热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢数据集：培养条件对终产物生成的影响
本文提供了热厌氧杆菌AK85菌株氨基酸分解代谢的相关数据集，重点探究不同电子清除条件下该菌株对20种蛋白质氨基酸的代谢及终产物生成情况。该菌株单独发酵丝氨酸主要生成乙酸，同时伴随少量乙醇；在共培养产氢产甲烷菌的条件下，支链氨基酸缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸会被分解为对应的支链脂肪酸，添加40 mM硫代硫酸盐时，则同时生成支链脂肪酸与支链醇。
苹果渣用于丙酸-乙酸发酵工艺的可行性研究
本研究探究苹果渣作为碳源用于费氏丙酸杆菌T82发酵生产丙酸与乙酸的可行性。欧盟每年产生大量苹果渣加工废弃物，利用其进行生物发酵兼具环保与经济价值。结果表明，费氏丙酸杆菌T82可利用苹果渣中的果糖、葡萄糖、蔗糖生长，其中果糖最利于菌体增殖，蔗糖最利于有机酸合成。
利用CRISPR干扰技术筛选必需基因揭示蛋白酶体调控决定酵母菌的乙酸耐受性
CRISPR干扰（CRISPRi）是研究不同培养条件下细胞生理、筛选必需基因表达变化的有力工具。本研究利用包含九千余株菌株的酿酒酵母CRISPRi文库，在添加乙酸的培养基中开展高通量筛选。乙酸是木质纤维素生物质工业转化过程中产生的抑制物，提升酵母菌的乙酸耐受性对生物炼制领域的细胞工厂应用至关重要。
基于模型评估木质素添加培养基中凝结芽孢杆菌生长性能与L-乳酸产量的数据集简报
本文为配套数据集简报，依托相关主研究，系统展示了三株凝结芽孢杆菌在含木质素培养基中的培养相关数据。研究以木质纤维素来源的葡萄糖、木糖、阿拉伯糖为混合碳源，开展共发酵实验，借助高通量光密度筛选、液相色谱、紫外分光光度法等手段获取数据，结合逻辑增长模型、莫诺动力学模型完成参数拟合与模拟分析。
一款用于酵母生长速率、存活率及时序寿命高通量分析的R语言工具包SPOCK
基于酶标仪的高通量检测技术已广泛应用于酿酒酵母生长速率、细胞存活率与时序寿命的测定，但是海量检测数据的分析成为当前主要瓶颈。本文开发了名为SPOCK的R语言数据分析工具包，专门处理高通量培养设备产出的酵母相关数据。该工具包可自动计算酵母代增时间、细胞存活率与时序寿命，内置巴特沃斯、LOESS等多种降噪算法去除原始数据噪声，同时配备污染、数据异常等校验机制，能够稳定、可重复地完成数据分析。
来自冷气候葡萄园的非传统酵母，用于新型低酒精葡萄酒
近年来，利用能反映葡萄种植区微生物风土的非传统酵母发酵葡萄酒受到广泛关注。这些本土酵母栖息于葡萄果皮，可产生独特风味，与传统酿酒酵母配合使用还能降低发酵不完全的风险，同时能酿造出酒精含量相对较低的葡萄酒，契合健康消费趋势。
基于突变和单个原子的膜蛋白构象自由能定量分析
次级主动转运蛋白通过在向内和向外两种构象间切换实现底物跨膜转运，但其构象间的相对自由能差异仍缺乏精确的实验测量。本研究利用¹⁹F核磁共振（NMR）光谱技术，定量测定了大肠杆菌多药转运蛋白EmrE两种构象的自由能差。通过构建仅保留一个色氨酸残基（Trp63）的EmrE突变体，实现了特异性的氟标记，并制备了仅一个单体携带标记或突变的最小异二聚体。
核糖体蛋白Rps29/uS14促进18S rRNA成熟，其丰度调节酿酒酵母渗透胁迫反应
进化保守的核糖体蛋白Rps29/uS14参与晚期pre-40S颗粒的组装过程。在酿酒酵母中，RPS29A和RPS29B两个旁系同源基因编码序列一致性达91%的两种蛋白。本研究发现，缺失任一旁系同源基因都会损害20S pre-rRNA（成熟18S核糖体RNA的直接前体）的细胞质加工最终步骤，导致晚期核糖体组装因子仍结合在核糖体颗粒上。
大肠杆菌在需氧条件下的功能性表达Mo依赖型甲酸脱氢酶
耐氧的复杂金属依赖型甲酸脱氢酶在生物技术领域具有潜在应用价值。本研究报道了在大肠杆菌中功能性表达来自贪铜菌（Cupriavidus necator）的fdsGBACD操纵子编码的复杂钼依赖型可溶性甲酸脱氢酶（CnFDH）。通过质粒或染色体整合方式表达该操纵子，能够使能量营养缺陷型筛选菌株在有氧条件下以甲酸为唯一能源生长。
用于出芽酵母细胞内外氨基酸感知的双报告系统
氨基酸稳态是细胞生长、代谢和信号传导等核心功能的基础。出芽酵母通过通用氨基酸控制（GAAC）和雷帕霉素靶蛋白复合物1（TORC1）通路感知胞内氨基酸水平，通过Ssy1-Ptr3-Ssy5（SPS）通路感知胞外氨基酸，三者协同调控氨基酸的生物合成与摄取以维持稳态。
工程化改造恶臭假单胞菌KT2440以实现乙二醇的高效利用
