磷酸根离子调节两种耐克拉维酸β-内酰胺酶突变体中的酶活性与上位效应
本研究探究结核分枝杆菌BlaC β-内酰胺酶的两种耐克拉维酸双突变体I105Y-S130G与I105G-G132N的上位效应分子机制。结果显示，105位看门残基突变可正向补偿130/132位突变导致的催化活性下降，表现出显著正上位效应；而在克拉维酸抑制上则呈现负上位。上位效应强度高度依赖缓冲体系，磷酸根离子可显著改变酶活性、抑制恢复与上位效应方向。
裂解噬菌体中耐甲氧苄啶dfrA基因的进化选择影响感染期间噬菌体与宿主的适应性
本研究采用宽松阈值搜索与基于结构相似性的机器学习配对比较建模方法，在26697个噬菌体基因组中鉴定出11665个潜在抗生素耐药基因，其中9419个位于裂解噬菌体。功能验证显示，裂解噬菌体富集的dfrA基因可赋予大肠杆菌甲氧苄啶抗性。
抗生素耐药决定因子对细菌死亡率的影响是什么？
本研究探究抗生素耐药决定因子对杀菌性抗生素作用下细菌死亡速率的影响。大肠杆菌在氨苄西林作用下呈现双相死亡：初期快速指数衰减，随后进入缓慢持续衰减阶段。对萘啶酸或利福平单一耐药突变株在初期死亡快于敏感菌，双重耐药突变株则存活更久，显示上位效应。
抗生素耐药性鲍曼不动杆菌可通过噬菌体与补体的组合杀伤
本研究证实噬菌体与补体系统协同杀伤多重耐药鲍曼不动杆菌。鲍曼不动杆菌可通过调控荚膜与脂寡糖表达快速适应并对噬菌体或补体产生抗性，该过程由K基因座中可逆转座子突变介导。无荚膜的噬菌体抗性株更容易被补体膜攻击复合物（C5b-9）沉积并被补体杀伤；而有荚膜表型可通过将膜攻击复合物脱落到环境中逃避补体攻击。
禁食诱导的酮体生成使细菌对抗生素治疗更敏感
本研究发现短期禁食可显著增强抗生素对鼠伤寒沙门氏菌、肺炎克雷伯菌、阴沟肠杆菌等革兰氏阴性菌引发小鼠败血症的治疗效果，加速细菌清除、改善免疫应答并提高宿主存活率。该作用由禁食诱导的酮体生成介导，其中乙酰乙酸（AcAc）是关键效应分子。
手性萨伦基有机盐：合成与潜在抗菌活性
本研究合成了一系列新型手性萨伦基有机盐，包含甲基咪唑、苄基咪唑、吡啶三类阳离子结构，并搭配Cl⁻、BF₄⁻、OTf⁻、NTf₂⁻四种阴离子。对芬特拉氏菌、大肠杆菌、阴沟肠杆菌的抗菌实验显示，[(RR)Sal.5C1.PhIM][Cl]、[(RR)Sal.5C1.PhIM][BF₄]、[(RR)Sal.5C1.Pyr][OTf]抗菌活性最强，MIC最低达500 μg/mL。
进化轨迹决定基于侧支敏感性的抗生素治疗策略在关键细菌病原体中的可行性
本研究针对大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌六种关键致病菌，探究侧支敏感性的临床相关性。结果显示，大肠杆菌中临床常见耐药突变不会产生侧支敏感性，而环丙沙星耐药进化可通过guaA、metG、mnmA、sspA、tusC基因功能缺失突变引发对庆大霉素的侧支敏感性，但这类突变伴随显著适应度代价且在临床菌株中罕见。
含二硫键的抗生素硫柳素的还原活化由杆菌硫醇及FAD依赖性二硫还原酶共同介导
金属离子对生命普遍必需，是代谢关键酶的必要组成。金属酶依赖金属摄取与转运通路完成金属负载。许多微生物产生天然产物作为金属螯合剂，用于自身营养或作为抗菌物质。宿主免疫细胞会通过螯合金属离子限制细菌生长，即营养免疫。细胞通过激活通路应对金属缺乏，优先将金属输送至最关键的酶。
105位甘氨酸导致A类β-内酰胺酶对克拉维酸和阿维巴坦产生耐药性
本研究针对A类β-内酰胺酶Ambler 105位“看门”残基展开饱和突变与深度测序 fitness 分析，覆盖BlaC、CTX-M-14、KPC-2、NmcA、TEM-1五种酶。结果显示，105位突变为甘氨酸（Gly）或精氨酸（Arg）可显著降低对克拉维酸与阿维巴坦的敏感性。BlaC I105R突变可提升羧苄西林活性并逃逸抑制剂作用；CTX-M-14与TEM-1的Y105G突变显著降低对阿维巴坦的敏感度，源于活性位点构象柔性增加。该位点是临床耐药突变热点，可为新型β-内酰胺酶抑制剂设计提供依据。
芬戈莫德作为强效抗金黄色葡萄球菌药物：pH依赖性细胞包膜损伤及生物膜/持久菌的根除
本研究对已获批用于多发性硬化症的药物芬戈莫德进行抗菌老药新用探究，证实其对金黄色葡萄球菌（包括MRSA）、粪肠球菌、无乳链球菌等多种革兰氏阳性菌具有强效杀菌活性，可显著清除持久菌、抑制生物膜形成并根除成熟生物膜。其杀菌机制为pH依赖性破坏细菌细胞膜通透性与细胞包膜完整性，外源性添加心磷脂、磷脂酰乙醇胺可剂量依赖性拮抗其抗菌活性。
噬菌体Kpph1和Kpph9针对高致病性碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的特性鉴定与基因组学研究
