类NLP深度学习帮助识别和验证多种细菌中的硫代硫酸盐耐受簇
植物病原细菌中的大蒜素耐受（alt）簇能赋予细菌对大蒜素等硫代硫酸盐的抗性，但由于其结构多样、序列差异大且存在"水平转移却属内垂直维持"的进化悖论，传统方法难以有效识别。本研究采用类似自然语言处理（NLP）的深度学习技术，将基因簇视为"生物语言"，基于3个已验证的alt簇训练DeepBGC模型，对NCBI RefSeq数据库中238,362个细菌基因组进行大规模挖掘。
即食肉制品中不同序列型单核细胞增生李斯特菌的污染状况分析及定量风险评估
单核细胞增生李斯特菌是一种对特定人群构成重大风险的重要食源性致病菌。本研究调查了上海地区即食熟肉制品中该菌的污染状况和序列型（ST）分布特征，并基于不同ST菌株的生长参数和剂量-反应参数，对主要流行ST型开展了定量风险评估。研究共采集675份即食熟肉制品样品，检出33份阳性，其中ST8、ST5、ST87、ST9和ST121检测率较高，涵盖了低、中、高三种毒力水平的菌株。
基于转录组和蛋白质组分析的婴儿配方奶粉加工环境中分离的大肠杆菌的耐酸性机制及毒力因子变化
大肠杆菌是婴儿配方奶粉（PIF）加工环境中需重点监测的致病菌，其耐酸性可能削弱清洁消毒效果，导致污染率升高。本研究从中国黑龙江省8家PIF工厂的1130份样品中分离得到56株大肠杆菌，经多位点序列分型（MLST）分为19个序列型（ST）。筛选出耐酸性最强的EC56菌株（ST442）进行转录组和蛋白质组联合分析，结果表明该菌株主要通过谷氨酸依赖型（Gad）和鸟氨酸依赖型（Orn）酸耐受系统增强耐酸性；
胆汁盐和钠盐复合盐胁迫下单核细胞增生李斯特菌的表型异质性和致病性
单核细胞增生李斯特菌是一种广泛存在于环境和食品中的食源性致病菌，可引起人畜共患病。既往研究已探索了其在多种环境胁迫下的生长特性，但对胆汁盐与钠盐复合作用下的行为了解甚少。本研究旨在探究不同盐度条件（脑心浸液BHI、含0.90% NaCl的BHI、含0.50% NaCl+0.04%胆汁盐的BHI、含0.90% NaCl+0.04%胆汁盐的BHI）对李斯特菌生长、运动性、生物膜形成及毒力的影响，并人工模拟了猪肉样品中的李斯特菌污染场景。
单核细胞增生李斯特菌对消毒剂的暴露驱动适应产生因菌株而异的耐药性表型
食品加工环境中单核细胞增生李斯特菌的耐药性问题日益突出，尤其是消毒剂使用不当时更为严重。本研究测定了20株李斯特菌对苯扎氯铵（BKC）、过氧乙酸（PAA）和次氯酸钠（HS）三种常用消毒剂的最低抑菌浓度（MIC）和最低杀菌浓度（MBC），并通过逐步递增亚抑菌浓度暴露的方式，评估了消毒剂暴露对菌株耐药性谱的影响。
肠道菌群代谢产物吲哚-3-丁酸和琥珀酸二钠促进携带IncI2 mcr-1的质粒转移
质粒介导的耐药基因水平转移是全球抗生素耐药性传播的主要驱动因素，肠道微生物组作为耐药基因的重要储存库，其代谢产物对细菌生理状态的影响深远，但在耐药质粒转移中的作用尚不明确。本研究构建了双荧光接合转移模型，系统评估了172种肠道菌群代谢产物对携带mcr-1基因的IncI2质粒在大肠杆菌间转移的影响，发现低浓度的吲哚-3-丁酸（IBA）和琥珀酸二钠（DS）能显著促进质粒转移。
吡咯西啶A和B表现出对串珠镰刀菌生长的协同抑制作用
