酿酒酵母菌株对葡萄生长周期相关胁迫因子的生长响应
本研究选取葡萄园葡萄、土壤、树皮、芽等不同生境及7个物候期的酿酒酵母菌株，经微卫星多重PCR基因分型后筛选30个基因型，评估其在温度、pH、葡萄糖、氮素、铜离子等亚致死胁迫下的生长参数。
假乙醇热厌氧杆菌氨基酸分解代谢数据集
本数据集展示了假乙醇热厌氧杆菌在硫代硫酸盐存在下、不同培养条件下对支链氨基酸的分解代谢情况。该菌株可降解亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸，生成对应的支链脂肪酸与支链醇，其中脂肪酸为主要产物。
基于高通量比浊法筛选木质素添加基本培养基中的凝结芽孢杆菌菌株
本研究采用自动化比浊法测定不同浓度木质素对3株凝结芽孢杆菌生长的影响，使用Logistic、Gompertz、Baranyi、Richards、Stannard多种模型拟合生长曲线，获得最大比生长速率、最大菌量、延滞期等参数。结果表明低浓度木质素可促进部分菌株生长，不同菌株耐受木质素的能力存在显著差异，建立的高通量筛选与数学评价方法可高效筛选适用于木质纤维素水解液发酵的优良菌株。
一条由混杂性代谢酶构成的新型β-丙氨酸生物合成途径的鉴定
细菌通过高度特化酶组成的精密代谢系统适应环境中的营养物质，尽管这些酶可代谢其进化目标之外的分子，但其对混杂底物的催化效率通常被认为过低，不具备生理相关性。本研究探究了这些混杂酶代谢次级底物的效率，是否足以改变细胞表型。
野生型恶臭假单胞菌KT2440与基因组精简菌株EM42利用芳香族化合物和葡萄糖生产粘康酸的性能比较
恶臭假单胞菌KT2440是一株抗逆性强、芳香族化合物代谢能力优异的模式菌株，被广泛用于生物基和废弃基原料转化生产高附加值产物。为实现该菌株的工业化驯化，前人通过理性基因组精简构建了EM42菌株，该菌株被认为具备作为工业生产底盘的多项潜在优势。
乌宗热厌氧杆菌AK85菌株的基因组草图与醇脱氢酶数据集
乌宗热厌氧杆菌（Thermoanaerobacter uzonensis）AK85是一株分离自冰岛热泉的革兰氏阳性、嗜热、专性厌氧细菌，该类菌株具有高效发酵产乙醇及长链醇的潜力。本研究公布了AK85的基因组草图序列，基因组全长2,577,794 bp，GC含量33.69%，平均核苷酸一致性（ANI）为96.9%，确认为T. uzonensis。基因组注释共发现41个与糖、氨基酸、羧酸代谢相关的酶，包含3个关键醇脱氢酶（AdhE、AdhA、Adh2）。
胞质与线粒体tRNA合成酶抑制剂以GCN4/atf-4依赖的方式延长寿命
酵母中核糖体蛋白编码基因的缺失可延长复制寿命，该效应源于转录因子Gcn4的翻译水平上调，且寿命延长完全依赖GCN4。Gcn4及其在秀丽隐杆线虫、哺乳动物中的功能直系同源物atf-4/ATF4，其翻译也会被未带电tRNA上调。
靶向地衣芽孢杆菌的烈性噬菌体鉴定：生物学特性与基因组功能分析
芽孢杆菌属产孢细菌的生长会严重影响食品品质，给食品生产行业造成巨大经济损失。本研究分离并鉴定了靶向地衣芽孢杆菌的噬菌体，评估其作为食品生物防控制剂的应用潜力。生物学评估结果显示，地衣芽孢杆菌噬菌体KKP_4048和KKP_4049在多种环境条件下具备高稳定性，在-20℃~60℃处理1h、pH 3~11的盐溶液中处理1h均能保持侵染活性，紫外线照射30min后其活性下降99.99%。
CAN1精氨酸通透酶缺陷通过应激反应基因的翻译激活延长酵母复制寿命
转录调控在衰老过程的基因表达控制中发挥重要作用，而翻译效率在决定蛋白丰度上具有同等重要的地位，但在衰老研究领域中相关探索仍较为不足。本研究利用RNA测序（RNA-seq）和核糖体图谱分析技术，探究了酵母中CAN1基因缺失延长寿命过程中翻译调控的作用。
脂敏感酵母的全基因组功能筛选鉴定出 “ARE2 存活必需”（ARV1）基因产物是真核生物脂肪酸抗性的
聚焦肥胖、2 型糖尿病、非酒精性脂肪肝等代谢疾病的核心病理机制 —— 脂质异位沉积引发的脂毒性，以酿酒酵母为真核模式生物，完成了国际上首个全基因组层面的脂肪酸诱导细胞死亡敏感突变株筛选。
一株进化的单核细胞增生李斯特菌F2365暴发分离株中沉默乳糖利用通路的激活
