硫代谢通过胱硫醚β-合酶与Sec14蛋白的相互作用调控内质网应激存活
本研究以酿酒酵母为模型，揭示硫代谢关键酶胱硫醚β-合酶Cys4通过产生硫化氢（H₂S）并与磷脂转运蛋白Sec14相互作用，调控内质网应激存活。Cys4是内质网应激下维持细胞存活的主效H₂S合成酶，缺失CYS4会导致细胞对衣霉素极度敏感、未折叠蛋白反应（UPR）持续激活、胞内脂滴异常积累。
转录组学与代谢组学整合解析高亚油酸胁迫下植物乳杆菌AR195的代谢与功能全局变化
本研究联合生长实验、转录组与代谢组，系统解析高亚油酸（LA）对高产共轭亚油酸（CLA）菌株植物乳杆菌AR195的影响。结果显示，亚油酸胁迫显著改变菌体全局代谢，LA主要通过三条通路代谢：转化为c9,t11-CLA、经花生四烯酸途径生成前列腺素等脂质介质、以侧链形式参与膜脂合成。
两株扑草净降解菌的分离鉴定与泛基因组比较分析
本研究从长期受扑草净污染的土壤中分离驯化得到两株能以扑草净为唯一碳氮源生长的降解菌T6-2与T7-2，经形态、生理生化与16S rRNA鉴定分别为枯草芽孢杆菌枯草亚种与缺陷短波单胞菌。优化培养条件后，T6-2在pH7、接种量5%时72h对75mg/L扑草净降解率达70.63%，T7-2在pH8、接种量10%时72h对50mg/L扑草净降解率达73.03%。种子安全性实验证实两株菌可有效缓解扑草净对玉米的毒害。
巴斯德毕赤酵母应对碱化的转录响应信号通路：转录因子Crz1与Rim101的作用
本研究鉴定了工业酵母Komagataella phaffii（原Pichia pastoris）中响应碱性pH的两个关键转录因子Crz1和Rim101。利用CRISPR/Cas9构建单突变与双突变株，发现crz1缺失株对Ca²⁺高度敏感、对SDS耐受性增强，rim101缺失株对Na⁺、Li⁺、碱性pH与SDS高度敏感。
北极污灰假交替单胞菌中Csr小RNA的动态且复杂调控
本研究在北极污灰假交替单胞菌BSW20308中发现两个新的Csr系统小RNA Pf2与Pf3，连同已知的Pf1共同构成三条Csr sRNA。它们通过竞争性结合CsrA蛋白，全局调控细菌的运动性、生物被膜、六型分泌系统、外膜应激、碳代谢等多种生理过程。缺失不同数量的Pf sRNA会显著改变CsrA的靶标谱，表现出功能互补与补偿效应。
YmoA在耶尔森氏菌中作为分子应激传感器发挥作用
本研究发现耶尔森氏菌中的YmoA蛋白可直接感知温度与渗透压变化并发生构象改变，进而作为核心分子应激传感器调控全局基因表达、毒力质粒拷贝数（PCN）、细菌适应性与毒力功能。NMR、生化实验与转录组结果显示，YmoA的特定残基及C端区域负责感知温度与盐信号，通过与H-NS相互作用传递环境信号，负调控Ⅲ型分泌系统（T3SS）与毒力基因表达，并平衡感染过程中的代谢代价。
木糖压力下肺炎克雷伯氏菌的生长适应、抗菌敏感性、全局蛋白质组学分析及XylA和XylB蛋白的作用
本研究探究木糖对肺炎克雷伯氏菌浮游生长、毒力、抗菌敏感性及蛋白质组的影响。低浓度木糖（≤2%）促进三株肺炎克雷伯氏菌浮游生长，8%木糖则产生抑制作用。经8%木糖长期诱导的菌株K2044−8Xyl−60G表现出最佳生长适应，且未发生功能性氨基酸突变。
计算机模拟识别可增强大肠杆菌C12脂肪酸合成的基因靶点
本研究利用约束建模与Optknock算法，在大肠杆菌全基因组代谢网络中筛选能提高C12脂肪酸产量的基因敲除靶点，最终鉴定出9个候选基因，涉及回补反应、氨基酸合成、碳代谢与辅因子平衡。通过构建单基因与组合缺失突变株进行体内验证，三缺失突变株ΔmaeB Δndk ΔpykA的C12脂肪酸产量达到6.7 mg/L，较原始菌株提升7.5倍。研究证明模型引导的代谢工程可高效定向优化菌株，为微生物合成C12脂肪酸提供新策略与靶点。
携带blaNDM-9的耐碳青霉烯类大肠杆菌全球地理与基因组流行病学分析
本研究对2018–2024年某三甲医院携带blaNDM-9的耐碳青霉烯大肠杆菌（CREC）开展7年监测，获得7株菌株并进行药敏、接合转移、全基因组测序与适应性分析；同时整合NCBI截至2025年7月的全球公开基因组数据开展大规模分析。
临床携带blaKPC-2或blaNDM-1的耐碳青霉烯类摩根菌：十年基因组流行病学分析
本研究对一家三甲医院7年间的耐碳青霉烯摩根菌（CRMM）进行监测，筛选出携带blaKPC-2或blaNDM-1的菌株并开展全基因组分析，同时整合NCBI近十年全球摩根菌数据进行基因组流行病学研究。全球分析表明产KPC-2或NDM-1的摩根菌呈时空扩散性，已形成优势流行克隆，研究强调需加强临床监测以防控超级细菌出现。
枯草芽孢杆菌6633的yxiD基因编码一种具有tRNase活性的多态毒素并可被同源免疫蛋白YxxD中