串珠镰刀菌（Fusarium verticillioides）是一种全球性的产毒真菌，主要污染玉米并产生伏马毒素，对人类和畜禽健康构成严重威胁。玉米内生真菌玉米帚枝霉（Sarocladium zeae）产生的次生代谢产物吡咯西啶A和B能够抑制串珠镰刀菌的生长并特异性阻断伏马毒素的生物合成。前期转录组分析发现，伏马毒素生物合成基因簇旁的FvZBD1基因在吡咯西啶处理后上调超过4000倍，敲除该基因会导致伏马毒素产量增加30倍以上。
迷迭香酸对副溶血弧菌的体外抗生物膜活性及其在食品系统中的疗效
副溶血弧菌是与海鲜传播疾病密切相关的重要食源性致病菌，其强大的生物膜形成能力使其能耐受常规消毒剂，增加了在食物链中的持续污染风险。目前广泛使用的化学消毒剂存在潜在健康隐患，且不当使用可能加剧细菌耐药性的产生，因此亟需开发高效、安全的天然抗生物膜替代剂。
暴露于亚抑制浓度的杀菌剂对单核细胞增生李斯特菌和肠道沙门氏菌固着细胞抗生素敏感性的影响
本研究探讨了食品工业常用五种消毒剂——过氧乙酸（PAA）、苯扎氯铵（BZK）、次氯酸钠（SHY）、聚维酮碘（PVI）和双(3-氨丙基)胺（BAPA）的亚抑菌浓度（MIC/2）对单核细胞增生李斯特菌和肠道沙门氏菌固着细胞抗生素耐药性的影响。实验采用2株李斯特菌（LM30、LM28）和2株沙门氏菌（鼠伤寒沙门氏菌ST、肠炎沙门氏菌SE），分别构建单种生物膜（MSB）和混合生物膜（MB，LM30+ST、LM28+SE）。
暴露于低剂量杀菌剂会增加李斯特菌菌株对其他杀菌剂和抗生素的耐药性
本研究测定了三种食品工业和医疗系统常用消毒剂——次氯酸钠（SHY）、过氧乙酸（PAA）和苯扎氯铵（BZK）的亚抑菌浓度对5株单核细胞增生李斯特菌（*Listeria monocytogenes*）的杀菌剂耐药性和抗生素耐药性的影响。
Temporin L肽对蜡样芽孢杆菌的抗菌机制
蜡样芽孢杆菌（*Bacillus cereus*）是引起呕吐和腹泻综合征的常见食源性病原体，其广泛的温度和pH生长范围、对消毒剂和加热的耐受性给食品安全带来了严峻挑战。本研究系统探究了抗菌肽Temporin L对蜡样芽孢杆菌的抗菌活性及作用机制，测定其最低抑菌浓度（MIC）和最低杀菌浓度（MBC）分别为8 μM和16 μM。
sRNA通过群体感应和趋化系统调控单核细胞增生李斯特菌生物膜形成
单核细胞增生李斯特菌（*Listeria monocytogenes*）是备受关注的食源性病原体，其生物膜形成对食品安全具有重大影响。小RNA（sRNAs）在该菌的生物膜形成过程中发挥关键调控作用。本研究鉴定出3个与生物膜形成潜在相关的sRNA：ssrS、sRNA003和sRNA006，其中sRNA003和sRNA006为首次发现。研究系统探究了这3个sRNA对单核细胞增生李斯特菌生物膜形成的影响及其调控机制，发现敲除这些sRNA会导致生物膜形成量减少40%，且影响生物膜形成的全过程。
MoxR作为ATP酶对鸭疫里默氏菌抗应激和致病性的影响
鸭传染性浆膜炎是由鸭疫里默氏菌（*Riemerella anatipestifer*）引起的败血症，可感染鸭、鹅、火鸡等多种家禽，在全球范围内造成严重的经济损失，但其感染和发病机制尚未完全阐明。作者前期研究发现双组分系统PhoPR与该菌致病性密切相关，通过多组学分析进一步证实PhoP可直接调控拟杆菌耐氧（Bat）操纵子中*moxR*基因的表达，而MoxR蛋白在鸭疫里默氏菌中的生物学功能此前未见报道。
转录组测序揭示肠炎沙门氏菌在抗菌蛋清中的存活机制
