转录组分析揭示大肠杆菌暴露于谷胱甘肽和环丙沙星时多层面应激反应的相互作用
本研究团队此前已报道外源性谷胱甘肽（GSH）可通过中和抗生素诱导的氧化应激并增强抗生素外排，促进大肠杆菌对环丙沙星的耐药性。本研究利用全基因组微阵列技术，系统分析了大肠杆菌在单独暴露于GSH、亚抑菌浓度环丙沙星以及两者联合处理下的转录组变化。
细菌脂钙蛋白捕获抗生素揭示了固有抗生素耐药性的胞外作用机制
当前抗生素作用与耐药性研究多聚焦于细菌胞内的核心功能靶点，而微生物在抗生素接触菌体前将其灭活的胞外耐药机制仍鲜有探索。本研究发现，洋葱伯克霍尔德菌在亚致死浓度抗生素暴露下，会分泌一种可溶性细菌脂钙蛋白（BCNs），该蛋白可在体外和体内提升细菌对多种类别抗生素的耐药性；在洋葱伯克霍尔德菌ΔbcnA突变株中异源表达铜绿假单胞菌、结核分枝杆菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的脂钙蛋白同源基因，均可复现该耐药表型。
细胞色素bd依赖的生物能量学与抗亚硝化防御在沙门氏菌致病中的作用
感染过程中，肠炎沙门氏菌会定植于氧（O₂）和一氧化氮（NO）浓度各异的解剖部位，这两种气体竞争结合醌氧化酶的催化金属基团。肠杆菌科表达两类进化上不同的醌氧化酶，它们对O₂和NO的亲和力以及跨膜转运质子的化学计量比存在显著差异。
铜绿假单胞菌中不同的长期和短期适应机制
囊性纤维化肺部的异质环境驱动铜绿假单胞菌种群分化为黏液型、藻酸盐过表达分离株或小菌落变异体（SCVs）。本研究对一株具有高环二鸟苷酸（c-di-GMP）水平和黏液表型的临床SCV分离株进行了全基因组和转录组分析。在非诱导的丰富培养基条件下传代7天，观察到高c-di-GMP水平和藻酸盐基因表达呈延迟的阶梯式下降。
同源碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌菌株的毒力多态性机制
碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）因高病死率和强传播性已成为全球重大公共卫生问题，其通过获得携带耐药和毒力基因的质粒可进化为碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP），但目前对同时携带耐药和毒力基因的质粒进化机制仍缺乏系统研究。
糖磷酸介导的肽聚糖前体合成抑制
抗生素耐受性是致病菌在常规杀菌抗生素作用下长期存活并向耐药性发展的关键中间阶段，革兰氏阴性致病菌霍乱弧菌对β-内酰胺类抗生素具有高度耐受性。本团队前期研究发现，敲除糖酵解关键酶编码基因pgi（葡萄糖-6-磷酸异构酶）会导致霍乱弧菌细胞壁损伤并显著增加其对β-内酰胺类抗生素的敏感性，本研究进一步揭示了该损伤的分子机制。
全基因组分析揭示伤寒沙门氏菌在人源化小鼠中的关键毒力特征
伤寒沙门氏菌是仅感染人类的致病菌，可引发伤寒发热，传统鼠伤寒沙门氏菌小鼠模型对伤寒研究的参考价值有限。本研究利用转座子插入位点测序（TraDIS）技术，在植入人造血干细胞的hu-SRC-SCID人源化小鼠中，对高密度伤寒沙门氏菌转座子文库进行全基因组筛选，系统鉴定体内感染必需的毒力基因。
金黄色葡萄球菌在亚抑制浓度抗生素下的持久性与突变率之间的权衡
抗生素治疗的合理设计通常要求药物浓度超过抑制靶细菌复制的最低阈值，但在治疗患者体内，空间和生理异质性会形成抗生素浓度梯度，导致特定部位的药物浓度低于最低抑菌浓度（MIC）。本研究以临床重要致病菌金黄色葡萄球菌为对象，通过体外实验结合数学与计算机模拟模型，探究亚抑制浓度抗生素对细菌感染和抗生素治疗成功至关重要的三个核心参数的影响。
基因组规模网络通过特定分子通路将神经退行性疾病基因与α-突触核蛋白关联
众多基因和分子通路与神经退行性蛋白病相关，但它们之间的相互关系仍不明确。本研究系统绘制了帕金森病核心蛋白α-突触核蛋白（α-syn）毒性的分子通路。通过酵母全基因组筛选，鉴定出332个影响α-syn毒性的基因。为将酵母分子网络“人源化”，开发了TransposeNet计算方法，整合序列相似性、结构比对和网络拓扑信息进行同源映射，并结合奖励收集斯坦纳森林算法构建整合网络。
霍乱弧菌BolA样蛋白对维持正常细胞形态和细胞被膜完整性至关重要
BolA家族蛋白在革兰氏阴性菌和多种真核生物中高度保守，已被发现与多种细胞表型相关，但其介导生物学效应的分子通路仍不明确。本研究系统探究了霍乱弧菌（霍乱病原体）中两个BolA家族蛋白（BolA和IbaG）的生理功能。
丁香酚靶向CrtM抑制金黄色葡萄球菌金黄色素的生物合成
金黄色葡萄球菌是严重威胁食品安全与公共健康的食源性致病菌，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的出现大幅提升了该菌感染的治疗难度。金黄色素是金黄色葡萄球菌的关键毒力因子，阻断其合成可助力宿主免疫系统清除入侵的金黄色葡萄球菌。
