人类胃肠道样本采集
粪便
a.成年人粪便
1)在收集粪便样本前将尿液排尽，避免尿液污染粪便。将无菌粪便收集盒（或其他无菌收集器）放入蹲式（或坐式）马桶后排便，确保粪便排入盒中。
2)将手洗干净或戴上无菌手套，拧开2mL无菌冻存管盖，将灭菌拭子的棉头插入粪便中，并轻微搅动。
※注意：因粪便表层含有肠粘膜脱落细胞，而外部容易污染，且接触空气后，部分细菌DNA开始降解，所以取样时应取中段内部的粪便样本。
3)用拭子取黄豆大小（约50mg）样本放入螺口冻存管，取出棉签，旋紧冻存管盖。一式三管，一管用于测序实验，另外两管备份。
4)将冻存管放入自封袋中，并封紧，马上放入装有碎冰或冰袋的保温盒中，在短时间（最长不超过4h）送至实验室进行DNA抽提或-80℃保存，防止反复冻融。
b.婴儿粪便
1)在收集粪便样本前将尿液排尽，避免尿液污染粪便。
2)带一次性无菌手套，将新鲜粪便收集到无菌粪盒里，或采用润滑的无菌医用拭子对会阴部刺激促进排便。然后用无菌拭子挑取粪便至无菌螺口冻存管，一式三管，每管约50-100mg，一管用于测序实验，另外两管备份。
3)将冻存管放入自封袋中，并封紧，马上放入装有碎冰或冰袋的保温盒中，在短时间（最长不超过4h）送至实验室进行DNA抽提或-80℃保存。防止反复冻融。
肛拭子/直肠拭子
1)不易获得粪便时，可采用直肠拭子法进行肠道微生物样本的采集。
2)使用肥皂、水和70%的酒精分别清洁肛门周围，然后将无菌拭子用生理盐水湿润后插入肛门4~5cm（幼儿2~3cm）肛门括约肌处轻柔的旋转，于肛门隐窝处取样（拭子上明显可见粪便痕迹），每个样本提供3-5个拭子。
3)然后插入无菌冻存管（或将棉拭子头部剪落入冻存管中），旋紧盖子，马上放入装有碎冰或冰袋的保温盒中。
4)在短时间（最长不超过4h）送至实验室进行DNA抽提或-80℃保存。
肠道灌洗液
1)将肠道灌洗液低速离心（800-1000g离心5min）收集上清液，将上清液过0.22μm可拆卸的滤膜，收集滤膜；放入-80℃冰箱保存。
2)或者将肠道灌洗液先低速离心（800-1000g离心5min）收集上清液，然后将上清液12,000g离心10min，弃上清保留沉淀，然后将沉淀管装入自封袋密封，放-80℃冰箱保存。
人类泌尿生殖道样本采集
宫腔分泌物/阴道分泌物（拭子）
1)48h内无性行为，不得进行私处清洗、上药等改变菌群结构的行为，30d内不能用抗生素和抗真菌类药物。
2)将采样拭子伸入需要取样部位，按压深度约为拭子直径，来回滚动擦拭四次，以覆盖整个拭子，然后取出。采集2~3根拭子。
3)将拭子插入无菌冻存管（或将拭子头部剪落入冻存管中），旋紧盖子，马上放入装有碎冰或冰袋的保温盒中，在短时间（最长不超过4h）送至实验室进行DNA抽提或-80℃保存。
尿液
1)采集尿液之前用中性肥皂水或者清水对尿道口周围进行清洁。
2)集受试者晨尿的中段尿液50mL左右（中段尿：在排尿过程中，弃去前、后时段排出的尿液，以无菌容器收集中间时段的尿液；或在开始排尿3s后采集尿液，当尿液量达到50mL，即认为完成收集）。
3)将尿液样本马上放入装有碎冰或冰袋的保温盒中，在短时间（最长不超过4h）送至实验室进行菌体富集。尿液在4℃，1000g离心5min；取上清继续10,000g离心5min富集菌体（需达到0.2-0.3g）。将沉淀立即置于-80℃保存。
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