抗菌剂丹皮酚调控嗜水气单胞菌的外排泵与细胞膜通透性：蛋白质组学机制解析及其在草鱼肉保鲜中的应用
针对水产养殖与食品安全领域中嗜水气单胞菌耐药性日益严峻、天然抗菌剂机制不明的核心问题，系统评价了植物源活性物质丹皮酚的广谱抗菌活性，深入解析了其对嗜水气单胞菌的杀菌机制与分子靶点，并验证了其在水产品保鲜中的应用潜力。
酵母化学基因组学筛选鉴定出调控己二酸毒性的通路
针对酿酒酵母发酵生产可再生尼龙原料己二酸过程中，产物毒性抑制菌株生长与发酵效率的行业痛点，首次通过全基因组化学基因组学筛选，系统解析了己二酸对酿酒酵母的毒性作用机制，鉴定出调控己二酸毒性的关键基因与核心生物学通路。
荚膜生成与葡萄糖代谢决定粘质沙雷氏菌菌血症期间的宿主内适应度
针对机会致病菌粘质沙雷氏菌在哺乳动物血流感染中生存增殖的遗传决定因素研究不足的问题，通过转座子插入测序（INSeq）技术，在小鼠菌血症模型中对约32000株转座子突变体进行了体内筛选，首次系统鉴定出212个粘质沙雷氏菌在哺乳动物宿主内生存的关键适应度基因。
放线杆菌利用结合蛋白依赖型ABC转运体摄取维生素B6的活性形式
针对原核生物中活性维生素B6（吡哆醛-5'-磷酸，P5P）特异性摄取系统长期未被鉴定的研究空白，以猪源致病菌胸膜肺炎放线杆菌为研究对象，系统解析了与糖磷酸转运体AfuA同源的周质结合蛋白P5PA的结构与功能。研究通过1.75Å高分辨率X射线晶体学解析了P5PA的三维结构，结合LC-MS/MS、等温滴定量热法（ITC）、微量热泳动（MST）等生化实验，证实P5PA是首个在原核生物中发现的、对P5P具有纳摩尔级高亲和力与高度特异性的周质结合蛋白
RNA 聚合酶突变通过阻止氨基酸和核苷酸代谢失调赋予 β- 内酰胺类抗生素抗性
以革兰氏阳性模式菌枯草芽孢杆菌为研究对象，解析了 RNA 聚合酶（RNAP）突变调控 β- 内酰胺类抗生素抗性的全新代谢机制。研究对比了两株 RNAP 核心亚基突变株：rpoC G1122D 突变株（头孢呋辛 CEF，β- 内酰胺类模型药物，抗性）与 rpoB H482Y 突变株（利福平 RIF 抗性、CEF 敏感），通过转录组学、遗传学、生理生化实验
ATP结合盒（ABC）转运系统溶质结合蛋白指导的根癌农杆菌C58中新型D-阿糖醇和半乳糖醇分解代谢途
针对基因组测序技术飞速发展带来的蛋白数据库中未知功能序列指数级增长、约50%自动注释存在错误或误导性的行业痛点，基于酶功能计划（EFI）开发的“转运体溶质结合蛋白（SBP）指导新型代谢途径发现”策略，首次将该策略从三聚体ATP非依赖性周质转运体（TRAP）拓展至ATP结合盒（ABC）转运体系。
AMPK下游依赖乙酰辅酶A羧化酶1的脂质合成促进自噬
以酿酒酵母为模式生物，系统解析了乙酰辅酶A羧化酶1（Acc1）介导的脂质从头合成在细胞衰老过程中对自噬的调控机制。研究首次明确Acc1是AMPK（酵母同源蛋白Snf1）下游调控自噬的核心代谢靶点，打破了AMPK仅通过Atg1/ULK1调控自噬起始的传统认知；
Abf1 参与光滑念珠菌（Nakaseomyces glabratus）的 DNA 损伤与复制胁迫响
聚焦机会性致病真菌光滑念珠菌的 ARS 结合因子 1（CgAbf1），解析了其在 DNA 损伤与复制胁迫响应中的全新功能。CgAbf1 是光滑念珠菌的必需蛋白，既往研究已证实其参与亚端粒沉默、黏附素基因调控与细胞周期进程，而其同源蛋白 ScAbf1 在酿酒酵母中参与核苷酸切除修复与 DNA 损伤响应，但其在光滑念珠菌中的胁迫响应功能尚未明确。
2'- 岩藻糖基乳糖作为益生元对两歧双歧杆菌益生特性的调控作用
聚焦人乳中含量最高的特征性低聚糖 2'- 岩藻糖基乳糖（2'-FL），针对其对两歧双歧杆菌益生特性调控机制的三大核心研究空白 ——2'-FL 水解对菌株生长的影响、对胃肠道胁迫下菌株的保护作用、代谢产物对克罗诺杆菌的抑制活性，开展了系统研究。
植物乳植杆菌ZJ316的抗氧化特性与分子机制：一种极具潜力的益生菌资源
以分离自健康婴儿粪便的植物乳植杆菌ZJ316（L. plantarum ZJ316）为研究对象，针对该菌株已被证实的抑菌、抗炎等益生特性，但其抗氧化活性与分子机制尚不明确的研究空白，系统评价了菌株的抗氧化能力、益生菌特性与生物安全性，并深入解析了其抗氧化的分子机制。
醛脱氢酶 AldA 在实验室进化的大肠杆菌中对 L-1,2 - 丙二醇利用的必要性
