按微生物的种类区分
培养基按微生物的种类可分为细菌培养基、放线菌培养基、酵母菌培养基和霉菌培养基等四类。
（1）常用的细菌培养基有营养肉汤和营养琼脂培养基。
（2）常用的放线菌培养基为高氏1号培养基。
（3）常用的酵母菌培养基有马铃薯蔗糖培养基和麦芽汁培养基。
（4）常用的霉菌培养基有马铃薯蔗糖培养基、豆芽汁蔗糖（或葡萄糖，葡萄糖比较昂贵）琼脂培养基和察氏培养基等。
按照培养基用途区分
培养基按其特殊用途可分为基础培养基、加富培养基、选择性培养基和鉴别培养基。
（1）基础培养基。是含有一般微生物生长繁殖所需基本营养物质的培养基。牛肉膏蛋白胨培养基是最常用的基础培养基。
（2）加富培养基。是在基础培养基中加入血、血清、动植物组织提取液制成的培养基。用于培养要求比较苛刻的某些微生物。
（3）选择培养基。是在普通培养基中加入特殊营养物质或化学物质，以抑制不需要的微生物的生长，有利于所需微生物的生长。用于将某种或某类微生物从混杂的微生物群体中分离出来。
（4）鉴别培养基。是在培养基中加入某种试剂或化学药品，使培养后会发生某种变化，从而区别不同类型的微生物。如鉴别大肠杆菌的伊红美蓝培养基，鉴别纤维素分解菌的刚果红培养基。
伊红美蓝培养基：用于鉴别大肠杆菌。右图中是大肠杆菌菌落，菌落表面反光，有金属光泽。
按培养基用于生产的目的区分
根据培养基用于生产的目的来区分，可以分为种子培养基和发酵培养基。
（1）种子培养基。种子培养基是为保证发酵工业获得大量优质菌种而设计的培养基。种子培养基的目的是提供大量优质的菌种。所以这种培养基与发酵培养基相比，营养总是较为丰富，氮源比例较高。为了使菌种能够较快适应发酵生产，有时在种子培养基中有意识地加入使菌种适应发酵条件的基质。
（2）发酵培养基。发酵培养基的目的是使生产菌种能够大量生长并能累积大量代谢产物而设计的培养基。发酵培养基的用量大，因此对发酵培养基的要求，除了要满足菌种需要的营养和累积大量代谢产物外，还要求原料来源广泛，成本比较低。所以，这种培养基的成分一般都比较粗，碳源的比例较大。
除上述几类培养基外，还有专门用于培养病毒等寄生微生物的活组织培养基，如鸡胚等；专门用于培养自养微生物的无机盐培养基等。