嗜黏蛋白阿克曼菌无细胞上清液对沙门氏菌的抗生物被膜与抗毒力潜力
嗜黏蛋白阿克曼菌是定植于哺乳动物肠道内、与宿主共进化的共生菌之一。大量研究证实了该菌在改善代谢紊乱中的有益作用，但其针对病原菌的抗菌潜力却鲜有报道。本研究探究了嗜黏蛋白阿克曼菌无细胞上清液（CFS）对鼠伤寒沙门氏菌的抗菌与抗毒力特性。
双重效应：高NADH水平既促进外排泵介导的抗生素耐药性，又驱动活性氧介导的细菌致死
在抗生素危机的背景下，亟需探索可使细菌对现有抗生素重新敏感的新策略。多项杀菌机制研究表明，杀菌类抗生素的活性可通过活性氧（ROS）的产生进一步增强，即ROS致死假说。本研究利用可特异性催化NADH生成或氧化的酶，人工调控了机会性致病菌铜绿假单胞菌的氧化还原稳态。
羧酸还原酶的工程化改造实现酵母中中链脂肪醇的选择性合成
中链脂肪醇（MCFOHs，碳链长度 C6~C12）是柴油、航空煤油等化石燃料的潜在替代品，在各类工业生产中具有广泛应用。目前中链脂肪醇主要来源于石油化工或植物油提取，而微生物生物合成是一种可规模化、高稳定性且可持续的替代方案。本研究旨在构建可选择性生产中链脂肪醇的酿酒酵母平台，核心策略是对来源于海分枝杆菌的羧酸还原酶（MmCAR）进行性能定制化改造。
通过培养基碳氮比与化学伴侣缓解高产脂解脂耶氏酵母菌株中分泌型真菌纤维素酶共表达的代谢负担
解脂耶氏酵母可在胞内积累脂质，但缺乏直接降解固体生物质的纤维素分解酶。本研究旨在评估在工程化高产脂解脂耶氏酵母HA1菌株中表达核心纤维素分解酶的潜在代谢负担。研究采用三个组成型强启动子，将埃默森篮状菌-里氏木霉嵌合纤维二糖水解酶I（嵌合CBH I）、里氏木霉纤维二糖水解酶II（CBH II）、里氏木霉内切葡聚糖酶II（EG II）三种真菌纤维素酶作为单一整合表达框，在该菌株中完成异源表达。
同源代谢酶平行与分化优化解决方案的鉴定
代谢途径组装通常需要在单一异源宿主中表达来自多个生物体的酶，而诸多潜在因素会破坏途径的正常通量，保障每一个酶的有效功能极具挑战。本研究在经工程改造可利用原儿茶酸（PCA）的大肠杆菌中，分别引入了两个同源的 4 - 羟基苯甲酸 3 - 单加氧酶编码基因 —— 来自恶臭假单胞菌 KT2440 的 pobA 和类芽孢杆菌 JJ-1B 的 praI，构建了可将木质纤维素解聚副产物 4 - 羟基苯甲酸（4-HB）转化为 PCA 的工程菌株；
细菌对根细胞壁的修饰促进酸性土壤中水稻的铝抗性
植物根细胞壁是逆境土壤中作物胁迫抗性形成的关键微生物互作界面。根际微生物可通过养分交换和激素信号调控根系发育，但其在酸性土壤铝毒胁迫下对根细胞壁重塑的作用机制尚不明确。本研究证实，合成微生物群落（SynCom）可通过激活木葡聚糖内转糖苷酶（XET）活性，提升水稻根系的铝胁迫抗性。
细菌生长素分解代谢是促进植物生长和根际定殖适应性的关键驱动因素
植物与其共生微生物之间的跨界信号交流，对植物的生长发育和环境适应至关重要。吲哚-3-乙酸（IAA）是植物体内最主要的生长素，调控植物生长发育全过程，同时也能调节细菌的生理与行为。IAA的生物学效应具有严格的浓度依赖性，维持生长素稳态对植物而言至关重要。尽管植物促生细菌产生的IAA通常能促进植物生长，但过量的IAA会对植物生理产生毒害作用。
小肠结肠炎耶尔森菌对三氯生暴露的适应性响应
小肠结肠炎耶尔森菌因其环境胁迫抗逆性，给食品安全带来了显著风险。三氯生（TCS）作为食品加工中广泛使用的消毒剂，其胁迫下小肠结肠炎耶尔森菌的响应机制尚未明确。本研究评估了三氯生诱导的小肠结肠炎耶尔森菌适应性响应，并通过RNA-Seq解析了菌株的全局基因表达变化。
锌对大肠杆菌中 CTX-M-1 型 β- 内酰胺酶表达的影响
本研究旨在探究作为抗生素生长促进剂替代物、用于预防仔猪断奶后腹泻的氧化锌，是否会对产超广谱 β- 内酰胺酶（ESBL）的大肠杆菌产生选择作用，并影响大肠杆菌中 blaCTX-M-1 基因的表达。
一种可逆转多重耐药菌抗生素耐药性的抗毒力药物的鉴定
多重耐药（MDR）菌的持续高流行严重威胁全球公共健康，针对多重耐药菌相关感染，亟需开发新型抗菌药物与治疗策略。筛选可逆转抗生素耐药性的潜在化合物，是缓解这一危机的有效策略。本研究通过高通量筛选方法，发现羟氯扎胺（oxyclozanide）可通过促进四环素在耐药菌胞内的积累，增强四环素类抗生素对多重耐药致病菌的抗菌活性。
