果糖激活了变形链球菌中甲基乙二醛和过氧化氢共有的应激反应
本研究针对变形链球菌果糖代谢与致龋性的关联机制展开，通过比较转录组分析发现，50 mM果糖处理30分钟可诱导变形链球菌产生与5 mM甲基乙二醛、0.5 mM过氧化氢高度重叠的转录应答，三者共享61个核心应激基因，涵盖氧化还原平衡、金属稳态、DNA修复和蛋白质加工等通路。
副干酪乳杆菌JY091与蜂王浆复合物对免疫调节作用及肠道菌群的影响
本研究针对益生菌与生物活性物质复合物的免疫增强潜力研究不足的问题，以从西藏传统发酵乳制品中分离的副干酪乳杆菌JY091和蜂王浆为研究对象，通过体外生长黏附实验、Caco-2细胞炎症模型、环磷酰胺（CTX）诱导的免疫低下小鼠模型及肠道菌群分析，系统评估了二者复合物（LR）的免疫调节作用。
从橙汁中分离出的潜在益生菌株Fructobacillus tropaeoli KKP 3032的特性
本研究聚焦于果糖乳酸菌（FLAB）中研究较少的Fructobacillus tropaeoli物种，以从橙汁中分离的菌株KKP 3032为对象，系统评估其生物学特性和体外益生菌潜力。通过16S rRNA测序和MALDI-TOF MS完成菌株鉴定，利用芬兰Bioscreen C Pro全自动生长曲线分析仪验证其果糖嗜性和高渗透压耐受性，同时检测其对胃肠道环境的适应性（低pH、胆盐）、表面特性（自聚集、疏水性）、抗菌活性及抗生素敏感性。
植物乳杆菌介导的蓝金银花汁生物转化通过富集酚类物质抑制黄嘌呤氧化酶并重塑挥发性代谢组
本研究针对蓝金银花（Lonicera caerulea L.）易腐烂、风味酸涩且天然黄嘌呤氧化酶（XO）抑制活性有待提升的问题，系统评估了8株植物乳杆菌发酵对蓝金银花汁功能性和感官品质的影响。本研究证实植物乳杆菌发酵是提升蓝金银花汁降尿酸潜力和感官特性的有效策略，为开发功能性发酵果汁提供了理论依据和实践指导。
从部分乌干达奶酪品种分离出的乳酸细菌和酵母的抗菌活性、抗生素敏感性及生长动力学
本研究针对乌干达传统奶酪缺乏标准化发酵剂、微生物群落复杂且存在安全隐患的问题，系统评估了从当地成熟奶酪中分离的乳酸菌（LAB）和酵母的抗菌活性、抗生素敏感性及pH依赖生长动力学，以筛选兼具技术适用性和安全性的潜在发酵剂菌株。
重新审视葡萄糖酸氯己定与西曲溴铵（三三胺）联合使用作为抗菌剂和消毒剂的体外协同抗菌及抗生物膜潜力
葡萄糖酸氯己定（CHG）和西曲溴铵（CTR）是广泛使用的防腐剂和消毒剂，但其联合协同作用的系统评估仍较为缺乏。本研究以环境分离株铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌为模型，通过分数抑菌浓度指数（FICI）测定两者的协同抗菌活性，采用结晶紫染色法、刃天青实验结合明场及共聚焦激光扫描显微镜（CLSM）评估其对生物膜形成和预形成生物膜的作用。
在天然深共晶溶剂中掺入橄榄叶提取物的海藻酸盐/银纳米颗粒纳米复合水凝胶的制备
本研究开发了一种创新的绿色合成路线，制备具有抗菌活性的海藻酸盐-银纳米颗粒（Alg-AgNP）纳米复合水凝胶。采用由葡萄糖、乳酸和水组成的任务特异性天然深共晶溶剂（NADES）作为绿色溶剂提取橄榄叶中的生物活性成分，所得NADES-橄榄叶提取物（NADES-OLE）同时发挥三重作用：作为海藻酸盐水凝胶的交联剂、水凝胶形成过程中原位合成银纳米颗粒（AgNPs）的还原剂，以及因富含橄榄叶活性成分而成为生物活性增强剂。
由于抗氧化酶YqhD介导的外排泵活性降低，沙门氏菌对胆汁应激的耐受性受损
