1.3方法


1.3.1噬菌体分离纯化


采集污水样品,以PM B2为宿主菌进行噬菌体分离。将污水样品以8 000×g离心10 min,使用0.22µm滤器进行过滤。取对数生长期的PM B2菌悬液2 mL加入3 mL的LB液体培养基中,与过滤后的污水均匀混合。37℃恒温振荡培养6~8 h,将培养物在12 000×g离心5 min,用0.22µm滤器过滤,得到噬菌体增殖液。各取100µL噬菌体增殖液和PM B2菌悬液混匀后加入至融化的LB半固体培养基,混匀后覆盖在LB固体培养基上,置于37℃培养过夜。挑取单个透亮噬菌斑使用双层平板法连续纯化4~5次,以获得纯化的噬菌体。取纯化噬菌体液加入到对数生长期宿主菌中,37℃、160 r/min振荡培养4~6 h,收集培养液经离心、过滤后得到噬菌体增殖液置于4℃保存。


1.3.2噬菌体透射电镜观察


采用磷钨酸负染法进行观察。取10µL(1010 PFU/mL)的噬菌体原液滴加在铜网上,静置5 min,然后用2%磷钨酸溶液进行负染,滤纸吸去多余染色液,自然晾干。将制备好的样品置于透射电镜下观察。


1.3.3噬菌体生物学特性测定


1.3.3.1噬菌体最佳感染复数(multiplicity of infection,MOІ)测定


将100μL噬菌体悬液添加到900μL PM B2(约107 CFU/mL)中,以获得不同MOІ(噬菌体数量/被感染细菌数量=100、10、1、0.1、0.01、0.001)的混合溶液。混合溶液在摇床培养箱中以180 r/min的振荡速度37℃培养4 h,采用双层平板法测定其效价。


1.3.3.2噬菌体一步生长曲线


将噬菌体液与宿主菌按照噬菌体MOІ=0.1混合均匀,在37℃条件下孵育15 min后,8 000×g离心10 min,弃上清液,再用LB液体培养基洗涤3次,以去除未吸附的噬菌体。随后加入30 mL预热LB液体培养基,37℃、160 r/min振荡孵育120 min,每10 min吸取100μL样品测定噬菌体效价。


1.3.3.3噬菌体pH值稳定性和温度稳定性测定


为测定噬菌体不同pH值条件下的稳定性,将100μL噬菌体悬液添加到900μL不同pH值(2~12)的SM缓冲溶液中,37℃条件下孵育1 h后,使用双层平板法测定其效价,每组重复3次。


为测定噬菌体在不同温度条件下的稳定性,取1 mL噬菌体液分装于1.5 mL离心管中,分别置于4、25、37、40、50、60℃和70℃中孵育1 h后,使用双层平板法测定其效价,每组重复3次。


1.3.3.4不同MOІ噬菌体对细菌的裂解能力测定


将噬菌体(约为108 PFU/mL)和PM B2(约为107 CFU/mL)按照MOІ=0.001、0.01、0.1、1和10各取100μL于96孔板中,置于37℃培养箱培养。同时设置对照组为仅加入细菌菌液和只含有LB培养基的空白组,每隔30 min检测OD600 nm值,共检测12 h。


1.3.3.5噬菌体宿主谱测定


为检测噬菌体宿主范围,采用点斑实验法对所有菌株(标准株为大肠杆菌ATCC 35150、沙门氏菌ATCC 14028、肺炎克雷伯菌ATCC 700603和金黄色葡萄球菌ATCC 25923)进行检测。取100μL细菌菌液加入到LB半固体中,混匀后均匀铺在LB固体平板上,冷却后取10μL噬菌体液滴加在双层平板上,37℃培养24 h,观察平板上是否出现噬菌斑。


1.3.4噬菌体基因组提取及全基因组分析


按照病毒基因组提取试剂盒操作说明提取噬菌体基因组,将满足测序要求的噬菌体基因组提交至生物公司进行测序。使用Іllumina NovaSeq平台进行测序,测序数据通过A5-MiSeq和SPAdes对噬菌体基因组进行拼接。使用NCBI对噬菌体进行核苷酸序列比对,使用RAST在线网站(http://rast.nmpdr.org/)注释基因组,注释后在NCBI的BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)工具中进行校验。通过CARD数据库(https://card.mcmaster.ca/home)和毒性因子数据库(http://www.mgc.ac.cn/VFs/)检测噬菌体基因组中是否存在抗生素抗性基因和毒力基因。通过NCBI数据库分析比较与噬菌体PL1末端酶大亚基的相关基因序列,并使用MEGA 7.0构建系统发育进化树。噬菌体全基因组已提交至GenBank,基因登录号为PP502408。


相关新闻推荐

1、琼胶酶活性不动杆菌体生长、产酶曲线、酶解反应研究(一)

2、暴露于杀生物剂对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌的抗菌药敏性变化的影响

3、微生物技术必将推动我国生态农业的发展和成熟!

4、2型糖尿病db/db小鼠血管内皮细胞培养与生长曲线检测

5、细菌菌落的水平扩张速度受生物膜边缘接触角的控制