌之一，其毒力与克服宿主营养免疫、在恶劣环境中生存的能力密切相关。本研究针对粪肠球菌能利用血红素作为铁源但缺乏经典血红素氧合酶的矛盾现象，通过生物信息学分析鉴定出一个大肠杆菌厌氧胆素合酶ChuW的同源基因OG1RF_RS05575。
高导电PBFDO网络桥接生物膜与电极界面用于微生物电化学系统中的电子捕获与转移
微生物电化学系统（MES）是兼具废水处理和能源回收功能的革命性绿色平台，但其发展受限于生物-非生物界面电子转移效率低下和能量转换率不足的瓶颈。导电聚合物因结构可调、导电性优异且生物相容性良好，成为强化微生物-电极相互作用的理想界面修饰材料。本研究首次将创纪录导电率（2000 S cm⁻¹）的n型聚合物聚苯并二呋喃二酮（PBFDO）应用于MES阳极构建，其形成的导电网络可同时承担界面电荷转移介质和电子收集器的双重功能。
蛋白水解酶对溶菌酶性质变化的影响
本研究针对天然溶菌酶仅对革兰氏阳性菌有效、应用范围受限的问题，通过酶促修饰技术对鸡蛋清溶菌酶进行改性，旨在制备具有广谱抗菌性和低免疫原性的生物活性肽组分。研究采用胃蛋白酶为主、胃蛋白酶-胰蛋白酶混合酶为辅的修饰体系，在严格控制的反应条件下，探究了酶种类、比例及浓度对溶菌酶水解产物性质的影响。
真菌衍生信号α-萜品烯诱导的产酶溶杆菌抗真菌机制
细菌-真菌互作是生态系统功能的关键驱动力，其分子机制尚未完全阐明。化学信号是微生物交流的重要介质，但真菌分泌的萜类化合物的信号传导机制仍不明确。本研究以环境细菌产酶溶杆菌YC36（LeYC36）为对象，系统探究了真菌衍生萜类α-萜品烯对其生物膜形成和抗真菌活性的调控机制。
来自冷气候葡萄园的非传统酵母，用于新型低酒精葡萄酒
近年来，利用能反映葡萄种植区微生物风土的非传统酵母发酵葡萄酒受到广泛关注。这些本土酵母栖息于葡萄果皮，可产生独特风味，与传统酿酒酵母配合使用还能降低发酵不完全的风险，同时能酿造出酒精含量相对较低的葡萄酒，契合健康消费趋势。
基于突变和单个原子的膜蛋白构象自由能定量分析
次级主动转运蛋白通过在向内和向外两种构象间切换实现底物跨膜转运，但其构象间的相对自由能差异仍缺乏精确的实验测量。本研究利用¹⁹F核磁共振（NMR）光谱技术，定量测定了大肠杆菌多药转运蛋白EmrE两种构象的自由能差。通过构建仅保留一个色氨酸残基（Trp63）的EmrE突变体，实现了特异性的氟标记，并制备了仅一个单体携带标记或突变的最小异二聚体。