番茄丁香假单胞菌DC3000中两种功能分化的3-磷酸甘油醛脱氢酶研究
3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）是糖酵解关键管家酶，还具备兼职蛋白功能，但在植物病原丁香假单胞菌中的功能尚不清晰。本研究针对番茄致病变种DC3000基因组内3个gap同源基因（gap1、gap2、epd/gap3）开展功能解析。结果表明Gap1主要行使糖酵解脱氢功能，依赖NAD为辅酶；Gap2以NADP为辅酶，主导糖异生过程；Epd无典型GAPDH活性，专一催化赤藓糖-4-磷酸脱氢，参与维生素B6生物合成。
一种转移调控因子通过调控细胞色素bd氧化酶基因表达，助力水稻条斑病菌的氧化胁迫适应与毒力发挥
水平基因转移是细菌进化的重要驱动力。水稻条斑病菌BLS256中的xoc_2868基因为水平转移获得的转录因子，已有研究证实其参与氧化胁迫应答与致病性，但具体调控机制尚不明确。本研究通过进化分析发现，xoc_2868与其下游相邻基因大概率从伯克霍尔德氏菌祖先处共同转移而来。
PTSNtr-KdpDE-KdpFABC通路参与费氏中华根瘤的低钾胁迫适应与竞争结瘤
本研究围绕广谱宿主费氏中华根瘤CCBAU45436开展，解析PTSNtr-KdpDE-KdpFABC信号通路功能。该通路中未磷酸化PtsN蛋白经KdpD的GAF结构域结合激酶，KdpD通过HisKA-HATPase区段互作调控应答蛋白KdpE，KdpE直接激活高亲和钾转运操纵子kdpFABC。
第六元件：异源起源的102千碱基RepABC质粒调控希氏玫瑰变色菌染色体基因表达
希氏玫瑰变色菌作为海洋玫瑰杆菌类模式微生物，基因组具备多复制子结构。该研究发现原始菌株Dshi-6含有六个染色体外复制子，而德国微生物和细胞培养物收藏中心保藏的菌株Dshi-5缺失一个102 kb的质粒。研究对两株菌株完成全基因组重测序，对比基因表达、生长特性与底物利用能力，并结合多株质粒消除突变株开展分析。
嗜窄温性兼性嗜热厌氧梭菌AK1菌株产乙醇和1,2-丙二醇的数据集
本数据集报道了嗜窄温性兼性嗜热厌氧梭菌AK1菌株对D-葡萄糖、L-鼠李糖、L-岩藻糖的发酵特性及产物生成情况。研究考察底物浓度、初始pH、培养温度、液气相比、磷酸盐浓度对发酵产物的影响。
深海Myroides profundi D25菌株由陆生向海洋迁移过程中的早期基因组演化与异域物种形
每年大量陆生细菌随径流汇入海洋，但多数难以存活，少数可在海洋定殖，其环境适应分子机制尚不明确。Myroides profundi D25分离自冲绳海槽深海沉积物，与人源条件致病菌Myroides odoratimimus基因组同源性极高，提示该菌近期由陆生环境迁入海洋。
应激诱导泛素同源蛋白Hub1上调调控前体mRNA剪接并提升酿酒镉耐受性
前体mRNA剪接是真核生物基因表达的关键过程，DEAD-box RNA解旋酶参与调控剪接保真度。泛素同源蛋白Hub1可结合剪接关键因子Prp5并激活其ATP酶活性，过表达Hub1能提升剪接效率、放宽剪接位点限制，但其生理功能尚不明确。本研究发现，氧化应激、重金属镉胁迫可通过酵母AP1（Yap1）调控子在转录水平上调Hub1表达；镉胁迫下，上调的Hub1能够促进含非典型剪接位点内含子的剪接。
红藜麦水解产物对氧化应激型酿酒酵母的抗氧化生物活性研究
藜麦是营养价值极高的假谷物，其蛋白酶解产物具备多种生物活性。本研究选取白、红、黑三种藜麦，采用多种商用蛋白酶进行不同时长的酶解，结合感官评价、体外抗氧化能力、总酚含量检测筛选优质水解产物，并以酿酒酵母BY4741为活体模型，评价最优藜麦水解产物的体内抗氧化效果。
利用Sc2.0七号合成酵母染色体构建与SCRaMbLE技术解析非整倍体表型
非整倍体可造成基因组失衡，关联胚胎致死、肿瘤发生与衰老，但非整倍体表型成因尚不明确。本研究人工合成酿酒Sc2.0七号染色体（synVII），借助SCRaMbLE重组系统构建合成+天然七号染色体的非整倍体酵母，筛选219株染色体重排突变株。
恶臭假单胞菌KT2440对左旋葡聚糖和纤维聚糖的转化研究
生物质热解制备生物油会生成大量左旋葡聚糖与纤维聚糖，目前微生物利用纤维聚糖的机制尚不明确。本研究将左旋葡聚糖激酶基因导入恶臭假单胞菌KT2440，改造后的菌株可将左旋葡聚糖作为唯一碳源生长。研究证实糖苷水解酶GH1和GH3家族的β-葡萄糖苷酶均可水解纤维聚糖，生成左旋葡聚糖和葡萄糖。
利用合成基因表达系统调控酿酒酵母中P(LA-3HB)共聚物的D-乳酸含量