针对长达四十余年 “醛脱氢酶 AldA 在大肠杆菌 L-1,2 - 丙二醇（1,2-PDO）利用中发挥核心作用” 的未证实假说，通过生物信息学分析、基因组规模代谢模型模拟、基因敲除与回补实验、转录水平验证等多维度研究，首次提供了直接的遗传实验证据，证实 aldA 基因是实验室进化获得 L-1,2-PDO 利用能力的大肠杆菌 K12PDO 菌株，以 L-1,2-PDO 为唯一碳源生长的必需且充分的基因。
全基因组分析揭示 PhoP 对鸭疫里默氏菌致病性的调控作用
针对水禽重要致病菌鸭疫里默氏菌的毒力调控机制空白，以 PhoPR 双组分系统为核心研究对象，首次结合 DNA 亲和纯化测序（DAP-seq）与转录组测序（RNA-seq）技术，在全基因组范围内绘制了响应调控因子 PhoP 的直接结合图谱，鉴定了其核心靶基因与保守结合基序。研究通过同源重组构建了 phoP 和 phoR 单基因敲除菌株，解析了两者的转录调控谱差异，揭示了 PhoP 通过直接调控 Bat 操纵子介导菌株氧化应激耐受、进而调控致病性的全新机制，并通过雏鸭感染模型证实 phoP 和 phoR 是该菌的关键毒力决定因子。
利用 Cas12k 引导的转座酶在细菌中进行靶向遗传筛选
核心开发了一种基于 Cas12k 引导转座酶的位点特异性转座子辅助基因组工程技术（STAGE），突破了传统细菌高通量基因组编辑方法 “宿主范围窄、突变非特异性” 的核心瓶颈。研究验证了 ShCAST 系统在铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌中的位点特异性转座活性，通过双筛选体系实现了阳性突变体的高效富集，构建了覆盖铜绿假单胞菌 593 个转录因子的靶向突变文库，完成了细菌必需基因鉴定与抗生素耐药相关因子的系统性筛选，并通过单基因编辑验证了结果的可靠性，为多种微生物的高通量基因组工程、基因功能解析和菌株进化提供了高效可编程的通用工具。
新型细菌素 LpH25 的抗菌机制及其与乳酸链球菌素（Nisin）在生鲜乳中的协同保鲜效果
围绕鼠李糖乳杆菌 LS-8 来源的新型细菌素 LpH25 展开系统研究，全面解析了其结构特征、理化稳定性、对多种食源性致病菌的抗菌活性，首次揭示了其对革兰氏阴性菌与阳性菌的差异化抗菌机制，同时验证了 LpH25 与 Nisin 联用在生鲜乳中的协同保鲜效果。
glnR 基因在鼠李糖乳杆菌热胁迫与氧化胁迫交叉适应中的作用
针对鼠李糖乳杆菌热与氧化胁迫交叉适应的分子机制空白，以全局氮代谢调控因子 glnR 为研究对象，通过无痕基因敲除构建了 glnR 缺失突变株 glnRm，结合转录组测序、多维度胁迫表型验证、喷雾干燥应用测试等手段，首次证实 glnR 是连接鼠李糖乳杆菌热胁迫与氧化胁迫交叉适应的核心调控基因。
MdtG介导的L-阿拉伯糖外排抑制阪崎克罗诺杆菌生物被膜形成
阪崎克罗诺杆菌是一种主要感染婴幼儿和老年人的食源性致病菌，其能够形成难以清除的生物被膜。D 型糖类是细菌生物被膜形成过程中常见的群体感应抑制剂，而 L 型糖类及其对应的外排泵在阪崎克罗诺杆菌生物被膜形成中的作用相关研究较少。本研究通过基因敲除的方法，探究了多重耐药外排泵 MdtG 在阪崎克罗诺杆菌生物被膜形成中的作用与分子机制。
利用库德里阿兹威毕赤酵母在低 pH 条件下生产D-木糖酸
D - 木糖酸是美国能源部认定的可从生物质糖类衍生的 30 种最具开发价值的化学品之一，可作为 D - 葡萄糖酸的非食用替代物与平台化学品，具备广阔的应用前景。本研究对非常规酵母库德里阿兹威毕赤酵母（Pichia kudriavzevii）VTT C-79090T 进行遗传工程改造，异源表达了新月柄杆菌来源的 D - 木糖脱氢酶编码基因xylB。
氯马斯汀通过 GdpP 蛋白抑制金黄色葡萄球菌的生物膜形成与溶血活性
金黄色葡萄球菌因其强毒力与多重耐药性对人类健康构成重大威胁，其顽固的生物膜形成更是导致慢性感染和传统抗生素治疗耐受的核心原因，因此亟需开发可抑制或清除金黄色葡萄球菌生物膜的新型抗菌药物。
墨西哥瓦哈卡州四个传统酿造作坊梅斯卡尔发酵过程中乳酸菌多样性的民族生物技术分析
聚焦墨西哥瓦哈卡州传统蒸馏酒梅斯卡尔的自然发酵体系，首次以民族生物技术分析框架，系统解析了该发酵过程中的细菌（核心为乳酸菌）多样性，并揭示了社会文化、生态地理、本土传统知识对微生物群落的塑造作用。
模型引导的化学环境与代谢网络设计实现代谢途径与细胞适应性的耦合
异源化合物的生物合成是复杂性状，为其提供前体、还原力和能量的天然代谢通量受到细胞多层次调控，通过靶向工程优化这类性状需对复杂遗传基础进行组合解析，过程繁琐。适应性实验室进化（ALE）已被用于改良微生物菌株的多种工业相关性状（如极端条件耐受性、营养利用能力），但与这类性状不同，异源产物合成很难直观地与细胞适应性耦合。