fMGyn-Pae01的分离与特性分析，一种感染铜绿假单胞菌的phiKZ样巨型噬菌体
本研究从商用噬菌体鸡尾酒中分离出一株感染铜绿假单胞菌的phiKZ样巨型噬菌体fMGyn-Pae01。该噬菌体为裂解性，基因组大小277.8 kb，不含溶原、毒力或耐药相关基因，符合噬菌体治疗安全要求。宿主谱检测显示其对铜绿假单胞菌具有广谱侵染性，且不依赖O血清型。
dnaE2的表达促进分枝杆菌生物膜中的遗传多样性
本研究以耻垢分枝杆菌为模型，探究生物膜环境中细菌遗传异质性的分子基础。生物膜内氧化还原失衡导致活性氧水平升高，激活由dnaE2、imuA’、imuB组成的易错复制突变体复合物。全基因组测序显示，与浮游状态相比，生物膜内等位基因变异数适度增加；敲除dnaE2会降低突变频率、降低生物膜内细菌适应性并减少基因组变异。
变异链球菌MreCD蛋白的功能特征分析
本研究系统解析变异链球菌中mreC和mreD基因的功能。缺失mreCD导致细菌形态更接近球形、自溶速率加快。MreCD可与多个细胞延伸相关蛋白相互作用，其缺失会改变细菌表面蛋白质组、蔗糖依赖性生物膜结构，并下调细菌素相关基因表达，降低菌株对共生链球菌的竞争能力。结果表明MreCD对变异链球菌正常生理、细胞形态维持、生物膜形成及微生物互作至关重要。
CpxR反应调控因子通过调控毒力相关基因表达介导肺炎克雷伯菌的毒力
本研究探究双组分系统反应调控因子CpxR对肺炎克雷伯菌毒力的调控作用。敲除cpxR基因后，菌株血清抗性降低，在大蜡螟幼虫与小鼠感染模型中毒力显著减弱。通过转录组测序、qPCR、基因敲除、血清抗性实验与动物感染实验筛选到CpxR直接调控的新型毒力基因KPHS_28080。该基因编码短链脱氢酶家族蛋白，其缺失会导致碳青霉烯耐药菌株HS11286与高毒力菌株ATCC43816血清存活率下降，并显著降低小鼠体内定殖与播散能力。
利用高通量筛选方法合成与评估从海洋宏基因组提取的水生抗菌肽
本研究针对水产养殖中细菌性疾病频发与抗生素耐药问题，采用机器学习模型从凡纳滨对虾养殖池塘宏基因组中预测抗菌肽，传统土塘每兆碱基抗菌肽含量高于生物絮塘与高位池。共预测1033条潜在抗菌肽，经结构与理化性质筛选得到10条候选肽，通过无细胞蛋白表达系统高通量筛选出9条具有抗菌活性的肽，最终化学合成3条（K-5、K-58、K-61）。
抗菌物质丹皮酚调控嗜水气单胞菌外排泵与膜通透性：蛋白质组学见解及在草鱼肉保鲜中的应用
丹皮酚是具有抗菌潜力的天然植物化合物，本研究发现其对嗜水气单胞菌的半抑制浓度IC50为256.8 μg/mL，可抑制12株细菌生长。丹皮酚通过降低细菌运动性、抑制生物膜形成、增强细胞膜通透性、降低外排泵活性发挥抗菌作用。蛋白质组学显示，丹皮酚处理后外排泵相关蛋白上调、ABC转运蛋白下调，与外排泵抑制剂CCCP联用可增强抗菌效果。
鱼型爱德华氏菌中ArgR依赖的细菌对宿主脂滴的抗性
