托雷法低温烘焙：低水分四环素菌丝渣无害化处理潜力工艺
四环素菌丝渣（TMR）是抗生素发酵副产物，有机质丰富具备资源化潜力，但残留四环素（TC）与大量抗生素抗性基因（ARGs）会带来环境抗性传播风险。本研究采用低温烘焙（托雷法）处理低水分四环素菌渣，经多温度时长筛选得到最优工艺：200℃处理30 min，该条件可去除97.2%四环素且最大限度保留有机质营养。
通过重组酶介导启动子与终止子洗牌实现酵母基因表达组合优化
异源代谢通路导入微生物细胞工厂时，通路各基因表达失衡会造成中间产物毒性、产物产量偏低，传统代谢建模、CRISPR筛选等优化手段成本高、操作繁琐。本研究开发Cre-LoxPsym重组介导的体内多基因表达多元化技术GEMbLeR：设计由正交LoxPsym位点分隔的上游调控元件（5’GEM）、终止子模块（3’GEM），Cre诱导重组可随机洗牌元件，构建表达跨度达120倍的菌株文库。
大曲来源非酿酒酵母用于啤酒酿造的挖掘研究
啤酒工业目前仅依靠酿酒酵母、巴氏酵母两类菌株，风味单一、产品创新受限；白酒大曲蕴含丰富非酿酒酵母，但其啤酒酿造潜力尚无系统探究。本研究从国内高、中、低温大曲中共分离80株、分属14种非酿酒酵母，系统完成胁迫耐受、絮凝、酚类异味生成、麦芽汁发酵与风味物质定量筛选；筛选优势菌株开展纯培养、与商业啤酒酵母US-05混合发酵，并完成感官评定。
葡萄酒酵母高通量平行实验室进化以改良代谢表型
适应性实验室进化（ALE）是改造工业微生物的有效手段，但传统方法受突变随机性、遗传背景干扰，易出现次优菌株与不良副效应。本研究搭建前所未有的高通量平行ALE平台，选用48株商业+本土葡萄酒酵母，针对8类酿酒关键代谢性状同步进化上万种群。
尿苷化调控裂殖酵母mRNA降解方向
真核细胞质mRNA存在5'→3'、3'→5'两条外切降解通路，poly(A)尾尿苷化修饰广泛存在，但全局mRNA周转中的功能尚不清晰。本研究开发全基因组3'-RACE（gw3'-RACE）测序技术，以裂殖酵母为模式生物解析尿苷化调控机制：细胞存在两类尿苷化修饰，分别由两种末端尿苷转移酶催化；Cid1负责缩短poly(A)尾加尿苷，Cid16对无尾RNA进行寡尿苷修饰。
描述假嗜热厌氧杆菌将有机酸生物还原为醇的培养条件影响数据集
本文为配套主实验的数据论文，完整提供嗜热厌氧微生物*Thermoanaerobacter pseudethanolicus*利用葡萄糖作为还原当量供体，将C2-C6挥发性脂肪酸生物还原生成对应醇类的全套定量实验数据集。系统探究初始pH、液气比、葡萄糖底物浓度、外源醇抑制剂、碳源组合五大培养参数对菌体生长、有机酸转化率、产物醇/氢气/乙酸生成量的影响；包含动态发酵时序数据、¹³C标记丁酸核磁追踪图谱、醇脱氢酶NAD⁺/NADP⁺辅酶酶活定量数据。
亚硫酸钠作为新型缺氧诱导剂参与大肠杆菌缺氧调控
亚硫酸钠是常用除氧还原性盐，已有研究证实其可在线虫体内稳定模拟低氧环境且无细胞毒性。本研究以大肠杆菌MG1655野生株及arcA/B、fnr、oxyR、sox/S等缺氧通路单基因敲除突变株为材料，借助Bioscreen高通量生长曲线系统与透射电镜（TEM）开展试验：≥40 mmol/L亚硫酸钠可在液体培养基维持至少8 h稳定缺氧环境，显著抑制大肠杆菌增殖；同等浓度硫酸钠无生长抑制作用。
可食用昆虫粪便制备生物乙醇——家蟋蟀粪便案例研究
现有生物乙醇原料多存在与人争粮问题，家蟋蟀养殖产生大量粪便（虫粪）木质纤维素废弃物，是极具潜力二代非粮原料。本文首次系统探究家蟋蟀虫粪水解发酵生产生物乙醇整套工艺，对比热、酸、碱单一/复合预处理搭配纤维素酶、蛋白酶的糖化效果，筛选多株自然分离酵母开展发酵验证；实验证实热-稀硫酸复合纤维素酶预处理可获得最高可溶性糖（37.03 g/L），蛋白酶处理游离氨基氮含量最优；纯虫水解液发酵乙醇达10.53 g/L，添加高浓度甜菜糖蜜后乙醇提升至30.57 g/L，糖利用率超88%。
开发一株可高效共发酵混合糖且抑制剂耐受性提升的强健酿酒酵母菌株
木质纤维素水解液含葡萄糖、木糖、纤维二糖、低聚木糖多种碳源，同时存在有机酸、呋喃类发酵抑制剂，现有酵母难以同步利用全部糖类、耐受抑制物，限制二代生物乙醇工业化。本研究以高葡萄糖/木糖共发酵菌株LF1、高抑制剂耐受菌株BLN26为亲本，采用双亲本原生质体灭活融合结合多轮苯菌灵迭代筛选，获得遗传稳定融合株BLH172；再通过同源重组分别在ADH、δ位点整合β-葡萄糖苷、β-木糖苷基因，构建终工程菌株BLH510。
酵母Hsp110分子伴侣Sse1调控内质网应激下细胞命运
Genes, Genomes, Genetics，2024年第14卷第6篇，DOI:10.1093/g3journal/jkae075
高压对啤酒中短叶螺旋乳酸杆菌的影响——灭活与亚致死损伤
