关于贪铜菌Cupriavidus necator H16挥发性脂肪酸分解代谢遗传决定因素的见解
土壤细菌贪铜菌Cupriavidus necator H16是将废物衍生挥发性脂肪酸（VFAs）升级转化为可再生生物化学品的极具潜力的宿主。尽管细菌VFA代谢途径已被广泛研究，但C. necator基因组中每个分解代谢步骤都编码了多个同工酶，这些同源蛋白之间的底物特异性程度目前仍未知。为深入了解C. necator对VFA底物的分解代谢机制，本研究对以乙酸、丙酸、丁酸、戊酸或己酸为唯一碳源和能源生长的细胞进行了转录组学分析。
MexR和NalD是铜绿假单胞菌中外排泵MexAB-OprM的铜绿素响应型转录抑制因子
铜绿假单胞菌的次级代谢产物铜绿素（PYO）通过诱导耐药结节细胞分裂（RND）外排系统的表达显著增强其抗生素耐药性，但由多个转录抑制因子调控的MexAB-OprM的初始去阻遏和后续上调机制仍不清楚。本研究证明MexAB-OprM的转录抑制因子MexR和NalD可作为PYO受体，解离常数分别为5.17和7.03 μM。电泳迁移率变动分析显示，PYO与MexR和NalD结合会诱导它们从mexA启动子上解离，导致mexAB-oprM表达去阻遏。
新型氧化锰细菌木糖赖氨酸芽孢杆菌M125的分离：该菌株产生的生物源氧化锰的特性分析、结构演化及镉吸附
锰氧化细菌在将可溶性Mn(II)转化为不溶性Mn(III/IV)氧化物的过程中发挥着关键作用，其产物被广泛应用于环境修复尤其是重金属污染治理领域。本研究从电镀厂附近的锰污染土壤中，通过添加10 mmol/L氯化锰的选择性LB培养基富集分离，结合Leucoberbelin Blue（LBB）显色法筛选得到一株具有强锰氧化能力的菌株。
植物聚酯苏布林的疏水聚合物颗粒通过与细菌膜相互作用来破坏细菌
苏布林是一种主要由多官能团长链脂肪酸和甘油组成的复杂植物聚酯，广泛存在于特化的植物细胞壁中。采用基于离子液体的提取方法分离得到的苏布林保留了接近天然水平的交联成分甘油（约5 mg·g⁻¹），这些高度酯化的聚合物颗粒具有抗菌活性。本研究旨在深入理解苏布林颗粒的天然抗菌特性。
在高浓度CO₂胁迫下促进普通小球藻碳固定的细菌筛选
微藻与细菌的协同作用可提高微藻的碳固定效率。本研究构建了高浓度CO₂胁迫下的微藻-细菌共存系统，采用16S rDNA技术分析了整个系统的细菌群落结构，筛选出微杆菌属（Microbacterium sp.）、芽孢杆菌属（Bacillus sp.）和气单胞菌属（Aeromonas sp.）三株能显著促进普通小球藻HL 01碳固定的细菌。
从海鲜中分离出的部分副溶血弧菌菌株的生长变异性
本研究旨在量化从海鲜中分离的副溶血弧菌菌株的生长情况并评估其变异性。研究共评估了35株副溶血弧菌，采用检测时间法结合广义简约梯度算法进行回归分析，估算了各菌株的最大比生长速率(μmax)。
重新审视经典的微生物微宇宙中生物多样性与生态系统功能及稳定性关系
生物多样性如何影响生态系统功能和稳定性一直是生态学研究的核心问题，但由于功能、稳定性和多样性的定义存在广泛分歧，这一问题仍未得到解决。本研究通过构建1-16个物种的多样性梯度人工微生物群落，在对照、饥饿和盐胁迫三种条件下，探究了群落最大比生长速率、生产力、死亡率和物种相互作用随多样性的变化规律。
被MarR家族调控因子抑制的细胞色素bd在紫色色杆菌中赋予对金属、一氧化氮、硫化物和氰化物的抗性
紫色色杆菌是一种普遍存在的环境病原体，尽管其适应性极强，但对其胁迫抗性机制知之甚少。本研究在筛选铁敏感转座子突变体时，鉴定出一种细胞色素bd（CioAB）可保护紫色色杆菌抵御多种胁迫。该细胞色素bd的两个亚基由cioRAB操纵子编码，该操纵子还编码GbsR型MarR家族转录因子CioR。∆cioAB突变株对铁和需铁抗生素链黑菌素敏感，且铁载体产量下降。
乳制品中嗜温性和耐冷性蜡样芽孢杆菌广泛生长及生长边界模型的评估与验证（第二部分）
本研究评估了两个整合11种环境因素及其相互作用的嗜温性和耐冷性蜡样芽孢杆菌生长及生长边界预测模型。通过66个嗜温菌株和67个耐冷菌株的新挑战试验，以及文献中139个嗜温菌株和109个耐冷菌株的生长响应数据，系统验证了模型性能，并与8种现有模型进行对比。
添加低聚果糖和棉子糖家族寡糖后发酵豆浆中感官特性和短链脂肪酸生成的评估
益生菌与益生元在单一食品中的联合应用（即"合生元"）具有巨大潜力，其中益生元能特异性促进益生菌的生长和活性。本研究系统比较了低聚果糖（FOS）和棉子糖家族寡糖（RFOs）对鼠李糖乳杆菌JCM1136与融合魏斯氏菌30082b共发酵豆浆的益生元效应，评估了细菌活菌数、寡糖水解、短链脂肪酸（SCFA）生物合成及感官属性的变化。
