脂敏感酵母的全基因组功能筛选鉴定出 “ARE2 存活必需”（ARV1）基因产物是真核生物脂肪酸抗性的
聚焦肥胖、2 型糖尿病、非酒精性脂肪肝等代谢疾病的核心病理机制 —— 脂质异位沉积引发的脂毒性，以酿酒酵母为真核模式生物，完成了国际上首个全基因组层面的脂肪酸诱导细胞死亡敏感突变株筛选。
一株进化的单核细胞增生李斯特菌F2365暴发分离株中沉默乳糖利用通路的激活
针对食源致病菌单核细胞增生李斯特菌的乳糖代谢机制与环境适应性进化开展了系统性研究。研究首先筛查了不同来源李斯特菌菌株的乳糖利用能力，发现1985年墨西哥奶酪暴发菌株F2365因lacR基因移码突变（lacR⁸⁸⁷ᵈᵉˡ）导致转录激活因子LacR截短失活，无法利用乳糖；通过以乳糖为唯一碳源的实验进化，获得了乳糖利用能力完全恢复的进化株F2365 EV。
通过DsrA-Hfq模块的负向自调控实现工业大肠杆菌的稳健合成耐受性
针对工业发酵中酸胁迫降低微生物生产效率、实验室验证有效的DsrA-Hfq抗酸模块在工业菌株中表型失效的核心问题，开展了系统性研究。研究首先定量解析了DsrA与Hfq的表达水平对大肠杆菌酸性条件下生长性能的影响，明确了模块的最优表达模式；
酵母化学基因组学筛选鉴定出调控己二酸毒性的通路
针对酿酒酵母发酵生产可再生尼龙原料己二酸过程中，产物毒性抑制菌株生长与发酵效率的行业痛点，首次通过全基因组化学基因组学筛选，系统解析了己二酸对酿酒酵母的毒性作用机制，鉴定出调控己二酸毒性的关键基因与核心生物学通路。
墨西哥瓦哈卡州四个传统酿造作坊梅斯卡尔发酵过程中乳酸菌多样性的民族生物技术分析
聚焦墨西哥瓦哈卡州传统蒸馏酒梅斯卡尔的自然发酵体系，首次以民族生物技术分析框架，系统解析了该发酵过程中的细菌（核心为乳酸菌）多样性，并揭示了社会文化、生态地理、本土传统知识对微生物群落的塑造作用。
酵母经典基因网络的反向进化赋予其竞争优势
葡萄糖阻遏是酵母中确保碳源经济高效利用的核心调控系统，半乳糖（GAL）代谢网络作为基因调控研究的经典系统，在酵母中受到葡萄糖阻遏的严格调控。本研究发现，自然发酵牛奶中的酿酒酵母谱系，通过跨物种基因渐渗，将其所有结构 GAL 基因（GAL2 及 GAL7-10-1 基因簇）替换为早期分化物种的同源版本。
转录组分析揭示无色素粘质沙雷氏菌突变株的竞争性生长优势
粘质沙雷氏菌因产生红色次生代谢产物灵菌红素而备受关注，自然与实验室条件下均存在无色素突变株，但其丢失产色素能力的机制尚不明确。本研究发现，野生型粘质沙雷氏菌连续传代后，自发无色素突变株在数代内出现并快速取代野生型菌株，具备显著生长优势；且突变株中灵菌红素合成基因簇（pigA-N）完整无缺失，仅在转录水平显著下调。
植物种子提取油脂对解脂耶氏酵母生长及脂解活性的影响
解脂耶氏酵母是一种具有强大脂解能力的非传统酵母，广泛应用于工业脂肪酶、微生物油脂的发酵生产，而疏水底物是调控其生长与脂酶合成的核心因素。本研究系统评估了索氏提取法、Folch 提取法制备的杏仁油、榛子油、芫荽籽油，对解脂耶氏酵母 W29 菌株生长动力学、生物量积累及胞外脂解活性的影响。
胁迫诱导的交叉保护及复合胁迫响应在耐极端黑酵母中的研究
极端耐逆真菌栖息于多重胁迫叠加的环境，但现有研究多仅单一探究胁迫因子。本研究验证盐胁迫、低温胁迫或二者复合预处理，是否能提升黑酵母干燥与冷冻后的存活率；同时明确盐度与温度对生长的联合效应为加性还是协同性。
细菌血红蛋白 VHb 异源过表达提升解脂亚罗酵母赤藓糖醇生物合成
解脂亚罗酵母（Yarrowia lipolytica）是极具工业潜力的非常规酵母，但其发酵需氧量极高，成为大规模生产的瓶颈。本研究将密码子优化的透明颤菌血红蛋白基因（VHb）在解脂亚罗酵母中过表达，旨在实现低氧条件下以甘油为底物高效生长并合成赤藓糖醇。
通过培养基碳氮比和化学分子伴侣缓解高产脂解脂亚罗酵母中共表达分泌型真菌纤维素酶的代谢负担
解脂亚罗酵母（Yarrowia lipolytica）是优异的高产脂工业酵母，但自身缺乏纤维素降解酶系，无法直接利用木质纤维素原料。本研究在高产脂工程菌株 HA1 中，共表达 3 种核心真菌纤维素酶（嵌合型纤维二糖水解酶 CBH I、里氏木霉纤维二糖水解酶 CBH II、内切葡聚糖酶 EG II），系统评估异源纤维素酶共表达带来的代谢负担。
辅因子工程调控酿酒酵母发酵饮料中酯类与高级醇的研究进展
辅因子是酶促反应中电子、原子或官能团的核心载体，调控细胞氧化还原平衡与能量代谢；酿酒酵母胞内NAD (H)、NADP (H)、CoA、乙酰 - CoA等辅因子的丰度与比例，直接决定酯类、高级醇等关键香气物质的生物合成通量。
自然堆肥与蚯蚓堆肥过程中有机碳迁移及生物活性特征的定性评估与关联分析——不同猪粪/秸秆颗粒配比
猪粪 / 秸秆颗粒不同配比下，自然堆肥（NC）与蚯蚓堆肥（VC）中有机碳组分转化途径及其与微生物活性的关联机制尚不明确。本研究设置 5 种猪粪（PM）/ 秸秆颗粒（SP）配比（100:0、75:25、50:50、25:75、0:100）开展 60 天堆肥试验，结果表明 **T2（75:25）** 因初始 C/N 比（31.65±0.99）适宜，堆肥效能最优；
439株乳球菌基因组尺度代谢模型的高通量构建与比较揭示菌株特异性代谢多样性（食品发酵/发酵工程）
乳球菌是乳制品发酵、食品工业中的核心工业微生物，不同菌株在发酵性能、风味合成、胁迫耐受性等表型上存在显著差异，传统单菌株基因组尺度代谢模型（GSMM）无法覆盖物种全维度的代谢多样性，且存在构建效率低、标准化程度差的瓶颈。