胆汁盐通过破坏细菌膜结构和产生活性氧（ROS）发挥抗菌作用，沙门氏菌可通过调节代谢活动抵抗胆汁损伤。本研究探究了醛还原酶YqhD在鼠伤寒沙门氏菌和伤寒沙门氏菌胆汁敏感性中的作用。结果显示，yqhD基因缺失突变体在添加胆汁的LB培养基、HepG2肝细胞系及经8%胆酸钠处理的C57BL/6小鼠盲肠中存活率显著升高；高脂饮食（HFD）诱导胆汁分泌增加后，yqhD突变体在小鼠肝脏和脾脏的器官负担显著上升。
用于控制细菌感染的沙门氏菌噬菌体的分离与表征
多重耐药肠炎沙门氏菌的流行对公共卫生、兽医和食品安全构成严重威胁，噬菌体因其宿主特异性、不破坏共生菌群的特性成为抗生素的理想替代品。本研究从中国不同地理区域的多样环境样本中分离得到12株沙门氏菌特异性噬菌体，筛选出4株具有广谱宿主范围的烈性噬菌体（DN01、DN03、DN19、DN28）进行系统表征。
一种新型牛源肽F1通过ClpP、ClpX和YihG对抗耐粘菌素大肠杆菌的抗菌机制
质粒介导的移动粘菌素耐药（mcr）基因的出现对公共卫生和畜牧业构成重大威胁。前期研究发现抗菌肽（AMP）F1具有广谱抗菌活性，包括对携带mcr-1的大肠杆菌SHP45株，但关键作用基因仍需进一步探究。本研究结合前期蛋白质组学结果与CRISPR/Cas9编辑技术，构建clpP、clpX和yihG过表达菌株，通过抗菌活性测定、凝胶阻滞实验、共聚焦激光扫描显微镜（CLSM）、扫描电子显微镜（SEM）、透射电子显微镜（TEM）及细胞膜和细胞壁通透性实验，阐明AMP F1的作用机制。
通过草本和香料提取物降低牛炖汤中蜡状芽胞杆菌孢子的存活能力、耐热性和生物膜形成与持久性
本研究探究了16种植物（8种草本、8种香料）的乙醇提取物对牛炖汤中两种产毒型蜡状芽胞杆菌（腹泻型CH3株、呕吐型JCM 17690株）孢子的存活能力、耐热性、生物膜形成及持久性的抑制作用。基于体外和原位最低抑菌浓度（MIC）筛选出效果最优的提取物：草本类为迷迭香和鼠尾草（MIC均为0.3125 mg/mL），香料类为肉豆蔻衣和姜黄（MIC均为0.625 mg/mL），且所有粉末状提取物的MIC均等于或低于干燥状提取物。
探索旱生植物希腊角豆（Ceratonia siliqua L.）冷水提取物和水-乙醇提取物的功能潜力
本研究系统探究了旱生植物希腊角豆不同部位（青荚、熟荚、叶片）采用食品级溶剂（纯水和90:10 v/v水-乙醇混合物）冷浸制备的提取物的抗菌、抗氧化及体外抗糖尿病潜力。通过自动比浊法评估提取物对大肠杆菌ATCC25922和金黄色葡萄球菌ATCC6538的抑菌活性，采用分光光度法测定总酚含量、铁还原抗氧化能力（FRAP）和ABTS自由基清除能力，利用液相色谱-四极杆飞行时间质谱（LC-QToF-MS）分析酚类组成，并通过α-淀粉酶抑制实验评价体外抗糖尿病活性。
释放强效抗菌协同效应：鼠尾草酸和咖啡酸对抗多重耐药性MRSA
协同抗菌效应是克服食品中耐药微生物污染挑战的有前景途径。本研究发现，鼠尾草酸（CR）与咖啡酸（CF）的组合对广谱多重耐药耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的协同抗菌效果强于甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌ATCC29213。该联合处理可使MRSA生物膜形成减少60.7%–80%，破坏MRSA 009的生物膜结构使其变得松散，同时抑制37.9%–68.9%的生物膜细胞代谢活性，胞外多糖和胞外蛋白的合成分别被抑制73.3%和42.7%。
转录调控因子AHA_4052调控水气单胞菌中的氨基糖苷类耐药性
