保守代谢调控因子ArcA在菌血症过程中响应氧可用性、铁限制与细胞膜扰动
聚焦革兰氏阴性兼性厌氧菌引发的致命性血流感染（菌血症），针对双组分调控系统ArcAB的响应调控因子ArcA，系统解析了其在菌血症中的功能与调控机制。研究首先通过生物信息学分析证实ArcA在肠杆菌目中具有高度的序列与结构保守性，随后通过小鼠菌血症模型，首次发现arcA基因是弗氏柠檬酸杆菌、肺炎克雷伯菌、粘质沙雷菌血流感染适应性的关键基因，而在大肠杆菌中无此表型，揭示了其功能的半保守性。
宝藿苷I通过靶向转录因子金黄色葡萄球菌附属调节因子SarZ抑制耐多药金黄色葡萄球菌的毒力
针对耐多药金黄色葡萄球菌（MDR/MRSA）全球流行、传统抗生素研发滞后的临床困境，聚焦传统中药淫羊藿的活性黄酮醇糖苷宝藿苷I，系统探究了其抗金黄色葡萄球菌毒力和生物膜的活性与分子机制。
胞质与线粒体tRNA合成酶抑制剂以GCN4/atf-4依赖的方式延长寿命
酵母中核糖体蛋白编码基因的缺失可延长复制寿命，该效应源于转录因子Gcn4的翻译水平上调，且寿命延长完全依赖GCN4。Gcn4及其在秀丽隐杆线虫、哺乳动物中的功能直系同源物atf-4/ATF4，其翻译也会被未带电tRNA上调。
靶向地衣芽孢杆菌的烈性噬菌体鉴定：生物学特性与基因组功能分析
芽孢杆菌属产孢细菌的生长会严重影响食品品质，给食品生产行业造成巨大经济损失。本研究分离并鉴定了靶向地衣芽孢杆菌的噬菌体，评估其作为食品生物防控制剂的应用潜力。生物学评估结果显示，地衣芽孢杆菌噬菌体KKP_4048和KKP_4049在多种环境条件下具备高稳定性，在-20℃~60℃处理1h、pH 3~11的盐溶液中处理1h均能保持侵染活性，紫外线照射30min后其活性下降99.99%。
MIC的问题何在：细菌营养、限制性资源与抗生素药效学
针对全球抗生素治疗领域长期将最低抑菌浓度（MIC）作为细菌药敏判定、临床给药方案设计唯一药效学参数的核心现状，通过构建整合资源限制的抗生素药效学数学模型，结合大肠杆菌MG1655与8种不同作用类别抗生素的体外实验，系统揭示了MIC值并非细菌的固有药敏属性，而是高度依赖培养基的营养环境
dctA、dctB与dctD基因参与西瓜嗜酸菌对C4-二羧酸、碳源、氮源的利用及致病性调控
西瓜细菌性果斑病（BFB）是由西瓜嗜酸菌（*Acidovorax citrulli*）引起的葫芦科作物毁灭性细菌性病害，而碳源的吸收利用是细菌成功定殖宿主植物的核心基础。C4-二羧酸是细菌关键的碳源与能源物质，其转运由C4-二羧酸转运系统（Dct）完成，该系统在细菌基础代谢中发挥重要作用，但dct基因在西瓜嗜酸菌中的功能尚未明确。
生物保鲜策略：有机酸浓度能否足以预测草莓泥中酵母菌和霉菌的生长？
针对消费者对无添加、低加工食品的需求增长，聚焦草莓泥生物保鲜的核心痛点，基于预测微生物学方法，构建了有机酸对草莓泥中腐败酵母菌和霉菌生长的预测模型，并系统验证了模型的有效性。研究首先测定了草莓相关腐败菌株对乳酸、乙酸、丙酸、山梨酸、苯甲酸的最低抑菌浓度（MIC）和最低抑制浓度（LIC），以Baranyi模型为一级模型、有机酸多效应叠加模型为二级模型，完成了预测模型的构建
CAN1精氨酸通透酶缺陷通过应激反应基因的翻译激活延长酵母复制寿命
转录调控在衰老过程的基因表达控制中发挥重要作用，而翻译效率在决定蛋白丰度上具有同等重要的地位，但在衰老研究领域中相关探索仍较为不足。本研究利用RNA测序（RNA-seq）和核糖体图谱分析技术，探究了酵母中CAN1基因缺失延长寿命过程中翻译调控的作用。
植物乳杆菌发酵苹果汁过程中不同微生物生长阶段超声处理的应用：代谢响应研究
针对低强度超声在食品发酵中的强化应用潜力，以及果蔬汁乳酸发酵中乳酸菌环境适应性差、发酵进程慢、酚类物质生物转化机制不明的问题，以红富士苹果汁为发酵基质，植物乳杆菌BNCC337796为发酵菌株，系统探究了58.3 W/L和93.6 W/L两种低强度超声，分别在菌株迟滞期、对数期、稳定期处理对苹果汁乳酸发酵的影响。
脂敏感酵母的全基因组功能筛选鉴定出 “ARE2 存活必需”（ARV1）基因产物是真核生物脂肪酸抗性的