比较基因组分析揭示短杆菌属的潜在致病性和慢生长特性及皮山短杆菌新种的描述
短杆菌属是广泛分布于自然环境的革兰氏阴性菌，可引起人类医院获得性感染，但其基因组特征和致病性机制研究仍十分匮乏。本研究对24株短杆菌属模式菌株进行了系统的全基因组比较分析，发现该属细菌具有相对较小的基因组（平均3.13±0.29 Mb）但极高的GC含量（平均67.01±2.19 mol%），二维层次聚类将其划分为5个主要进化分支。
与环境定植相关的医院内克隆传播中分离的产 OXA-232 碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的流行病学特征
本研究在某医院ICU开展产OXA-232碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（OXA-232-CRKP）定植与感染监测，2019年8-12月共采集8656份样本，分离出106株OXA-232-CRKP，总阳性率1.22%，患者定植阳性率3.59%，环境阳性率0.66%。15例定植患者中6例发生相关感染，3例死亡。
金黄色葡萄球菌的进化历史影响抗生素耐药性进化
本研究探究万古霉素中介耐药金黄色葡萄球菌（VISA）在无抗生素压力下的耐药稳定性与进化规律。结果显示，VISA菌株在无万古霉素条件下会通过获得第二位点补偿突变恢复为敏感菌株（VSSA），但原始耐药突变得以保留。回复株再次接触万古霉素时，能更快重新进化出耐药性并达到更高耐药水平。
制霉菌素作用下酵母的进化拯救极限取决于倍性
本研究以酿酒酵母为模型，探究倍性对极端环境下进化拯救的影响。在高浓度制霉菌素胁迫下，单倍体酵母可通过麦角固醇合成通路的隐性突变快速产生抗性并实现进化拯救，而二倍体酵母在相同条件下无法进化出稳定抗性。即便扩大种群规模，二倍体仍未出现可遗传的抗性进化。
营养可利用性与噬菌体暴露改变铜绿假单胞菌群体感应及CRISPR-Cas调控的种群动态
本研究以铜绿假单胞菌为对象，探究营养条件与噬菌体暴露如何影响群体感应（QS）缺陷突变株（ΔlasRrhlR）与CRISPR-Cas缺陷突变株（ΔCRISPR）的抗性、相对适合度及种群动态。结果显示，营养限制条件下QS信号盲突变株具有适合度优势；QS诱导条件下，QS突变株比CRISPR-Cas突变株更不易被噬菌体选择；两种突变株混合可降低噬菌体感染力，提升种群存活率。营养与噬菌体共同重塑QS与CRISPR-Cas突变株的竞争格局，影响菌株间合作与冲突关系。
胰腺肿瘤细菌的存活机制及其代谢化疗药物的能力
本研究从胰腺癌前驱病变IPMN（导管内乳头状黏液瘤）中分离细菌菌株，探究其在肿瘤微环境中的存活机制及对5-氟尿嘧啶（5-FU）和吉西他滨两种化疗药物的代谢作用。结果显示，多数菌株可降低化疗药物对胰腺癌细胞的杀伤效果；全基因组测序表明，γ-变形菌富集抗生素耐药、药物转运与毒力相关基因，且嘧啶代谢通路显著上调，芽孢杆菌则富集嘌呤代谢通路。研究证实肿瘤相关细菌可通过适应肿瘤微环境代谢化疗药物，进而影响治疗效果。
西那卡塞对多重耐药革兰氏阳性病原菌具有快速杀菌与高效抗生物膜活性
本研究发现已上市药物西那卡塞对多重耐药革兰氏阳性菌具有良好抑菌活性，MIC范围3.13–25 μg/mL。该药物对金黄色葡萄球菌、粪肠球菌的浮游菌与持留菌具有快速强效杀菌作用，优于万古霉素、氨苄西林等临床抗生素，同时可显著抑制并清除耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、利奈唑胺耐药粪肠球菌的成熟生物膜。
解析SMU.1147在变形链球菌肽介导信号传导与感受态中的作用
本研究以变形链球菌为对象，通过转录组分析探究核心基因SMU.1147的功能。缺失该基因会导致碳水化合物摄取与代谢相关基因上调，增强糖转运能力，但生长速率、ATP产量无显著变化，有机酸产量略有下降；同时，突变株细胞活力显著降低，CSP依赖的信号转导、应激防御相关基因（comX、comR、htrA、ciaRH等）及应激相关基因（spxA2、clpP、clpX）显著下调。
粪肠球菌中CroS/R双组分系统上调SEDS糖基转移酶以增强细胞壁应激时的肽聚糖合成
本研究针对粪肠球菌中除FtsW、RodA外的两种额外SEDS蛋白（FtsW2、RodA2）开展功能解析。证实二者均具有糖基转移酶活性，分别与PbpB、PbpA特异性结合；在FtsW缺失引发细胞壁应激时，CroS/R双组分系统上调ftsW2与rodA2表达，增强肽聚糖合成并提升头孢菌素耐药性；FtsW2可替代FtsW功能，RodA2可替代RodA功能，但二者不可互换。结果揭示额外SEDS蛋白是粪肠球菌应对细胞壁损伤、维持耐药性的重要补偿机制。