本研究对枯草芽孢杆菌6633的YxiD‑YxxD系统进行结构与功能解析，证实其为多态毒素‑免疫蛋白对。YxiD的C端结构域YxiDCTD具有金属离子依赖性tRNase活性，可切割多种tRNA并下调细胞壁合成等关键基因，导致细菌生长抑制与死亡；其同源免疫蛋白YxxD通过1:1高亲和力结合YxiDCTD，空间封闭毒素活性中心从而中和毒性。
中国携带blaNDM-1的临床奇异变形杆菌分离株的全球系统地理学与基因组表征
本研究对中国某三甲医院2017至2024年分离的16株blaNDM-1阳性耐碳青霉烯奇异变形杆菌进行药敏试验、接合实验、全基因组测序与生长实验，同时整合NCBI中420株全球blaNDM阳性奇异变形杆菌开展基因组流行病学分析。
基于内源性I-E型CRISPR‑Cas系统开发黑色单胞菌X339基因编辑工具及其在提升聚羟基丁酸戊酸
本研究以嗜碱嗜盐菌黑色单胞菌X339为对象，首次开发基于其内源性I‑E型CRISPR‑Cas系统的单质粒基因编辑工具，实现高效精准基因敲除。利用该工具敲除丙酸降解关键基因prpC，使丙酸转化为3‑羟基戊酸的效率从1.8%提升至70.5%，但导致菌株耐丙酸能力下降。
致中毒性休克综合征的咽峡炎链球菌毒力与适应性的基因组学和转录组学见解
本研究以引发中毒性休克样综合征的咽峡炎链球菌KH1株为对象，解析其全基因组并比较355株菌株的泛基因组与核心基因组，发现该菌株基因组受前噬菌体与水平基因转移影响显著，存在9个基因组岛与两套CRISPR‑Cas系统。通过模拟口腔与血液环境的转录组对比，发现血清环境中嘌呤合成、糖原合成、感受态与细菌素合成基因显著上调，唾液环境中群体感应淬灭系统与丙酮酸氧化酶基因高表达，揭示该菌通过环境适应性转录重编程实现从共生菌向侵袭性致病菌转化，而非依赖典型毒力毒素。
单核细胞增生李斯特菌的大规模表型和基因组分析揭示其对季铵盐化合物的敏感性存在多样性，但对过氧乙酸无多
本研究针对1671株单核细胞增生李斯特菌评估对季铵盐类消毒剂的敏感性，对414株评估对过氧乙酸的敏感性，结合表型与全基因组关联分析发现，菌株对季铵盐的耐受性与bcrABC、emrE、emrC、qacH这四个基因高度吻合（表型基因型一致性达95%）；全球39196株基因组数据分析显示，28%携带季铵盐耐受基因，bcrABC在美国占主导，qacH在欧洲占主导；所有菌株对过氧乙酸的敏感性无显著差异，未形成明显耐受分化。研究为食品行业消毒剂选择与耐药风险防控提供了大规模数据支撑。
pcnB缺失通过降低ColE1家族质粒拷贝数影响耐药大肠杆菌的抗生素敏感性
本研究发现抗生素处理会使携带耐药基因的ColE1家族质粒拷贝数上升，而缺失pcnB基因可显著降低这类质粒在大肠杆菌中的拷贝数，进而使菌株对氨基糖苷类、β‑内酰胺类、四环素类抗生素的敏感性提升2~16倍。在无抗生素选择压力下，pcnB缺失还会加速ColE1型质粒的丢失。PcnB通过对RNA I进行多聚腺苷酸化标记使其降解，从而调控质粒拷贝数，可作为辅助药物靶点，用于让携带多拷贝耐药质粒的细菌重新对抗生素敏感。
酵母中TIM8缺乏诱导内质网应激并缩短时序寿命
酵母TIM8是人类TIMM8A/DDP1的同源蛋白，主要定位于线粒体膜间隙并参与TIM22转运系统。以往研究仅关注其线粒体蛋白转运功能，本研究首次发现TIM8缺失会引发酵母氧化应激与内质网应激，增强对衣霉素的抗性并提高基础未折叠蛋白反应水平，同时缩短时序寿命但不影响复制寿命；在人ARPE‑19细胞中敲低TIMM8A同样可诱发内质网应激，提示该功能从酵母到高等真核生物具有保守性。
活性与沉默大肠杆菌基因组的基本三维结构
本文通过超高分辨率Micro‑C技术解析大肠杆菌拟核的精细三维结构，揭示由H‑NS与StpA蛋白组织的染色体发夹结构CHINs与结构域CHIDs，这些结构负责沉默水平转移基因；破坏H‑NS/StpA会导致三维结构解体、相关基因转录升高、生长变慢；药物netropsin可模拟该效应；活跃转录基因形成独立的OPCID结构域，实现功能区室化。
高拷贝抑制子筛选可识别促进细胞色素c氧化酶II亚基异位产生的因子
本研究以酿酒酵母为模型，针对细胞核中异位表达的细胞色素c氧化酶II亚基突变体Cox2W56R开展高拷贝抑制子筛选，旨在找到能提升其线粒体导入与功能组装的基因。研究揭示了调控线粒体膜蛋白异位表达的关键因子，为线粒体基因治疗相关技术优化提供新靶点。
重新利用依他洛西通过破坏细菌膜来抑制多重耐药金黄色葡萄球菌
本研究对临床候选药物依他洛西进行老药新用，发现其对多重耐药金黄色葡萄球菌具有强效抗菌活性，MIC≤25μM，呈浓度依赖性杀菌，可抑制生物膜形成并杀伤成熟生物膜内细菌。机制研究表明，依他洛西通过破坏细菌细胞膜完整性、消散膜电位、降低膜流动性发挥作用，且可被磷脂酰甘油与心磷脂拮抗。