一株新型曼哈顿肠炎沙门氏菌噬菌体的鉴定及其在体外和食品基质中的抑制作用
曼哈顿肠炎沙门氏菌是重要的食源性致病菌，对食品安全和公共健康构成重大威胁。噬菌体生物防控作为一种天然、环保的手段，正被越来越多地用于减少食品链中的细菌污染，但目前尚无靶向曼哈顿沙门氏菌的噬菌体相关报道。
一条由混杂性代谢酶构成的新型β-丙氨酸生物合成途径的鉴定
细菌通过高度特化酶组成的精密代谢系统适应环境中的营养物质，尽管这些酶可代谢其进化目标之外的分子，但其对混杂底物的催化效率通常被认为过低，不具备生理相关性。本研究探究了这些混杂酶代谢次级底物的效率，是否足以改变细胞表型。
野生型恶臭假单胞菌KT2440与基因组精简菌株EM42利用芳香族化合物和葡萄糖生产粘康酸的性能比较
恶臭假单胞菌KT2440是一株抗逆性强、芳香族化合物代谢能力优异的模式菌株，被广泛用于生物基和废弃基原料转化生产高附加值产物。为实现该菌株的工业化驯化，前人通过理性基因组精简构建了EM42菌株，该菌株被认为具备作为工业生产底盘的多项潜在优势。
药物外排与4‑L‑阿拉伯糖修饰脂质A是败血症致病菌布氏肠杆菌对多黏菌素B耐药的关键机制
布氏肠杆菌（Enterobacter bugandensis）是一种新出现的、可引起败血症与重症感染的多重耐药致病菌，临床治疗极为有限，多黏菌素B（PMB）常作为最后一线药物使用。然而，该菌对多黏菌素B的耐药机制完全未知。
腰果苹果汁混合发酵中本土微生物菌株的特性鉴定与应用
本研究评估了从发酵腰果苹果制品中分离的本土酵母菌、乳酸菌（LAB）和醋酸菌（AAB）的工艺与功能潜力，旨在开发混合菌种发酵的低酒精饮料。通过16S rRNA和ITS区DNA测序，共鉴定出52株分离株（34株酵母、14株LAB、4株AAB）；利用微孔板培养与高效液相色谱（HPLC），监测菌株在澄清腰果苹果汁中的生长与代谢产物生成动力学，筛选出性能优异的微生物菌株。
新型弯曲杆菌噬菌体CC_R7的特性鉴定及其在鸡肉中作为生物防控剂的应用
弯曲杆菌是全球主要的食源性致病菌，家禽是其最主要的传播载体，家禽养殖中抗生素的滥用导致多重耐药菌株广泛流行，亟需开发噬菌体生物防控等抗生素替代策略。本研究首先分析了家禽源空肠弯曲杆菌（C. jejuni）与结肠弯曲杆菌（C. coli）的耐药谱，同时分离、鉴定了一株新型裂解性弯曲杆菌噬菌体CC_R7，完成了其全基因组解析与系统发育分析，系统表征了其生物学特性，并评估了其在屠宰场模拟条件下的生物膜清除能力，以及在鸡肉中的生物防控效果。
新型裂解性噬菌体对植物病原黄单胞菌生物防治的比较分析
黄单胞菌属是一类重要的植物病原细菌，可侵染400余种植物，引发多种农作物的毁灭性病害，造成严重的经济损失，其中多个种被列为检疫性有害生物。目前针对黄单胞菌病害的传统防治手段存在铜制剂环境污染、抗生素诱导细菌耐药性等诸多问题，亟需开发创新的绿色防控工具，而细菌病毒（噬菌体）是极具潜力的生物防治手段。
重阳木乙醇提取物的化学成分、抗氧化能力及对金黄色葡萄球菌的抑菌机制
本研究系统探究了重阳木（Bischofia javanica Blume）乙醇提取物（BJBE）的化学成分、抗氧化特性及对金黄色葡萄球菌的抑菌作用机制。通过UPLC-ESI-MS分析，共鉴定出10种化合物，包括2种甾醇、6种黄酮醇和2种酚酸，其中β-谷甾醇、山奈酚、没食子酸为提取物中的主要成分。
乌宗热厌氧杆菌AK85菌株的基因组草图与醇脱氢酶数据集
乌宗热厌氧杆菌（Thermoanaerobacter uzonensis）AK85是一株分离自冰岛热泉的革兰氏阳性、嗜热、专性厌氧细菌，该类菌株具有高效发酵产乙醇及长链醇的潜力。本研究公布了AK85的基因组草图序列，基因组全长2,577,794 bp，GC含量33.69%，平均核苷酸一致性（ANI）为96.9%，确认为T. uzonensis。基因组注释共发现41个与糖、氨基酸、羧酸代谢相关的酶，包含3个关键醇脱氢酶（AdhE、AdhA、Adh2）。
通过定量表型分析系统解析古菌转录因子在调控网络中的功能
基因调控网络（GRNs）对环境胁迫下的动态转录响应至关重要，但GRN调控如何调整细胞生理以实现胁迫存活的机制尚不明确。本研究以高胁迫耐受性古菌盐生盐杆菌（*Halobacterium salinarum*）为研究对象，测定了27个转录因子（TF）缺失突变体在热激、氧化胁迫、低盐条件下的高时间分辨率生长表型。