针对食源致病菌单核细胞增生李斯特菌的乳糖代谢机制与环境适应性进化开展了系统性研究。研究首先筛查了不同来源李斯特菌菌株的乳糖利用能力，发现1985年墨西哥奶酪暴发菌株F2365因lacR基因移码突变（lacR⁸⁸⁷ᵈᵉˡ）导致转录激活因子LacR截短失活，无法利用乳糖；通过以乳糖为唯一碳源的实验进化，获得了乳糖利用能力完全恢复的进化株F2365 EV。
通过DsrA-Hfq模块的负向自调控实现工业大肠杆菌的稳健合成耐受性
针对工业发酵中酸胁迫降低微生物生产效率、实验室验证有效的DsrA-Hfq抗酸模块在工业菌株中表型失效的核心问题，开展了系统性研究。研究首先定量解析了DsrA与Hfq的表达水平对大肠杆菌酸性条件下生长性能的影响，明确了模块的最优表达模式；
添加C3单羧酸盐和C4二羧酸盐的培养基中弯曲杆菌的有氧生长
针对食源性致病菌弯曲杆菌传统培养需严格微需氧环境、设备成本高、操作门槛高的行业痛点，系统探究了C3单羧酸盐（丙酮酸、乳酸）与C4二羧酸盐（富马酸、琥珀酸、苹果酸）组合对弯曲杆菌有氧生长的支持作用。
酵母化学基因组学筛选鉴定出调控己二酸毒性的通路
针对酿酒酵母发酵生产可再生尼龙原料己二酸过程中，产物毒性抑制菌株生长与发酵效率的行业痛点，首次通过全基因组化学基因组学筛选，系统解析了己二酸对酿酒酵母的毒性作用机制，鉴定出调控己二酸毒性的关键基因与核心生物学通路。
ATP结合盒（ABC）转运系统溶质结合蛋白指导的根癌农杆菌C58中新型D-阿糖醇和半乳糖醇分解代谢途
针对基因组测序技术飞速发展带来的蛋白数据库中未知功能序列指数级增长、约50%自动注释存在错误或误导性的行业痛点，基于酶功能计划（EFI）开发的“转运体溶质结合蛋白（SBP）指导新型代谢途径发现”策略，首次将该策略从三聚体ATP非依赖性周质转运体（TRAP）拓展至ATP结合盒（ABC）转运体系。
醛脱氢酶 AldA 在实验室进化的大肠杆菌中对 L-1,2 - 丙二醇利用的必要性
针对长达四十余年 “醛脱氢酶 AldA 在大肠杆菌 L-1,2 - 丙二醇（1,2-PDO）利用中发挥核心作用” 的未证实假说，通过生物信息学分析、基因组规模代谢模型模拟、基因敲除与回补实验、转录水平验证等多维度研究，首次提供了直接的遗传实验证据，证实 aldA 基因是实验室进化获得 L-1,2-PDO 利用能力的大肠杆菌 K12PDO 菌株，以 L-1,2-PDO 为唯一碳源生长的必需且充分的基因。
利用 Cas12k 引导的转座酶在细菌中进行靶向遗传筛选
核心开发了一种基于 Cas12k 引导转座酶的位点特异性转座子辅助基因组工程技术（STAGE），突破了传统细菌高通量基因组编辑方法 “宿主范围窄、突变非特异性” 的核心瓶颈。研究验证了 ShCAST 系统在铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌中的位点特异性转座活性，通过双筛选体系实现了阳性突变体的高效富集，构建了覆盖铜绿假单胞菌 593 个转录因子的靶向突变文库，完成了细菌必需基因鉴定与抗生素耐药相关因子的系统性筛选，并通过单基因编辑验证了结果的可靠性，为多种微生物的高通量基因组工程、基因功能解析和菌株进化提供了高效可编程的通用工具。
利用库德里阿兹威毕赤酵母在低 pH 条件下生产D-木糖酸
D - 木糖酸是美国能源部认定的可从生物质糖类衍生的 30 种最具开发价值的化学品之一，可作为 D - 葡萄糖酸的非食用替代物与平台化学品，具备广阔的应用前景。本研究对非常规酵母库德里阿兹威毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）VTT C-79090T 进行遗传工程改造，异源表达了新月柄杆菌来源的 D - 木糖脱氢酶编码基因xylB。
墨西哥瓦哈卡州四个传统酿造作坊梅斯卡尔发酵过程中乳酸菌多样性的民族生物技术分析
聚焦墨西哥瓦哈卡州传统蒸馏酒梅斯卡尔的自然发酵体系，首次以民族生物技术分析框架，系统解析了该发酵过程中的细菌（核心为乳酸菌）多样性，并揭示了社会文化、生态地理、本土传统知识对微生物群落的塑造作用。
模型引导的化学环境与代谢网络设计实现代谢途径与细胞适应性的耦合
异源化合物的生物合成是复杂性状，为其提供前体、还原力和能量的天然代谢通量受到细胞多层次调控，通过靶向工程优化这类性状需对复杂遗传基础进行组合解析，过程繁琐。适应性实验室进化（ALE）已被用于改良微生物菌株的多种工业相关性状（如极端条件耐受性、营养利用能力），但与这类性状不同，异源产物合成很难直观地与细胞适应性耦合。