脂滴作为天然免疫枢纽参与宿主抗菌防御，胞内病原菌需抵抗宿主脂滴才能完成定植与免疫逃逸。本研究以鱼型爱德华氏菌为对象，利用转座子插入测序筛选其抵抗大菱鲆宿主脂滴的关键基因，发现脂滴胁迫会导致细菌胞内精氨酸积累，精氨酸代谢核心调控因子ArgR通过调控精氨酸分解代谢、合成与转运相关基因表达维持胞内精氨酸稳态，帮助细菌抵抗脂滴杀伤。
共生菌与噬菌体捕食在抑制致病性副溶血性弧菌定植中的协同作用
定植抵抗是微生物组抑制病原菌入侵的核心机制，但其生态与分子决定因素尚未完全明确。本研究构建明确的微生物菌群，利用凡纳滨对虾体内感染模型，探究共生微生物与病原菌特异性噬菌体在抑制副溶血性弧菌中的协同互作。
源自凡纳滨对虾肌球蛋白的新型群体感应抑制肽SF抑制副溶血弧菌生物膜形成和毒力因子
副溶血弧菌是水产品中常见致病菌，其生物膜形成与毒力受AI-2/LuxS群体感应系统调控。本研究通过分子对接从凡纳滨对虾肌球蛋白水解产物中筛选出新型群体感应抑制肽SF（丝氨酸-苯丙氨酸），在亚抑菌浓度下可显著抑制副溶血弧菌AI-2活性与生物膜形成，破坏生物膜结构，降低胞外多糖、卵磷脂酶、蛋白酶、淀粉酶分泌，并抑制细菌群集与泳动能力；RT-qPCR证实SF可下调群体感应、毒力及生物膜相关基因表达，表明SF可作为控制副溶血弧菌生物膜与毒力的新型群体感应抑制剂。
牛中曼海姆溶血菌囊膜和粘附蛋白突变体的黏膜定植
曼海姆溶血菌是牛呼吸道疾病的主要致病菌，多糖囊膜与表面粘附蛋白被认为参与其上呼吸道黏膜黏附与定植过程。研究证实囊膜是曼海姆溶血菌长期定植必需因子，粘附蛋白缺失反而增强定植能力，为牛呼吸道疾病防控与疫苗研发提供靶点。
利用黑腹果蝇开展分枝杆菌毒力全基因组表型研究
本文以黑腹果蝇为感染模型，以海洋分枝杆菌为研究对象，验证果蝇作为分枝杆菌毒力研究模型的适用性，通过转座子插入测序全基因组筛选分枝杆菌毒力基因，发现181个毒力基因，其中91%在结核分枝杆菌中存在直系同源基因；对mmar_1660及其结核分枝杆菌同源基因rv3041c进行验证，证实二者通过调控铁获取参与分枝杆菌在果蝇及人巨噬细胞内的毒力过程，证明果蝇模型可用于挖掘结核分枝杆菌毒力机制，为抗结核药物与疫苗研发提供靶点。
普城沙雷氏菌的卓越血红素耐受性：埃及伊蚊中肠氧化应激适应的蛋白质组学见解
从埃及伊蚊中肠分离的普城沙雷氏菌对血液消化产生的毒性副产物氯化血红素具有显著耐受能力。本研究模拟中肠环境，采用5 mM氯化血红素诱导氧化应激，通过蛋白质组学探究其适应机制。生长实验表明该菌可耐受5 μM至1 mM氯化血红素，约10小时进入稳定期，菌落出现边缘变暗、透明晕环等形态变化，提示血红素积累与解毒。
HrcA介导的转录调控影响猪链球菌在低血糖条件下的生长和存活
猪链球菌是重要人兽共患病原菌，其在宿主鼻咽部低血糖微环境的定植依赖适应性调控，但相关分子机制尚不明确。本研究通过转录组测序发现低血糖条件下猪链球菌有86个差异表达基因，主要集中在磷酸转移酶系统、替代碳代谢和能量稳态通路；对8个转录因子突变体表型筛选显示，缺失HrcA会显著损害细菌在低血糖下的生长和存活；
在小牛肺攻毒模型中，曼海姆溶血菌同源囊膜和LPS-硅化基因缺失突变体毒力减弱