无细胞体系解析鼠疫耶尔森菌扩展蛋白质-蛋白质相互作用网络的二元复合物
二元蛋白质相互作用是调控细菌所有细胞功能的分子网络与动态组装体的基本构成单元，也是新型抗生素研发的潜在靶点，但针对大多数致病菌的大蛋白质组，目前仍缺乏高置信度的相关数据集。
膳食果糖改变肠道菌群的组成、定植分布与代谢并加剧结肠炎
炎症性肠病（IBD）的全球发病率持续攀升，膳食因素被认为在其中发挥重要作用。本研究证实，高果糖饮食（HFrD）以肠道菌群依赖的方式加剧小鼠结肠炎。研究阐明了膳食果糖发挥促结肠炎效应的潜在机制，明确了该效应在微生物驱动型和遗传易感型结肠炎模型中均普遍存在。
模式古菌沃氏富盐菌氧化应激下的全局翻译响应研究：发现具有核糖体结合的非翻译小RNA
氧化应激会引发广泛细胞损伤，而嗜盐古菌具有高抗氧化抗性。本研究以沃氏富盐菌为模型，结合RNA-seq与核糖体图谱（Ribo-seq）解析氧化应激下的全局翻译景观。结果鉴定出281个翻译效率（TE）差异基因，下调基因富集于核糖体、翻译蛋白、过氧化物酶与TCA循环相关功能。
金黄色葡萄球菌耐药小菌落变异株的替代进化通路
金黄色葡萄球菌易产生小菌落变异株（SCVs），该类菌株对氨基糖苷类抗生素具有耐药性，可引发宿主持续、反复感染。SCV表型具有不稳定性，其补偿突变通常可恢复细菌生长能力，但多伴随耐药性丢失，而关于“不丢失抗生素耐药性同时实现生长改善”的进化机制，此前研究仍极为匮乏。
季鏻盐类小分子抗菌材料对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的抗菌活性
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）因对多数抗生素产生耐药性、且能形成持留性生物膜，大幅提升了临床治疗难度，已成为全球重大公共卫生威胁，目前亟需开发能突破这一困境的新型高效抗菌剂。本研究合成并评估了5种季鏻盐类小分子抗菌剂（[MTPP]·I、[ETPP]·I、[ITPP]·I、[BTPP]·I、[PTPP]·I）的抗MRSA活性，结果显示，随着鏻盐化合物烷基链长度增加，其抗菌活性显著提升，其中[PTPP]·I的抗菌效果最优，最低抑菌浓度（MIC）低至16 µg/mL，在MIC浓度下可维持长达36 h的细菌生长抑制效应。
广谱裂解性噬菌体PG288的特性鉴定与基因组分析——一种潜在的弧菌感染天然治疗候选物
副溶血性弧菌是重要的人畜共患病原体，可导致水产动物和人类严重疾病甚至死亡，而抗生素的广泛使用使其疗效持续下降，可特异性裂解细菌的噬菌体作为新型抗菌替代策略受到广泛关注。本研究对以副溶血性弧菌G855为宿主的裂解性噬菌体PG288进行了系统鉴定与分析
肺炎克雷伯菌蛋白质组全局重塑介导的抗生素敏感性下降
细菌可通过不依赖传统耐药遗传元件的生理状态转变规避抗生素的杀伤作用，但其背后的机制尚不明确。本研究以导致绿猴致死性暴发感染、产A类β-内酰胺酶的高侵袭性肺炎克雷伯菌KpV513菌株为研究对象，针对核糖体蛋白合成抑制剂链霉素、多西环素处理后存活的细菌，通过无标记定量质谱开展蛋白质组学分析，结合系统生物学方法解析了介导抗生素敏感性下降的分子通路。
恶臭假单胞菌KT2440对糠醛与5-羟甲基糠醛的转化和同化作用
糠醛和5-羟甲基糠醛（HMF）是木质纤维素在高温热化学预处理、液化或热解过程中，己糖和戊糖脱水形成的典型产物，也是微生物转化过程中最主要的抑制剂。多数微生物仅能将这两种醛类还原为毒性更低的糠醇和羟甲基糠醇，形成无法被进一步利用的死端产物，同时消耗大量还原力。
变形链球菌fruB基因编码一种可增强左聚糖利用能力并调控全局基因表达的内切左聚糖酶
变形链球菌是人类龋齿的主要致病菌，其与多种口腔链球菌、放线菌均可合成果糖同聚物果聚糖，主要分为β2,1-连接的菊粉型与β2,6-连接的左聚糖型，该菌降解果聚糖的能力直接影响龋齿的发生严重程度。
比较蛋白质组学与分泌组学揭示16种食用水产品来源非O1/O139群霍乱弧菌的毒力与共耐药相关因子
霍乱弧菌是可引发人类霍乱大流行的革兰氏阴性菌，广泛分布于全球水生环境中，鉴定水产品中霍乱弧菌的风险因子对保障食品安全至关重要。本研究对分离自16种食用水产品的20株非O1/O139群霍乱弧菌，完成了毒力相关基因检测、抗生素与重金属交叉耐药表型分析及基因组指纹图谱分析；