聚羟基烷酸酯（PHA）是可替代石化塑料的全生物基材料，单纯聚(3-羟基丁酸酯)（PHB）力学性能存在短板，掺入其他单体可改善材料特性。本研究在酿酒酵母中改造多西环素调控的Tet-On合成表达系统，通过控制肠膜明串珠菌来源D-乳酸脱氢酶基因（ldhA）的表达水平，实现胞内D-乳酸单体合成的精准调控，该调控方式不依赖培养条件。
一种保守的tRNA修饰水平调控细胞生长
N6-苏氨酰氨甲酰腺苷（t⁶A）是一种在所有生物中高度保守的tRNA转录后修饰，普遍存在于识别A起始密码子的tRNA第37位碱基上，该修饰可保障tRNA正常解码功能。酵母中t⁶A合成关键基因缺陷会造成菌株生长迟缓，本研究以果蝇、酵母为模式生物开展探究，首次在后生动物中证实Tcs3蛋白负责t⁶A的合成。
热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢数据集：培养条件对终产物生成的影响
本文提供了热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢的相关数据集，重点探究不同电子清除条件下该菌株对20种蛋白质氨基酸的代谢及终产物生成情况。该菌株单独发酵丝氨酸主要生成乙酸，同时伴随少量乙醇；在共培养产氢产甲烷菌的条件下，支链氨基酸缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸会被分解为对应的支链脂肪酸，添加40 mM硫代硫酸盐时，则同时生成支链脂肪酸与支链醇。
苹果渣用于丙酸-乙酸发酵工艺的可行性研究
本研究探究苹果渣作为碳源用于费氏丙酸杆菌T82发酵生产丙酸与乙酸的可行性。欧盟每年产生大量苹果渣加工废弃物，利用其进行生物发酵兼具环保与经济价值。结果表明，费氏丙酸杆菌T82可利用苹果渣中的果糖、葡萄糖、蔗糖生长，其中果糖最利于菌体增殖，蔗糖最利于有机酸合成。
利用CRISPR干扰技术筛选必需基因揭示蛋白酶体调控决定酵母菌的乙酸耐受性
CRISPR干扰（CRISPRi）是研究不同培养条件下细胞生理、筛选必需基因表达变化的有力工具。本研究利用包含九千余株菌株的酿酒酵母CRISPRi文库，在添加乙酸的培养基中开展高通量筛选。乙酸是木质纤维素生物质工业转化过程中产生的抑制物，提升酵母菌的乙酸耐受性对生物炼制领域的细胞工厂应用至关重要。
基于模型评估木质素添加培养基中凝结芽孢杆菌生长性能与L-乳酸产量的数据集简报
本文为配套数据集简报，依托相关主研究，系统展示了三株凝结芽孢杆菌在含木质素培养基中的培养相关数据。研究以木质纤维素来源的葡萄糖、木糖、阿拉伯糖为混合碳源，开展共发酵实验，借助高通量光密度筛选、液相色谱、紫外分光光度法等手段获取数据，结合逻辑增长模型、莫诺动力学模型完成参数拟合与模拟分析。
一款用于酵母生长速率、存活率及时序寿命高通量分析的R语言工具包SPOCK
基于酶标仪的高通量检测技术已广泛应用于酿酒酵母生长速率、细胞存活率与时序寿命的测定，但是海量检测数据的分析成为当前主要瓶颈。本文开发了名为SPOCK的R语言数据分析工具包，专门处理高通量培养设备产出的酵母相关数据。该工具包可自动计算酵母代增时间、细胞存活率与时序寿命，内置巴特沃斯、LOESS等多种降噪算法去除原始数据噪声，同时配备污染、数据异常等校验机制，能够稳定、可重复地完成数据分析。
对4698个单基因缺失菌株复制寿命的综合分析揭示保守的衰老机制
本研究以酿酒酵母为研究对象，对4698株单基因缺失存活菌株开展复制寿命全基因组筛选，最终鉴定出238株寿命延长菌株，其中189株为新发现菌株。这些长寿菌株的缺失基因分属多个功能集群，且酵母与秀丽隐杆线虫的长寿通路存在高度保守性。研究重点解析了tRNA转运相关基因LOS1，发现敲除LOS可显著延长酵母复制寿命。
化学与生物合成制备的三、四甲基取代新型双环内酯及其抗菌活性
本研究经五步化学合成得到10种异佛尔酮衍生物，包含两类带有三甲基、四甲基的不饱和双环内酯；选用多株真菌对上述内酯进行生物转化，得到4种全新羟基内酯，因四甲基不饱和内酯为非对映异构体混合物，开展结构解析；对全部不饱和内酯与羟基内酯进行抑菌试验与气味评定，结果显示部分化合物可抑制金黄色葡萄球菌、荧光假单胞菌、白色念珠菌、链格孢与青霉等致病微生物生长。
一种未被鉴定的小蛋白MicN通过调控RpoS-RNA聚合酶相互作用介导沙门氏菌的转录重编程
本研究在鼠伤寒沙门氏菌中鉴定出一个全新的小蛋白MicN，该蛋白对沙门氏菌在巨噬细胞内的存活至关重要，并显著影响其体内致病性。该研究首次揭示小蛋白通过调控σ因子与聚合酶互作实现全局转录重编程的新机制，为胞内病原菌生存机制与新型抗菌策略提供理论基础。