本研究分离鉴定两株靶向K2血清型高毒力碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的裂解噬菌体Kpph1与Kpph9，系统分析其形态学、宿主谱、一步生长曲线、稳定性、杀菌与抗生物膜活性，并开展全基因组测序与比较基因组分析。两株噬菌体均具有宽pH（4–11）与温度（≤50℃）耐受性，能高效抑制细菌生长、阻断生物膜形成并降解成熟生物膜。
单点核糖体突变体向多氨基糖苷类抗性进化的特异性
本研究以大肠杆菌rpsL基因编码的核糖体蛋白S12上不同链霉素抗性单点突变体为模型，探究其对阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、妥布霉素四种2-脱氧链霉胺类氨基糖苷类抗生素的后续抗性进化能力。结果显示不同单点突变表现出显著差异的可进化性，多数符合适应性下降规律，即初始抗性水平越高，有效有益突变率越高但效应量越小；部分基因型则完全无法产生次级抗性，成为进化死点。
霍氏肠杆菌通过孔蛋白缺失将毒力替换为碳青霉烯耐药性
本研究以临床流行的霍氏肠杆菌ST78与ST171克隆株为对象，利用小鼠腹膜炎模型与比较基因组学，鉴定出OmpC与OmpD两种孔蛋白是免疫健全宿主中毒力必需因子。这两种孔蛋白可介导碳青霉烯类抗生素进入菌体，其缺失会导致菌株对碳青霉烯类耐药。基因组分析显示临床菌株中孔蛋白基因常发生突变，提示抗生素治疗带来选择压力。
ssDNA噬菌体FLiP以dsDNA形式存在于耐药黄杆菌宿主中
本研究以黄杆菌属及其单链DNA噬菌体FLiP为模型，探究宿主对噬菌体的抗性机制。结果显示，在无噬菌体条件下，耐药菌株与原始菌株生长无显著差异，说明对FLiP的抗性不产生可检测的适应度代价。基因组分析未发现统一的抗性突变或抗噬菌体系统，但在耐药菌株B114r中，FLiP基因组以环状游离双链DNA形式存在，提示可能存在溶源性或假溶源性。
RNA聚合酶突变通过防止氨基酸和核苷酸代谢失调赋予对β内酰胺的抗性
RNA聚合酶（RNAP）突变可导致细菌对多种抗生素产生抗性，但其分子机制尚不明确。本研究以枯草芽孢杆菌为模型，对比两种RNAP突变：rpoC G1122D（β'亚基）增强头孢呋辛抗性，rpoB H482Y（β亚基）增加敏感性。研究发现，β内酰胺抗性通过抑制支链氨基酸、甲硫氨酸与嘧啶合成通路实现，这些通路在药物处理会上调并引发活性氧产生，增强药物敏感性。
解码SCFA-CpxAR-OMP轴作为防范抗菌药物耐药性在肠道-环境界面传递的饮食检查点
本研究发现肠道菌群代谢物短链脂肪酸（SCFAs）可强效抑制抗生素耐药基因（ARGs）的水平转移。高纤维饮食可重塑肠道菌群，使SCFAs产量提升1.6倍，体内ARGs传播率最高降低5.8倍。机制上，SCFAs通过CpxAR双组分系统下调外膜蛋白（OMPs）表达，破坏接合转移相关启动子trfAp与trbBp活性，从而阻断质粒接合转移。该研究揭示了SCFA-CpxAR-OMP调控轴，提出膳食纤维干预可作为阻断“肠道-环境”耐药传播循环的可行策略。
MexR和NalD是铜绿假单胞菌外排泵MexAB-OprM的脓青素响应性转录抑制因子
脓青素（PYO）可通过诱导RND型外排系统表达增强铜绿假单胞菌耐药性，但MexAB-OprM从抑制到上调的初始解阻遏机制尚不明确。本研究发现MexR和NalD可作为PYO受体直接结合PYO，使其从mexA启动子解离，解除对mexAB-oprM的抑制。通过结构模拟与突变实验鉴定了二者结合PYO的关键氨基酸残基。
DLFea4AMPGen：融合深度学习模型特征的抗菌肽从头设计
深度学习在抗菌肽设计中潜力巨大，但现有方法存在筛选成功率低、虚拟序列库规模过大等问题。本文提出DLFea4AMPGen策略，通过深度学习提取抗菌、抗真菌、抗氧化相关关键特征，利用SHAP方法量化氨基酸贡献，提取关键特征片段并分为四个亚家族，构建合理序列空间并从头设计16条候选肽。
基于6-溴吲哚和6-溴吲唑、含3-氨基噻吩-2-羧酸结构的细菌胱硫醚γ-裂解酶抑制剂
本研究设计合成5种新型6-溴吲哚/6-溴吲唑类衍生物（MNS2–MNS6），作为细菌胱硫醚γ-裂解酶（CGL）抑制剂与抗生素增效剂。以6-溴吲哚、6-溴吲唑与噻吩/呋喃杂环为骨架构建化合物，体外评价其对庆大霉素、卡那霉素的抗菌增效作用与H₂S生成抑制效果。
EPS抑制剂处理沙门氏菌影响进化但不筛选出对生物膜抑制产生抗性的菌株
本研究以鼠伤寒沙门氏菌为对象，长期使用2‑氨基咪唑类EPS抑制剂RC41处理生物膜，结果显示细菌未对生物膜抑制作用产生抗性，但会通过突变外排泵调控基因ramR与RNA聚合酶相关基因rpoS/rpoC来适应抑制剂带来的生长延迟副作用，进而提升外排活性并降低生物膜形成能力。