本研究针对水产养殖中水气单胞菌多重耐药性日益严峻的问题，聚焦OmpR/PhoB家族DNA结合型响应调节因子AHA_4052的功能。通过同源重组构建AHA_4052基因敲除菌株，发现其对高温、高渗透压胁迫及氨基糖苷类抗生素的敏感性显著升高。采用无标记定量蛋白质组学技术，在敲除株中鉴定到131个差异表达蛋白，主要富集于核糖体、丁酸代谢和甘油磷脂代谢通路，其中核糖体相关蛋白占比达17.56%。
乳制品中嗜温性和耐冷性蜡样芽孢杆菌的广泛生长及生长边界模型开发（第一部分）
目前缺乏防止蜡样芽孢杆菌在食品中发生不可接受生长的产品特性组合指南，因此预测模型对于评估其生长响应具有重要价值。本研究使用乳制品来源的蜡样芽孢杆菌分离株生成了全面数据集，分别为嗜温性和耐冷性蜡样芽孢杆菌开发了两个基数参数生长和生长边界模型，每个模型均纳入了温度、pH、NaCl/水分活度、5种有机酸（乙酸、苯甲酸、柠檬酸、乳酸、山梨酸）、3种磷酸盐（正磷酸盐、焦磷酸盐、三聚磷酸盐）共11种环境因素的抑制作用及其相互影响。
李斯特菌中inlA及早逝终止密码子的遗传多态性及其功能研究
单核细胞增生李斯特菌是一种全球范围内重要的食源性致病菌，其毒力因子inlA通过结合宿主E-钙粘蛋白受体介导细菌入侵肠上皮细胞。inlA基因中自然发生的早逝终止密码子（PMSC）突变会产生截短蛋白，通常与毒力减弱相关，但不同菌株的inlA变异类型及其功能影响存在显著差异。
类NLP深度学习帮助识别和验证多种细菌中的硫代硫酸盐耐受簇
植物病原细菌中的大蒜素耐受（alt）簇能赋予细菌对大蒜素等硫代硫酸盐的抗性，但由于其结构多样、序列差异大且存在"水平转移却属内垂直维持"的进化悖论，传统方法难以有效识别。本研究采用类似自然语言处理（NLP）的深度学习技术，将基因簇视为"生物语言"，基于3个已验证的alt簇训练DeepBGC模型，对NCBI RefSeq数据库中238,362个细菌基因组进行大规模挖掘。
即食肉制品中不同序列型单核细胞增生李斯特菌的污染状况分析及定量风险评估
单核细胞增生李斯特菌是一种对特定人群构成重大风险的重要食源性致病菌。本研究调查了上海地区即食熟肉制品中该菌的污染状况和序列型（ST）分布特征，并基于不同ST菌株的生长参数和剂量-反应参数，对主要流行ST型开展了定量风险评估。研究共采集675份即食熟肉制品样品，检出33份阳性，其中ST8、ST5、ST87、ST9和ST121检测率较高，涵盖了低、中、高三种毒力水平的菌株。
基于转录组和蛋白质组分析的婴儿配方奶粉加工环境中分离的大肠杆菌的耐酸性机制及毒力因子变化
大肠杆菌是婴儿配方奶粉（PIF）加工环境中需重点监测的致病菌，其耐酸性可能削弱清洁消毒效果，导致污染率升高。本研究从中国黑龙江省8家PIF工厂的1130份样品中分离得到56株大肠杆菌，经多位点序列分型（MLST）分为19个序列型（ST）。筛选出耐酸性最强的EC56菌株（ST442）进行转录组和蛋白质组联合分析，结果表明该菌株主要通过谷氨酸依赖型（Gad）和鸟氨酸依赖型（Orn）酸耐受系统增强耐酸性；
胆汁盐和钠盐复合盐胁迫下单核细胞增生李斯特菌的表型异质性和致病性
单核细胞增生李斯特菌是一种广泛存在于环境和食品中的食源性致病菌，可引起人畜共患病。既往研究已探索了其在多种环境胁迫下的生长特性，但对胆汁盐与钠盐复合作用下的行为了解甚少。本研究旨在探究不同盐度条件（脑心浸液BHI、含0.90% NaCl的BHI、含0.50% NaCl+0.04%胆汁盐的BHI、含0.90% NaCl+0.04%胆汁盐的BHI）对李斯特菌生长、运动性、生物膜形成及毒力的影响，并人工模拟了猪肉样品中的李斯特菌污染场景。