牛呼吸道疾病综合征是养牛业重大经济损失的主要原因，曼海姆溶血菌是其最主要致病菌。本研究构建曼海姆溶血菌1型囊膜缺失突变体Δcap与脂多糖硅化缺失突变体ΔneuA，通过小牛肺攻毒模型评估毒力。
植物乳杆菌与半乳寡糖合生元通过重塑肠道菌群和减弱肥大细胞过度活化缓解肠易激综合征
本研究针对肠易激综合征（IBS）全球发病率高、传统药物疗效有限且存在副作用的问题，开发了一种由植物乳杆菌ZYC501和半乳寡糖（GOS）组成的特异性合生元，并系统阐明其缓解IBS的分子机制。首先通过全基因组CAZy分析和生长曲线实验，筛选出GOS作为植物乳杆菌ZYC501的最佳碳源，构建合生元配方。
植物乳杆菌菌株中硒积累的特性分析：一种生物技术方法
本研究旨在分析硒补充对两株益生菌植物乳杆菌DSM24730和299v的生长能力、胃肠道耐受性及硒结合能力的影响，明确微量元素硒对益生菌生理活性的调控作用及其作为硒载体的应用潜力。研究将两株菌培养在添加0–100 mg/L亚硒酸钠的MRS培养基中，实时监测生物量产生、生长动力学等关键生理参数，并通过模拟胃肠液实验评估菌株的存活能力。
婴儿型双歧杆菌作为生物防治剂：通过关键毒力基因改造抑制单核细胞增生李斯特菌
婴儿型双歧杆菌作为靶向生物防治剂对抗单核细胞增生李斯特菌感染具有潜在价值，但菌株特异性抗菌效果和分子机制尚不明确。本研究通过全面的体外抗氧化和抗菌活性实验，系统评估了5株双歧杆菌的益生菌潜力，并采用RNA-seq转录组学技术，分析了与3株筛选出的婴儿型双歧杆菌共培养时单核细胞增生李斯特菌的全局转录组响应。
乳酸细菌筛选及基于响应面法（RSM）优化促进橙汁中γ-氨基丁酸（GABA）积累
本研究针对天然橙汁中γ-氨基丁酸（GABA）含量低、难以满足人体生理需求的问题，旨在筛选高产GABA的乳酸菌菌株并优化橙汁发酵工艺，开发富含GABA的功能性发酵橙汁。首先从52株分离自发酵食品的乳酸菌中，通过Berthelot比色法初筛和高效液相色谱（HPLC）复筛，获得两株高产GABA且性能稳定的菌株：副干酪乳杆菌ZY（Lcb. paracasei ZY）和鼠李糖乳杆菌SN12（Lcb. rhamnosus SN12）。
冷应激通过膜脂质重塑和差异蛋白表达增强鼠李糖乳杆菌B6的冷冻耐受性
本研究针对乳酸菌在冷冻保存过程中细胞存活率低、影响工业应用的问题，以两株表型不同的鼠李糖乳杆菌B6和KF7为研究对象，探究冷应激预处理对其液氮冷冻耐受性的影响及分子机制。结果表明，4℃冷应激2小时可显著提高两株菌的冷冻存活率，其中B6的存活率从44%提升至53%，显著高于KF7（10%提升至30%）；扫描电镜观察显示冷应激后B6细胞完整性保持良好，而KF7的细胞破裂和塌陷明显减少。
开发一种基于非靶向代谢组学的筛选方法，用于阐明副干酪乳杆菌的代谢特性及潜在应用
本研究针对传统益生菌筛选过度依赖胃肠耐受性、易遗漏代谢功能优异菌株的问题，提出了一种基于非靶向代谢组学的副干酪乳杆菌功能菌株筛选新策略。首先系统评估了60株副干酪乳杆菌的生长特性、耐酸耐胆盐能力、模拟胃肠液耐受性和12种碳源利用能力，发现所有菌株均无法耐受模拟胃肠环境，但多数具有良好的生长性能和广泛的碳源利用谱。