肠炎沙门氏菌是导致鸡蛋相关食源性疾病的主要致病菌，其在抗菌蛋清中的存活机制尚未完全阐明。本研究建立了80%蛋清（37℃储存4-5天）的抗菌模型，发现接种量低于10^7 CFU/ml时才能观察到肠炎沙门氏菌的存活优势。通过透射电镜观察，首次直接证实细菌在蛋清中会发生细胞壁与内膜分离、细胞质皱缩等渗透胁迫损伤。
鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌在缺铁培养基和肉类中的生长：儿茶酚盐和异羟肟酸盐铁载体转运蛋白的作用
肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌是全球范围内导致人类沙门氏菌病的最主要血清型。本研究系统探究了儿茶酚盐-铁转运蛋白（FepA、IroN）和异羟肟酸盐-铁转运蛋白（FhuACDB）在这两种沙门氏菌缺铁环境适应及肉类存活中的单独与协同作用。
β-内酰胺类抗生素耐药基因表达对大肠杆菌O157:H7辐射抗性特征的影响
部分病原体在应对特定胁迫处理时会产生有利的全局适应性，进而导致毒力增强和/或对其他胁迫的抗性提升。本研究围绕β-内酰胺耐药性，以及参与该耐药过程的ampC、ampG基因展开，评估其在大肠杆菌O157:H7辐射抗性中的潜在作用。研究构建了分别适配25、15、7 mg/mL卡那霉素或羧苄西林的大肠杆菌菌株，对其进行0.4 kGy致敏剂量或1.5 kGy致死剂量的辐照处理。
CpxR调控的yoaE基因在肠炎沙门氏菌于抗菌蛋清中存活的作用
肠炎沙门氏菌在抗菌蛋清中的存活能力是导致鸡蛋及蛋制品相关沙门氏菌爆发的重要原因。本研究探究了编码内膜蛋白的yoaE基因在肠炎沙门氏菌蛋清存活中的作用及其转录调控机制。定量RT-PCR结果显示，与M9FeS培养基相比，细菌在蛋清中暴露4h后yoaE基因表达上调35倍；敲除yoaE后，突变体在37℃和20℃下的蛋清存活率降至野生型和互补株的1%以下，表明yoaE是细菌在蛋清中存活的必需基因。
噬菌体混合物作为即食植物性食品中腐生菌潜在生物防控剂的效果研究
本研究旨在评估噬菌体混合物在冷藏条件下改善五种即食叶菜沙拉微生物质量的效果。测试样品包括芝麻菜、胡萝卜混合沙拉、甜菜根混合沙拉、清洗与未清洗菠菜。肠杆菌目细菌是受试产品中主要菌群之一。
利用乳酸菌干扰食源性致病菌群体感应实现生物膜可持续控制
本研究探究食品源乳酸菌无细胞上清液（CFS）干扰AI-2型群体感应（QS）并抑制单核细胞增生李斯特菌、金黄色葡萄球菌生物膜形成的能力。对89株乳酸菌CFS进行哈维弧菌发光筛选，61.8%具有AI-2类似信号，28.1%显著抑制AI-2群体感应；20株活性CFS在亚抑菌浓度下进行生物膜试验，多数可降低单核细胞增生李斯特菌生物膜量，1株可使金黄色葡萄球菌生物膜减少45.4%，且大多不影响浮游生长。结果表明乳酸菌代谢物可靶向干扰生物膜特异性通路，不易诱发耐药性，是替代化学杀菌剂的可持续食源性生物膜控制手段。
基于比浊法测定临床与食品源单核细胞增生李斯特菌菌株在pH和水分活度关键参数上的株间差异性
本研究采用比浊法测定26株临床与食品源单核细胞增生李斯特菌在不同pH与水分活度（Aw）下的生长速率，拟合关键参数模型评估株间差异性。结果显示菌株间在最低生长pH（pHmin）与最低水分活度（Awmin）上存在高度差异，且二者无相关性；按来源分组（临床、鱼肉、肉制品）发现，肉制品来源菌株平均pHmin最低（4.57），耐酸适应性更强。研究揭示了菌株差异对预测微生物模型的影响，为即食食品风险评估提供基础数据。