原壳小球藻生物质的集成下游加工：中试规模实施及用于蛋白质和功能成分开发的生物质分馏
全球对可持续蛋白质来源的需求日益增长，推动了微藻尤其是原壳小球藻的研究，其因高蛋白含量和可利用农业工业副产物的特性备受关注。本研究提出了一种循环生物炼制方法，将原壳小球藻在白葡萄皮渣（WGP）糖源上的异养培养与优化的高压均质（HPH）和先进分馏技术相结合。
假乙醇热厌氧杆菌氨基酸分解代谢数据集
本数据集展示了假乙醇热厌氧杆菌在硫代硫酸盐存在下、不同培养条件下对支链氨基酸的分解代谢情况。该菌株可降解亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸，生成对应的支链脂肪酸与支链醇，其中脂肪酸为主要产物。
基于高通量比浊法筛选木质素添加基本培养基中的凝结芽孢杆菌菌株
本研究采用自动化比浊法测定不同浓度木质素对3株凝结芽孢杆菌生长的影响，使用Logistic、Gompertz、Baranyi、Richards、Stannard多种模型拟合生长曲线，获得最大比生长速率、最大菌量、延滞期等参数。结果表明低浓度木质素可促进部分菌株生长，不同菌株耐受木质素的能力存在显著差异，建立的高通量筛选与数学评价方法可高效筛选适用于木质纤维素水解液发酵的优良菌株。
添加C3单羧酸盐和C4二羧酸盐的培养基中弯曲杆菌的有氧生长
针对食源性致病菌弯曲杆菌传统培养需严格微需氧环境、设备成本高、操作门槛高的行业痛点，系统探究了C3单羧酸盐（丙酮酸、乳酸）与C4二羧酸盐（富马酸、琥珀酸、苹果酸）组合对弯曲杆菌有氧生长的支持作用。
模型引导的化学环境与代谢网络设计实现代谢途径与细胞适应性的耦合
异源化合物的生物合成是复杂性状，为其提供前体、还原力和能量的天然代谢通量受到细胞多层次调控，通过靶向工程优化这类性状需对复杂遗传基础进行组合解析，过程繁琐。适应性实验室进化（ALE）已被用于改良微生物菌株的多种工业相关性状（如极端条件耐受性、营养利用能力），但与这类性状不同，异源产物合成很难直观地与细胞适应性耦合。
一种新型 XRE 型调控因子介导铜绿假单胞菌中的噬菌体裂解发育与多种宿主代谢过程
铜绿假单胞菌是一种革兰氏阴性条件致病菌，是免疫低下患者急慢性感染的主要致病菌，常伴随高发病率与死亡率。异生反应元件（XRE）家族蛋白是铜绿假单胞菌中第二大类转录调控因子（TRs），但目前仅有少数 XRE 样转录调控因子被报道可调控细菌毒力、代谢、抗生素合成与耐药、胁迫响应及噬菌体感染等多种细胞过程，我们对这类小型调控蛋白在铜绿假单胞菌中的功能认知仍十分有限。
用古代和现代同源基因替换必需基因的功能限制
细胞中执行核心信息处理功能、具有多个互作伴侣的蛋白编码基因，更难通过水平基因转移进入外源生物并发挥功能。本研究以编码高度保守的翻译延伸因子 Tu（EF-Tu）的 tuf 基因为研究对象，通过系统地将大肠杆菌基因组中的内源 tufA 基因替换为其现代和古代同源基因，探究了该必需基因跨物种 / 跨时间转移的功能限制。
用于酿酒酵母复杂遗传线路工程的合成工具包
化学品、材料和医药产品的可持续生产，越来越依赖基因工程改造的细胞工厂；而复杂代谢途径或细胞行为控制系统的工程化，需要稳健、可预测的基因表达工具，其中正交性是这类工具的核心前提。
工程化酿酒酵母在偏好与非寻常化学环境中的适应性进化
利用工程化微生物细胞以可再生资源生产化学品有望替代石油基化学合成，然而达尔文选择对工程菌化学品生产能力的影响尚未被充分探究。所有增殖细胞都不可避免地受到达尔文选择的作用，该选择偏好利于细胞适应性的表型，而这类表型极少包含工程化的化学品生产性状。
基于内源 I-E 型 CRISPR-Cas 系统的嗜黑盐单胞菌 X339 基因编辑工具开发及其在提升
本研究针对嗜黑盐单胞菌（Halomonas nigrificans）X339 缺乏高效遗传操作工具的问题，首次开发了基于其内源 I-E 型 CRISPR-Cas 系统的单质粒基因编辑工具，实现了该菌株的精准基因敲除与代谢工程改造。通过敲除丙酸分解代谢关键基因prpC，大幅提升了丙酸向 3 - 羟基戊酸（3HV）单体的转化效率；进一步敲除 23.6 kb 的胞外多糖（EPS）合成基因簇PS1，重定向碳通量至聚羟基烷酸酯（PHA）合成，同时恢复了菌株的丙酸耐受性。
可利用戊糖和己糖的新型高抗逆性凝结芽孢杆菌菌株的基因组扩展与蛋白质组重分配
针对新型野生型凝结芽孢杆菌 B-768，通过系统的表型表征、比较功能基因组学与定量蛋白质组学分析，全面解析了该菌株抗逆性与广谱碳代谢能力的分子机制。