一种稳健的酵母底盘：一株快速生长酿酒酵母的全面表征
稳健的底盘细胞是推动合成生物学发展的核心关键。本研究对一株新型酿酒酵母分离株 XP 进行了全面表征，该菌株的生长速率显著快于目前常用的实验室研究与工业生产酿酒酵母菌株。基因组、转录组与代谢组联合分析表明，其快速生长特性部分源于高效的电子传递链与关键生长因子的合成能力。
一种新型 XRE 型调控因子介导铜绿假单胞菌中的噬菌体裂解发育与多种宿主代谢过程
铜绿假单胞菌是一种革兰氏阴性条件致病菌，是免疫低下患者急慢性感染的主要致病菌，常伴随高发病率与死亡率。异生反应元件（XRE）家族蛋白是铜绿假单胞菌中第二大类转录调控因子（TRs），但目前仅有少数 XRE 样转录调控因子被报道可调控细菌毒力、代谢、抗生素合成与耐药、胁迫响应及噬菌体感染等多种细胞过程，我们对这类小型调控蛋白在铜绿假单胞菌中的功能认知仍十分有限。
饮用水处理厂生物滤池中分离的微生物菌群对氨甲基膦酸（AMPA）的生物降解作用
草甘膦的广泛使用使其在饮用水源中的检出率显著升高，其主要降解产物氨甲基膦酸（AMPA）难以通过传统水处理工艺去除，对公共健康和环境安全构成威胁。本研究探究了3种环境样品中分离的细菌对AMPA的生物降解能力，重点评估其在水处理系统中的应用潜力：3份样品分别来自英国某饮用水处理厂不同运行时长的颗粒活性炭（GAC）滤池，以及有草甘膦类除草剂施用历史的农田土壤。
用古代和现代同源基因替换必需基因的功能限制
细胞中执行核心信息处理功能、具有多个互作伴侣的蛋白编码基因，更难通过水平基因转移进入外源生物并发挥功能。本研究以编码高度保守的翻译延伸因子 Tu（EF-Tu）的 tuf 基因为研究对象，通过系统地将大肠杆菌基因组中的内源 tufA 基因替换为其现代和古代同源基因，探究了该必需基因跨物种 / 跨时间转移的功能限制。
用于大豆基乳替代品酸化的蛋白水解型乳酸菌发酵剂的筛选
本研究对从丹麦不同环境（植物、发酵食品、乳制品、动物粪便）中分离的菌株，在大豆基乳替代品（SBMA）中发酵产凝乳的能力进行了系统研究。在 30℃条件下测定了菌株在商业 SBMA 中的酸化动态，通过高效液相色谱（HPLC）分析了发酵代谢产物的生成情况，利用蛋白质组学解析了菌株对大豆蛋白的水解谱，对筛选菌株发酵的 SBMA 样品进行了流变学表征，并完成了菌株的基因组测序与分析。
用于酿酒酵母复杂遗传线路工程的合成工具包
化学品、材料和医药产品的可持续生产，越来越依赖基因工程改造的细胞工厂；而复杂代谢途径或细胞行为控制系统的工程化，需要稳健、可预测的基因表达工具，其中正交性是这类工具的核心前提。
蒸汽爆破预处理短轮伐硬木树种垂枝桦的酶解消化率提升及其乳酸生产潜力
针对全球对化石基产品的依赖与生物基可降解材料的产业需求，首次系统探究了可在边际土地种植的短轮伐硬木垂枝桦（Betula pendula）作为木质纤维素原料，通过生物转化工艺生产聚乳酸核心单体 L - 乳酸的可行性。
脂肪酸单甘酯对四种食源性细菌的体外抗菌活性及作用机制
天然存在的脂肪酸单甘酯被证实具有广谱抗菌活性。本研究采用自动比浊法，测定了五种单甘酯（单癸酸甘油酯、月桂酸单甘酯、肉豆蔻酸单甘酯、棕榈酸单甘酯、硬脂酸单甘酯）对食源性致病菌金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌、铜绿假单胞菌、大肠杆菌的最小抑菌浓度（MIC）与抗菌活性。
中国制药环境中不动杆菌的物种多样性及质粒介导的碳青霉烯耐药性传播
本研究基于 “One Health” 理念，对中国 9 个地理区域 17 个城市制药生产环境的 29727 份样本开展了大规模系统筛查，共分离获得 94 株非重复不动杆菌菌株，全面解析了该场景下不动杆菌的物种多样性、种群结构、耐药基因组特征与传播规律。
藏猪源解淀粉芽孢杆菌 TL106 对断奶仔猪益生潜力及肠道微生物的影响
针对畜牧养殖中抗生素过度使用引发的病原菌耐药性、药物残留等行业痛点，从西藏林芝高海拔抗寒抗病的藏猪肠道中分离得到解淀粉芽孢杆菌 TL106，系统开展了菌株体外益生特性表征与断奶仔猪体内应用效果评价。研究通过体外实验证实了 TL106 具备优异的耐酸、耐胆盐、耐高温抗逆性，对畜禽常见病原菌具有广谱抑制活性，同时对养殖常用抗生素具备选择性耐受性。