乙二醇是聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）生产、防冻剂、管道天然气水合物抑制剂等工业场景的大宗原料，其好氧微生物代谢会经高毒性中间体羟基乙醛、乙醇酸进入C2代谢通路。恶臭假单胞菌KT2440因高毒性耐受性与广泛的底物特异性，常被用于环境修复工程改造，尽管其基因组携带乙二醇代谢的推定基因，却无法高效代谢乙二醇。
多效性点突变对细胞资源的全局重分配揭示了适应性进化的多尺度机制
多效性调控突变会影响多种细胞过程，给跨生物尺度解析基因型-表型关系带来了巨大挑战。适应性实验室进化（ALE）能够在明确的选择压力下筛选并表征这类突变。本研究整合多尺度实验与计算方法，系统分析了大肠杆菌RNA聚合酶（RNAP）中多个经ALE筛选获得的单点突变体。
代谢与生物过程工程整合用于恶臭假单胞菌利用葡萄糖和木糖生产β-酮己二酸
β-酮己二酸是微生物有氧芳香族化合物分解代谢的常见中间体，可作为高性能生物基聚合物的单体。本研究对恶臭假单胞菌KT2440进行代谢工程改造，使其能够利用木质纤维素多糖水解产生的两种主要糖类——葡萄糖和木糖生产β-酮己二酸。以最优菌株GR038为研究对象，采用模拟木质纤维素水解液的2:1摩尔比葡萄糖-木糖混合底物开展生物过程开发，补料分批发酵实现了65.8 g/L的产物滴度、0.69 g/(L·h)的生产速率和0.52 C-mol的碳收率。
不同氮源对酿酒酵母生长与发酵性能的影响及其提升乙醇产量的作用评估
低酿酒价值葡萄品种的葡萄汁用于生物乙醇生产，是葡萄种植业多元化发展与产品增值的重要途径；超高重力（VHG）发酵技术可显著提升乙醇生产效率，同时降低生产过程中的水耗与能耗。本研究探究了不同氮源对本地筛选酵母菌株生长与发酵性能的影响，对3株酿酒酵母本地菌株、1株商业酿酒酵母菌株、1株鲁氏接合酵母菌株，在合成培养基与天然葡萄汁体系中，分别添加不同浓度的磷酸氢二铵（NH）、酵母提取物（YE）、商业发酵助剂Fermaid K（FERM）与尿素（U）进行发酵培养。
氨基酸对化学成分确定培养基中嗜热链球菌937游离胞外多糖生物合成的影响
嗜热链球菌产生的游离胞外多糖（f-EPS）可改善发酵乳制品的质构与功能特性，团队前期研究发现，将化学成分确定培养基（CDM）中组氨酸（His）、异亮氨酸（Ile）、谷氨酸（Glu）的浓度提升至15 mM时，嗜热链球菌937的f-EPS产量实现大幅提升。
最小基因组中的代谢物损伤与损伤控制
通过分析最小化支原体JCVI-Syn3A基因组保留的基因，本研究证实代谢物损伤修复与预防系统是生命的基本必需组成部分。研究鉴定并实验验证了多个具有损伤控制功能的基因，包括5-甲酰四氢叶酸环化酶、辅酶A（CoA）二硫键还原酶及多种水解酶。
乌宗热厌氧杆菌AK85菌株的基因组草图与醇脱氢酶数据集
乌宗热厌氧杆菌（Thermoanaerobacter uzonensis）AK85是一株分离自冰岛热泉的革兰氏阳性、嗜热、专性厌氧细菌，该类菌株具有高效发酵产乙醇及长链醇的潜力。本研究公布了AK85的基因组草图序列，基因组全长2,577,794 bp，GC含量33.69%，平均核苷酸一致性（ANI）为96.9%，确认为T. uzonensis。基因组注释共发现41个与糖、氨基酸、羧酸代谢相关的酶，包含3个关键醇脱氢酶（AdhE、AdhA、Adh2）。
胞质与线粒体tRNA合成酶抑制剂以GCN4/atf-4依赖的方式延长寿命
酵母中核糖体蛋白编码基因的缺失可延长复制寿命，该效应源于转录因子Gcn4的翻译水平上调，且寿命延长完全依赖GCN4。Gcn4及其在秀丽隐杆线虫、哺乳动物中的功能直系同源物atf-4/ATF4，其翻译也会被未带电tRNA上调。
靶向地衣芽孢杆菌的烈性噬菌体鉴定：生物学特性与基因组功能分析
芽孢杆菌属产孢细菌的生长会严重影响食品品质，给食品生产行业造成巨大经济损失。本研究分离并鉴定了靶向地衣芽孢杆菌的噬菌体，评估其作为食品生物防控制剂的应用潜力。生物学评估结果显示，地衣芽孢杆菌噬菌体KKP_4048和KKP_4049在多种环境条件下具备高稳定性，在-20℃~60℃处理1h、pH 3~11的盐溶液中处理1h均能保持侵染活性，紫外线照射30min后其活性下降99.99%。
CAN1精氨酸通透酶缺陷通过应激反应基因的翻译激活延长酵母复制寿命
转录调控在衰老过程的基因表达控制中发挥重要作用，而翻译效率在决定蛋白丰度上具有同等重要的地位，但在衰老研究领域中相关探索仍较为不足。本研究利用RNA测序（RNA-seq）和核糖体图谱分析技术，探究了酵母中CAN1基因缺失延长寿命过程中翻译调控的作用。