红藜麦水解产物对氧化应激型酿酒酵母的抗氧化生物活性研究
藜麦是营养价值极高的假谷物，其蛋白酶解产物具备多种生物活性。本研究选取白、红、黑三种藜麦，采用多种商用蛋白酶进行不同时长的酶解，结合感官评价、体外抗氧化能力、总酚含量检测筛选优质水解产物，并以酿酒酵母BY4741为活体模型，评价最优藜麦水解产物的体内抗氧化效果。
利用Sc2.0七号合成酵母染色体构建与SCRaMbLE技术解析非整倍体表型
非整倍体可造成基因组失衡，关联胚胎致死、肿瘤发生与衰老，但非整倍体表型成因尚不明确。本研究人工合成酿酒Sc2.0七号染色体（synVII），借助SCRaMbLE重组系统构建合成+天然七号染色体的非整倍体酵母，筛选219株染色体重排突变株。
恶臭假单胞菌KT2440对左旋葡聚糖和纤维聚糖的转化研究
生物质热解制备生物油会生成大量左旋葡聚糖与纤维聚糖，目前微生物利用纤维聚糖的机制尚不明确。本研究将左旋葡聚糖激酶基因导入恶臭假单胞菌KT2440，改造后的菌株可将左旋葡聚糖作为唯一碳源生长。研究证实糖苷水解酶GH1和GH3家族的β-葡萄糖苷酶均可水解纤维聚糖，生成左旋葡聚糖和葡萄糖。
利用合成基因表达系统调控酿酒酵母中P(LA-3HB)共聚物的D-乳酸含量
聚羟基烷酸酯（PHA）是可替代石化塑料的全生物基材料，单纯聚(3-羟基丁酸酯)（PHB）力学性能存在短板，掺入其他单体可改善材料特性。本研究在酿酒酵母中改造多西环素调控的Tet-On合成表达系统，通过控制肠膜明串珠菌来源D-乳酸脱氢酶基因（ldhA）的表达水平，实现胞内D-乳酸单体合成的精准调控，该调控方式不依赖培养条件。
一种保守的tRNA修饰水平调控细胞生长
N6-苏氨酰氨甲酰腺苷（t⁶A）是一种在所有生物中高度保守的tRNA转录后修饰，普遍存在于识别A起始密码子的tRNA第37位碱基上，该修饰可保障tRNA正常解码功能。酵母中t⁶A合成关键基因缺陷会造成菌株生长迟缓，本研究以果蝇、酵母为模式生物开展探究，首次在后生动物中证实Tcs3蛋白负责t⁶A的合成。
热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢数据集：培养条件对终产物生成的影响
本文提供了热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢的相关数据集，重点探究不同电子清除条件下该菌株对20种蛋白质氨基酸的代谢及终产物生成情况。该菌株单独发酵丝氨酸主要生成乙酸，同时伴随少量乙醇；在共培养产氢产甲烷菌的条件下，支链氨基酸缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸会被分解为对应的支链脂肪酸，添加40 mM硫代硫酸盐时，则同时生成支链脂肪酸与支链醇。
苹果渣用于丙酸-乙酸发酵工艺的可行性研究
本研究探究苹果渣作为碳源用于费氏丙酸杆菌T82发酵生产丙酸与乙酸的可行性。欧盟每年产生大量苹果渣加工废弃物，利用其进行生物发酵兼具环保与经济价值。结果表明，费氏丙酸杆菌T82可利用苹果渣中的果糖、葡萄糖、蔗糖生长，其中果糖最利于菌体增殖，蔗糖最利于有机酸合成。
利用CRISPR干扰技术筛选必需基因揭示蛋白酶体调控决定酵母菌的乙酸耐受性
CRISPR干扰（CRISPRi）是研究不同培养条件下细胞生理、筛选必需基因表达变化的有力工具。本研究利用包含九千余株菌株的酿酒酵母CRISPRi文库，在添加乙酸的培养基中开展高通量筛选。乙酸是木质纤维素生物质工业转化过程中产生的抑制物，提升酵母菌的乙酸耐受性对生物炼制领域的细胞工厂应用至关重要。
基于模型评估木质素添加培养基中凝结芽孢杆菌生长性能与L-乳酸产量的数据集简报
本文为配套数据集简报，依托相关主研究，系统展示了三株凝结芽孢杆菌在含木质素培养基中的培养相关数据。研究以木质纤维素来源的葡萄糖、木糖、阿拉伯糖为混合碳源，开展共发酵实验，借助高通量光密度筛选、液相色谱、紫外分光光度法等手段获取数据，结合逻辑增长模型、莫诺动力学模型完成参数拟合与模拟分析。
一款用于酵母生长速率、存活率及时序寿命高通量分析的R语言工具包SPOCK
基于酶标仪的高通量检测技术已广泛应用于酿酒酵母生长速率、细胞存活率与时序寿命的测定，但是海量检测数据的分析成为当前主要瓶颈。本文开发了名为SPOCK的R语言数据分析工具包，专门处理高通量培养设备产出的酵母相关数据。该工具包可自动计算酵母代增时间、细胞存活率与时序寿命，内置巴特沃斯、LOESS等多种降噪算法去除原始数据噪声，同时配备污染、数据异常等校验机制，能够稳定、可重复地完成数据分析。
对4698个单基因缺失菌株复制寿命的综合分析揭示保守的衰老机制