具有RGD基序的新型肽Pac-525对细胞内大肠杆菌的抗菌活性
侵袭性细胞内细菌引起的感染因病原体可在宿主细胞内存活增殖、传统抗生素难以进入细胞内发挥作用而成为重大治疗挑战。本研究合成了带有RGD结构域的抗菌肽Pac-525（RGD-Pac525），以增强其对真核细胞的穿透能力。通过RAW 264.7巨噬细胞系、鸡肠道类器官和鸡胚绒毛尿囊膜（CAM）三种模型，系统评估了RGD-Pac525的抗细胞内感染效果和安全性。
基于脚尖开关的工艺方法，用于设计耐酸模块，以增强工业大肠杆菌株在低pH下生产的稳健性
提升工业微生物的耐酸性对于提高发酵效率和可持续性至关重要。本研究提出了一种合成生物学方法，采用基于脚尖开关（toehold switch）的耐酸模块来工程化耐酸菌株。该方法构建了由触发块和开关块组成的模块，整合了4种酸响应启动子和18种耐酸基因，生成了约105个构建体的合成模块文库。
从派珀属物种中进行¹H-NMR引导生物活性化合物的分离
生物活性天然产物的发现常受复杂混合物中活性化合物分离与表征难度的制约。此前本团队开发了基于¹H NMR的加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法，用于识别与派珀属叶片提取物对植物、真菌和细菌模型生物生长抑制活性相关的光谱特征，实现了生物活性相关候选化合物的优先排序。
铜绿假单胞菌在粗生物质碳水化合物和基于生物增强剂的生长培养基上的生长与鼠李糖脂生成表现
本研究评估了四种碳水化合物源（葡萄糖、甘油、大豆皮水解物SHH、模拟大豆皮水解物MSH）结合生物增强剂及其他培养基组分对铜绿假单胞菌PAO1鼠李糖脂生产的优化效果。旨在探究人类神经内分泌生物增强剂（去甲肾上腺素NE、多巴胺DP）在含可持续粗生物质碳水化合物的培养基中对细菌生长性能和鼠李糖脂滴度的影响。
一种介导粪肠球菌适应性和致病性的血红素降解酶的特性
粪肠球菌是人体肠道共生菌，也是导致医院获得性感染的主要机会致病菌之一，其毒力与克服宿主营养免疫、在恶劣环境中生存的能力密切相关。本研究针对粪肠球菌能利用血红素作为铁源但缺乏经典血红素氧合酶的矛盾现象，通过生物信息学分析鉴定出一个大肠杆菌厌氧胆素合酶ChuW的同源基因OG1RF_RS05575。
高导电PBFDO网络桥接生物膜与电极界面用于微生物电化学系统中的电子捕获与转移
微生物电化学系统（MES）是兼具废水处理和能源回收功能的革命性绿色平台，但其发展受限于生物-非生物界面电子转移效率低下和能量转换率不足的瓶颈。导电聚合物因结构可调、导电性优异且生物相容性良好，成为强化微生物-电极相互作用的理想界面修饰材料。本研究首次将创纪录导电率（2000 S cm⁻¹）的n型聚合物聚苯并二呋喃二酮（PBFDO）应用于MES阳极构建，其形成的导电网络可同时承担界面电荷转移介质和电子收集器的双重功能。
蛋白水解酶对溶菌酶性质变化的影响
本研究针对天然溶菌酶仅对革兰氏阳性菌有效、应用范围受限的问题，通过酶促修饰技术对鸡蛋清溶菌酶进行改性，旨在制备具有广谱抗菌性和低免疫原性的生物活性肽组分。研究采用胃蛋白酶为主、胃蛋白酶-胰蛋白酶混合酶为辅的修饰体系，在严格控制的反应条件下，探究了酶种类、比例及浓度对溶菌酶水解产物性质的影响。
真菌衍生信号α-萜品烯诱导的产酶溶杆菌抗真菌机制
细菌-真菌互作是生态系统功能的关键驱动力，其分子机制尚未完全阐明。化学信号是微生物交流的重要介质，但真菌分泌的萜类化合物的信号传导机制仍不明确。本研究以环境细菌产酶溶杆菌YC36（LeYC36）为对象，系统探究了真菌衍生萜类α-萜品烯对其生物膜形成和抗真菌活性的调控机制。
来自冷气候葡萄园的非传统酵母，用于新型低酒精葡萄酒
近年来，利用能反映葡萄种植区微生物风土的非传统酵母发酵葡萄酒受到广泛关注。这些本土酵母栖息于葡萄果皮，可产生独特风味，与传统酿酒酵母配合使用还能降低发酵不完全的风险，同时能酿造出酒精含量相对较低的葡萄酒，契合健康消费趋势。
基于突变和单个原子的膜蛋白构象自由能定量分析
次级主动转运蛋白通过在向内和向外两种构象间切换实现底物跨膜转运，但其构象间的相对自由能差异仍缺乏精确的实验测量。本研究利用¹⁹F核磁共振（NMR）光谱技术，定量测定了大肠杆菌多药转运蛋白EmrE两种构象的自由能差。通过构建仅保留一个色氨酸残基（Trp63）的EmrE突变体，实现了特异性的氟标记，并制备了仅一个单体携带标记或突变的最小异二聚体。