要说土壤中什么生物最多，非微生物莫属。据研究发现，每一克土壤中微生物数量有几亿到几百亿。土壤微生物是土壤中肉眼看不见或看不清楚的微小生物的总称，包括细菌、真菌、放线菌、原生生物及显微藻类等。土壤中如此多的微生物对作物生长有哪些作用和影响呢？
1、改良土壤结构，促进土壤有机质、矿物质的分解。
作物残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，可在土壤微生物的作用下进行分解，形成腐殖质，并释放出营养元素供植物利用。同时，土壤微生物在分解过程中，其生理代谢可促进土壤中氧气和二氧化碳的交换，分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，改善土壤结构和耕性。另外，有些土壤微生物能够溶解土壤中难溶性矿物质，例如解磷细菌能分解出磷矿石中的磷，解钾细菌能分解出钾矿石中的钾等，提高土壤中矿质元素的含量，以利作物吸收利用，提高土壤肥力等。
2、在植物根系周围生活的土壤微生物还可以调节植物生长，植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌能为植物直接提供氮素、磷素及其他矿质元素的营养以及有机酸、氨基酸、维生素、生长素等各种有机营养，促进植物的生长。
3、土壤微生物对植物来说可分为有益微生物和有害微生物。有益微生物如枯草芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌等，有害微生物如各种病原菌等。当土壤中有益菌多于有害菌或者两者处于一个平衡状态时，作物能够正常的生长，病害发生较少；但是当土壤中有害菌多于有益菌时，根部病害就会发生特别厉害，尤其是土传病害，作物产量和品质下降，到最后施再多的肥，产量也上不去。而我们种植过程中不断加入化学肥料，不断喷洒农药，常年连作就会导致有害微生物群不断增加。为减少土壤中的有害微生物，我们可以常年向土壤中人为补充有益菌，让有益菌在土壤中占据优势，抑制有害菌数量。同时有益菌能够分泌抗生素等物质，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防止和减少土壤病原微生物对作物的危害。
4、降解农药残留、城市废弃物，富集重金属。
土壤微生物可以把土壤中农药残留、废弃物等分解成低害甚至无害的物质，降低残毒危害。另外微生物表面大、带电荷、代谢活动旺盛，与重金属具有很强的亲和性，可以将重金属富集。许多有毒重金属被储存在细胞的不同部位或被结合到胞外基质上，通过代谢过程，这些离子可被沉淀，或被轻度螯合在可溶或不溶性的生物多聚体上。