本研究以酿酒酵母为研究对象，对4698株单基因缺失存活菌株开展复制寿命全基因组筛选，最终鉴定出238株寿命延长菌株，其中189株为新发现菌株。这些长寿菌株的缺失基因分属多个功能集群，且酵母与秀丽隐杆线虫的长寿通路存在高度保守性。研究重点解析了tRNA转运相关基因LOS1，发现敲除LOS可显著延长酵母复制寿命。
化学与生物合成制备的三、四甲基取代新型双环内酯及其抗菌活性
本研究经五步化学合成得到10种异佛尔酮衍生物，包含两类带有三甲基、四甲基的不饱和双环内酯；选用多株真菌对上述内酯进行生物转化，得到4种全新羟基内酯，因四甲基不饱和内酯为非对映异构体混合物，开展结构解析；对全部不饱和内酯与羟基内酯进行抑菌试验与气味评定，结果显示部分化合物可抑制金黄色葡萄球菌、荧光假单胞菌、白色念珠菌、链格孢与青霉等致病微生物生长。
硫代谢通过胱硫醚β-合酶与Sec14蛋白的相互作用调控内质网应激存活
本研究以酿酒酵母为模型，揭示硫代谢关键酶胱硫醚β-合酶Cys4通过产生硫化氢（H₂S）并与磷脂转运蛋白Sec14相互作用，调控内质网应激存活。Cys4是内质网应激下维持细胞存活的主效H₂S合成酶，缺失CYS4会导致细胞对衣霉素极度敏感、未折叠蛋白反应（UPR）持续激活、胞内脂滴异常积累。
巴斯德毕赤酵母应对碱化的转录响应信号通路：转录因子Crz1与Rim101的作用
本研究鉴定了工业酵母Komagataella phaffii（原Pichia pastoris）中响应碱性pH的两个关键转录因子Crz1和Rim101。利用CRISPR/Cas9构建单突变与双突变株，发现crz1缺失株对Ca²⁺高度敏感、对SDS耐受性增强，rim101缺失株对Na⁺、Li⁺、碱性pH与SDS高度敏感。
木糖压力下肺炎克雷伯氏菌的生长适应、抗菌敏感性、全局蛋白质组学分析及XylA和XylB蛋白的作用
本研究探究木糖对肺炎克雷伯氏菌浮游生长、毒力、抗菌敏感性及蛋白质组的影响。低浓度木糖（≤2%）促进三株肺炎克雷伯氏菌浮游生长，8%木糖则产生抑制作用。经8%木糖长期诱导的菌株K2044−8Xyl−60G表现出最佳生长适应，且未发生功能性氨基酸突变。
计算机模拟识别可增强大肠杆菌C12脂肪酸合成的基因靶点
本研究利用约束建模与Optknock算法，在大肠杆菌全基因组代谢网络中筛选能提高C12脂肪酸产量的基因敲除靶点，最终鉴定出9个候选基因，涉及回补反应、氨基酸合成、碳代谢与辅因子平衡。通过构建单基因与组合缺失突变株进行体内验证，三缺失突变株ΔmaeB Δndk ΔpykA的C12脂肪酸产量达到6.7 mg/L，较原始菌株提升7.5倍。研究证明模型引导的代谢工程可高效定向优化菌株，为微生物合成C12脂肪酸提供新策略与靶点。
枯草芽孢杆菌6633的yxiD基因编码一种具有tRNase活性的多态毒素并可被同源免疫蛋白YxxD中
本研究对枯草芽孢杆菌6633的YxiD‑YxxD系统进行结构与功能解析，证实其为多态毒素‑免疫蛋白对。YxiD的C端结构域YxiDCTD具有金属离子依赖性tRNase活性，可切割多种tRNA并下调细胞壁合成等关键基因，导致细菌生长抑制与死亡；其同源免疫蛋白YxxD通过1:1高亲和力结合YxiDCTD，空间封闭毒素活性中心从而中和毒性。
基于内源性I-E型CRISPR‑Cas系统开发黑色单胞菌X339基因编辑工具及其在提升聚羟基丁酸戊酸
本研究以嗜碱嗜盐菌黑色单胞菌X339为对象，首次开发基于其内源性I‑E型CRISPR‑Cas系统的单质粒基因编辑工具，实现高效精准基因敲除。利用该工具敲除丙酸降解关键基因prpC，使丙酸转化为3‑羟基戊酸的效率从1.8%提升至70.5%，但导致菌株耐丙酸能力下降。
酵母中TIM8缺乏诱导内质网应激并缩短时序寿命
酵母TIM8是人类TIMM8A/DDP1的同源蛋白，主要定位于线粒体膜间隙并参与TIM22转运系统。以往研究仅关注其线粒体蛋白转运功能，本研究首次发现TIM8缺失会引发酵母氧化应激与内质网应激，增强对衣霉素的抗性并提高基础未折叠蛋白反应水平，同时缩短时序寿命但不影响复制寿命；在人ARPE‑19细胞中敲低TIMM8A同样可诱发内质网应激，提示该功能从酵母到高等真核生物具有保守性。
活性与沉默大肠杆菌基因组的基本三维结构
本文通过超高分辨率Micro‑C技术解析大肠杆菌拟核的精细三维结构，揭示由H‑NS与StpA蛋白组织的染色体发夹结构CHINs与结构域CHIDs，这些结构负责沉默水平转移基因；破坏H‑NS/StpA会导致三维结构解体、相关基因转录升高、生长变慢；药物netropsin可模拟该效应；活跃转录基因形成独立的OPCID结构域，实现功能区室化。