啤酒低pH、酒花酸、酒精等环境可抑制多数微生物，但短乳杆菌（Levilactobacillus）仍是啤酒主要腐败菌。本研究以腐败菌株KKP 3574为对象，探究高压（HHP）对该菌灭活效果与亚致死损伤。400 MPa/5 min处理可在啤酒中实现最高7 log CFU/mL的菌体灭活，且无亚致死损伤；而10%麦汁经同等压力处理会产生1.1 log CFU/mL亚致死菌体。
利用细胞存活率、斑点测定、比浊微生物法探究多种天然提取物在可持续酿酒酵母模型中的抗真菌活性
天然植物提取物是食品工业绿色防腐添加剂重要候选原料。本研究选用酿酒酵母工业菌株（葡萄酒酵母、啤酒酵母、面包酵母）作为真核微生物评价模型，评估贯叶连翘、希俄斯乳香、迷迭香三种商用植物提取物的抗酵母活性；采用纸片扩散法、斑点成像定量实验、Bioscreen比浊生长曲线三种检测方法并行验证，并通过LC-MS鉴定提取物多酚组分。
热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢数据集：培养条件对终产物生成的影响
本文提供了热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢的相关数据集，重点探究不同电子清除条件下该菌株对20种蛋白质氨基酸的代谢及终产物生成情况。该菌株单独发酵丝氨酸主要生成乙酸，同时伴随少量乙醇；在共培养产氢产甲烷菌的条件下，支链氨基酸缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸会被分解为对应的支链脂肪酸，添加40 mM硫代硫酸盐时，则同时生成支链脂肪酸与支链醇。
苹果渣用于丙酸-乙酸发酵工艺的可行性研究
本研究探究苹果渣作为碳源用于费氏丙酸杆菌T82发酵生产丙酸与乙酸的可行性。欧盟每年产生大量苹果渣加工废弃物，利用其进行生物发酵兼具环保与经济价值。结果表明，费氏丙酸杆菌T82可利用苹果渣中的果糖、葡萄糖、蔗糖生长，其中果糖最利于菌体增殖，蔗糖最利于有机酸合成。
利用CRISPR干扰技术筛选必需基因揭示蛋白酶体调控决定酵母菌的乙酸耐受性
CRISPR干扰（CRISPRi）是研究不同培养条件下细胞生理、筛选必需基因表达变化的有力工具。本研究利用包含九千余株菌株的酿酒酵母CRISPRi文库，在添加乙酸的培养基中开展高通量筛选。乙酸是木质纤维素生物质工业转化过程中产生的抑制物，提升酵母菌的乙酸耐受性对生物炼制领域的细胞工厂应用至关重要。
基于模型评估木质素添加培养基中凝结芽孢杆菌生长性能与L-乳酸产量的数据集简报
本文为配套数据集简报，依托相关主研究，系统展示了三株凝结芽孢杆菌在含木质素培养基中的培养相关数据。研究以木质纤维素来源的葡萄糖、木糖、阿拉伯糖为混合碳源，开展共发酵实验，借助高通量光密度筛选、液相色谱、紫外分光光度法等手段获取数据，结合逻辑增长模型、莫诺动力学模型完成参数拟合与模拟分析。
一款用于酵母生长速率、存活率及时序寿命高通量分析的R语言工具包SPOCK
基于酶标仪的高通量检测技术已广泛应用于酿酒酵母生长速率、细胞存活率与时序寿命的测定，但是海量检测数据的分析成为当前主要瓶颈。本文开发了名为SPOCK的R语言数据分析工具包，专门处理高通量培养设备产出的酵母相关数据。该工具包可自动计算酵母代增时间、细胞存活率与时序寿命，内置巴特沃斯、LOESS等多种降噪算法去除原始数据噪声，同时配备污染、数据异常等校验机制，能够稳定、可重复地完成数据分析。
来自冷气候葡萄园的非传统酵母，用于新型低酒精葡萄酒
近年来，利用能反映葡萄种植区微生物风土的非传统酵母发酵葡萄酒受到广泛关注。这些本土酵母栖息于葡萄果皮，可产生独特风味，与传统酿酒酵母配合使用还能降低发酵不完全的风险，同时能酿造出酒精含量相对较低的葡萄酒，契合健康消费趋势。
基于突变和单个原子的膜蛋白构象自由能定量分析
次级主动转运蛋白通过在向内和向外两种构象间切换实现底物跨膜转运，但其构象间的相对自由能差异仍缺乏精确的实验测量。本研究利用¹⁹F核磁共振（NMR）光谱技术，定量测定了大肠杆菌多药转运蛋白EmrE两种构象的自由能差。通过构建仅保留一个色氨酸残基（Trp63）的EmrE突变体，实现了特异性的氟标记，并制备了仅一个单体携带标记或突变的最小异二聚体。
核糖体蛋白Rps29/uS14促进18S rRNA成熟，其丰度调节酿酒酵母渗透胁迫反应
进化保守的核糖体蛋白Rps29/uS14参与晚期pre-40S颗粒的组装过程。在酿酒酵母中，RPS29A和RPS29B两个旁系同源基因编码序列一致性达91%的两种蛋白。本研究发现，缺失任一旁系同源基因都会损害20S pre-rRNA（成熟18S核糖体RNA的直接前体）的细胞质加工最终步骤，导致晚期核糖体组装因子仍结合在核糖体颗粒上。