聚焦肥胖、2 型糖尿病、非酒精性脂肪肝等代谢疾病的核心病理机制 —— 脂质异位沉积引发的脂毒性，以酿酒酵母为真核模式生物，完成了国际上首个全基因组层面的脂肪酸诱导细胞死亡敏感突变株筛选。
一株进化的单核细胞增生李斯特菌F2365暴发分离株中沉默乳糖利用通路的激活
针对食源致病菌单核细胞增生李斯特菌的乳糖代谢机制与环境适应性进化开展了系统性研究。研究首先筛查了不同来源李斯特菌菌株的乳糖利用能力，发现1985年墨西哥奶酪暴发菌株F2365因lacR基因移码突变（lacR⁸⁸⁷ᵈᵉˡ）导致转录激活因子LacR截短失活，无法利用乳糖；通过以乳糖为唯一碳源的实验进化，获得了乳糖利用能力完全恢复的进化株F2365 EV。
通过DsrA-Hfq模块的负向自调控实现工业大肠杆菌的稳健合成耐受性
针对工业发酵中酸胁迫降低微生物生产效率、实验室验证有效的DsrA-Hfq抗酸模块在工业菌株中表型失效的核心问题，开展了系统性研究。研究首先定量解析了DsrA与Hfq的表达水平对大肠杆菌酸性条件下生长性能的影响，明确了模块的最优表达模式；
添加C3单羧酸盐和C4二羧酸盐的培养基中弯曲杆菌的有氧生长
针对食源性致病菌弯曲杆菌传统培养需严格微需氧环境、设备成本高、操作门槛高的行业痛点，系统探究了C3单羧酸盐（丙酮酸、乳酸）与C4二羧酸盐（富马酸、琥珀酸、苹果酸）组合对弯曲杆菌有氧生长的支持作用。
全球性植物病原细菌对乙酰胆碱的趋化作用
聚焦全球重要植物病原细菌对植物源信号分子乙酰胆碱的趋化机制与生物学功能展开系统研究。乙酰胆碱作为哺乳动物经典神经递质，同时也是调控植物生长发育与抗逆性的信号分子，但其在植物 - 病原细菌互作中的作用尚未明确。
硫同化改变粘质沙雷氏菌的鞭毛功能并调控其全基因组表达谱
针对机会致病菌粘质沙雷氏菌的硫同化过程对其生理功能与毒力调控的影响尚未明确的研究空白，系统解析了硫酸盐可用性、半胱氨酸生物合成对该菌鞭毛功能、毒力因子表达及全局转录组的调控作用。
抗菌剂丹皮酚调控嗜水气单胞菌的外排泵与细胞膜通透性：蛋白质组学机制解析及其在草鱼肉保鲜中的应用
针对水产养殖与食品安全领域中嗜水气单胞菌耐药性日益严峻、天然抗菌剂机制不明的核心问题，系统评价了植物源活性物质丹皮酚的广谱抗菌活性，深入解析了其对嗜水气单胞菌的杀菌机制与分子靶点，并验证了其在水产品保鲜中的应用潜力。
酵母化学基因组学筛选鉴定出调控己二酸毒性的通路
针对酿酒酵母发酵生产可再生尼龙原料己二酸过程中，产物毒性抑制菌株生长与发酵效率的行业痛点，首次通过全基因组化学基因组学筛选，系统解析了己二酸对酿酒酵母的毒性作用机制，鉴定出调控己二酸毒性的关键基因与核心生物学通路。
荚膜生成与葡萄糖代谢决定粘质沙雷氏菌菌血症期间的宿主内适应度
针对机会致病菌粘质沙雷氏菌在哺乳动物血流感染中生存增殖的遗传决定因素研究不足的问题，通过转座子插入测序（INSeq）技术，在小鼠菌血症模型中对约32000株转座子突变体进行了体内筛选，首次系统鉴定出212个粘质沙雷氏菌在哺乳动物宿主内生存的关键适应度基因。
放线杆菌利用结合蛋白依赖型ABC转运体摄取维生素B6的活性形式
针对原核生物中活性维生素B6（吡哆醛-5'-磷酸，P5P）特异性摄取系统长期未被鉴定的研究空白，以猪源致病菌胸膜肺炎放线杆菌为研究对象，系统解析了与糖磷酸转运体AfuA同源的周质结合蛋白P5PA的结构与功能。研究通过1.75Å高分辨率X射线晶体学解析了P5PA的三维结构，结合LC-MS/MS、等温滴定量热法（ITC）、微量热泳动（MST）等生化实验，证实P5PA是首个在原核生物中发现的、对P5P具有纳摩尔级高亲和力与高度特异性的周质结合蛋白
RNA 聚合酶突变通过阻止氨基酸和核苷酸代谢失调赋予 β- 内酰胺类抗生素抗性
以革兰氏阳性模式菌枯草芽孢杆菌为研究对象，解析了 RNA 聚合酶（RNAP）突变调控 β- 内酰胺类抗生素抗性的全新代谢机制。研究对比了两株 RNAP 核心亚基突变株：rpoC G1122D 突变株（头孢呋辛 CEF，β- 内酰胺类模型药物，抗性）与 rpoB H482Y 突变株（利福平 RIF 抗性、CEF 敏感），通过转录组学、遗传学、生理生化实验